OIV-ribosomal freymni uzatish signali - HIV ribosomal frameshift signal - Wikipedia
| OIV-1 ribosomal freymni uzatish signali | |
|---|---|
 Bashorat qilingan ikkilamchi tuzilish va ketma-ketlikni saqlash HIV_FE | |
| Identifikatorlar | |
| Belgilar | HIV_FE |
| Rfam | RF00480 |
| Boshqa ma'lumotlar | |
| RNK turi | Cis-reg; ramkali_element |
| Domen (lar) | Viruslar |
| SO | SO: 0000233 |
| PDB tuzilmalar | PDBe |
OIV-ribosomal freymni uzatish signali a ribosomal ramkaga o'tish (PRF) inson immunitet tanqisligi virusi (OIV) bir xil turli xil oqsillarni tarjima qilish uchun foydalanadi ketma-ketlik.
Buzilmagan va izchil oqsil biosintezi qobiliyatiga tayanadi ribosoma to'g'ri turmoq ochiq o'qish doirasi Paytida (ORF) tarjima.[1] Ribosoma to'g'ri ORFni saqlay olmasa, tarjima odatda noto'g'ri oqsil sinteziga yoki muddatidan oldin kiritilishi natijasida erta tugatilishiga olib keladi. kodonni to'xtatish.[2] Biroq, ORFdagi siljish ko'pchilik kabi zararli emas viruslar dasturlashtirilgan dastur yordamida ushbu hodisadan foydalanish ribosomal ramkaga o'tish (PRF) bir xil oqsillarni bir xilidan tarjima qilish ketma-ketlik, shu bilan ularning saqlash hajmini maksimal darajada oshirish genom.[2] Shunday qilib, ko'plab viruslar (shu jumladan OIV-1 ) a ga ega deb tasniflanadi polikistronik genom, ya'ni ular bir nechta faol ORF-lardan foydalanadilar gen.[2]
OIV-1 virusi ifodalanishi uchun dasturlangan -1 ribosomal freymni uzatish signalini (OIV-1 Ribosomal Frameshift Signal) talab qiladi. Pol a .ning misoli bo'lgan gen cis ta'sir qiluvchi element ning genlarni tartibga solish. OIV-1da gag 55-ni kodlaydigan ORF kDa Gag oqsili, asosiy virusli tuzilish oqsil, to'liq uzunlikdagi virusning 5 'uchida joylashgan mRNA.[3] 160 kDa Gag-Pol poliproteinining tarjimasi -1 ribosomali ramkaga o'tish hodisasiga bog'liq bo'lib, pol ORF.[4] The pol ORF gag ORF ga 3 'masofada joylashgan va natijada virusli fermentativ oqsillarga bo'linadigan Pol poliproteinini kodlaydi (proteaz, teskari transkriptaz va integratsiya ).
Natijada, OIV-1 ribosomali freymni uzatish signali yuqori darajada tartibga solinadi, chunki u Gag-Pol poliproteiniga nisbatan Gag oqsilining ekspression darajasini modulyatsiya qiladi. OIV-1 ribosomali freymni uzatish signalining samaradorligi sintez qilingan Gag va Gag-Pol oqsillarining nisbatlarini aniqlaydi, shu bilan ramkaga o'tish hodisasi umumiy tarjima hodisalarining taxminan 5 foizida sodir bo'ladi va natijada taxminan 20: 1 Gag / Gag-Pol hosil bo'ladi. nisbat.[1] Ushbu nisbatni saqlab qolish OIV-1 yuqumliligi va tuzilishi uchun muhim ahamiyatga ega ekanligi isbotlangan, chunki freymga siljish samaradorligining ozgina o'zgarishi ham virus tarqalishini oldini olishga olib keladi.[3] OIV-1 virusining ushbu ribosomali freymni uzatish signaliga bog'liqligi ramka siljishiga yangi maqsad sifatida qiziqish uyg'otdi. virusga qarshi terapiya.[4][5]
Tuzilishi va mexanizmi
OIV-1 ribosomali freymni uzatish signaliga ikkita sis ta'sir qiluvchi element kerak bo'ladi: a geptamerik "silliq sayt" va a quyi oqim ikkilamchi RNK tuzilishi 8 bilan ajratilgannukleotid oraliq.[3][4] OIV-1dagi "sirpanchiq joy" - bu heptamer 5'-U UUU UUA-3 '(bo'shliqlar bilan ko'rsatilgan gag ORF), bu erda freymlarni almashtirish sodir bo'ladi.[3][4] Ushbu geptamer o'z-o'zidan "silliq", chunki ma'lumotlar shuni ko'rsatdiki, quyi oqimdagi ikkinchi darajali RNK tuzilishi bo'lmagan taqdirda ham ramkalarni almashtirish har bir kodon uchun taxminan 0,0001% dan 0,1% gacha bo'ladi.[2] Odatda quyi oqimdagi ikkilamchi RNK tuzilishi a shaklida mavjud deb qabul qilinadi dastani halqasi quyida ko'rsatilgandek tuzilish. Shu bilan birga, freymga uzatish signallari a sifatida mavjud bo'lishi mumkinligi haqida dalillar ham mavjud pseudoknot tuzilishi yoki molekula ichidagi RNK sifatida tripleks.[2][4] Pastki oqimdagi ikkinchi RNK strukturasining aniq konformatsiyasidan qat'i nazar, struktura translokatsiya qiluvchi ribosomani silliq joy ustida to'xtab qolishiga olib keladi va pol ORF (5'-UUU UUU A) ni aniqlash uchun -1 ribosomal ramkaga o'tish ehtimolini oshiradi. -3 '), ORF gagasida mavjud bo'lgan pastga qarab to'xtaydigan kodonni chetlab o'tib, Gag-Pol poliproteinini tarjima qilishga imkon beradi.[3][5] Ma'lumotlar shuni ko'rsatdiki, 8-nukleotidli ajratuvchi dasturlashtirilgan ribosomali ramkaning siljishi uchun ham muhim ahamiyatga ega, chunki spaser mintaqasidagi o'chirishlar quyi oqimdagi ikkinchi darajali RNK strukturasining barqarorligini pasaytiradi va shu bilan OIV-1 ribosomali freymni uzatish signalini induktsiya qilish qobiliyatiga ta'sir qiladi. -1 freeshift.[2]
Modulatorlar
Endogen uyali omillar, shuningdek, OIV-1 ribosomal freymni uzatish signalini modulyatsiya qilishi mumkin, chunki ökaryotik ajratish omili eRF1 OIV-1da dasturlashtirilgan ribozomal ramkada siljishda rol o'ynaydi, chunki eRF1 darajasining pasayishi OIV-1da dasturlashtirilgan ribosomal frekans o'zgarishini ko'payishiga olib keladi.[1] Ammo, eRF1 kamida 32 ta uyali bog'laydigan sheriklar bilan murakkabligi ma'lum bo'lganligi sababli, eRF1 OIV-1da PRFni modulyatsiya qilish uchun mustaqil ravishda harakat qiladimi yoki u kattaroq tartibga soluvchi protein kompleksining bir qismi ekanligi noma'lum bo'lib qolmoqda.[1]
Potentsial terapevtik maqsad sifatida
OIV-1 ribosomali freymni uzatish signali Gag / Gag-Pol oqsillari nisbati va nisbatan saqlanib qolgan tuzilishini tartibga solish uchun dasturlashtirilgan ribosomal ramkaning talab qilinishi tufayli OIV-1 virusi uchun potentsial terapevtik maqsad sifatida paydo bo'ldi.[4] Bundan tashqari, OIV-1 ribosomali freymni uzatish signali virusli mRNA va xost translatsiya mexanizmlari o'rtasidagi o'zaro bog'liqlikka bog'liqligi sababli, bu yanada barqaror terapevtik maqsad bo'lishi mumkin, chunki har qanday selektiv bosim terapevtik birikma keltirib chiqaradigan sabab, tez rivojlanayotgan OIV-1 virusi o'rniga mezbonning evolyutsion vaqt shkalasida paydo bo'lishi kerak edi.[4] Natijada, bu boshqa OIV-1 antiretrovirus terapiyasida uchraydigan dori-darmonlarga chidamli mutantlar xavfini kamaytirishi mumkin.[4]
Yaqinda (2014 yil yanvar), OIV-1 ribosomali freymni uzatish signaliga yo'naltirilgan birinchi terapevtik birikma Ofori va boshq.[5] Qo'rg'oshin birikmasi qatronlar bilan bog'langan dinamik kombinatoriya kutubxonasi ekrani orqali topilgan "urish" birikmasidan ishlab chiqilgan va tuzilish o'ng tomonda ko'rsatilgan.[5] The EC50 qiymatlari Z konformatsiyasi uchun 3,9uM va E konformatsiyasi uchun 25,6uM ekanligi xabar qilindi. Qo'rg'oshin birikmasi nosimmetrikdir, maqsadning pastki oqimidagi ikkinchi darajali RNK tuzilishi nosimmetrikdir, bu ikkala taxmin qilingan interkalatorlar yuqori yaqinlikni bog'lash uchun zarurdir.[5] Ikkilikdan foydalanishlusiferaza assotsiatsiya natijasida ular birikma OIV-1 ribosomali freymni uzatish signalini freymlarni uzatish samaradorligini oshirish orqali ishlaydi, natijada Gag / Gag-Pol oqsillari nisbati pasayadi va shu bilan virus zarrachasining to'g'ri pishishini oldini oladi va natijada infektsiyani inhibe qiladi.[5] Oldinga siljish uchun qo'rg'oshin birikmasi va OIV-1 ribosomali ramka siljish signalining quyi oqimdagi ikkinchi darajali RNK tuzilishi o'rtasidagi o'zaro ta'sirlarni tizimli o'rganish yuqori yaqinlik sababini va ta'sir qilish usulini tushunish uchun juda muhimdir.[5]
Shuningdek qarang
Adabiyotlar
- ^ a b v d Kobayashi Y, Zhuang J, Peltz S, Dougherty J (iyun 2010). "OIV-1 dasturlashtirilgan ribosomal ramkalashtirishni modulyatsiya qiluvchi uyali omilni aniqlash". Biologik kimyo jurnali. 285 (26): 19776–19784. doi:10.1074 / jbc.M109.085621. PMC 2888388. PMID 20418372.
- ^ a b v d e f Mouzakis KD, Lang AL, Vander Meulen KA, Easterday PD, Butcher SE (Fevral 2013). "OIV-1 freymni siljitish samaradorligi birinchi navbatda ribosomaning mRNA kirish kanalida joylashgan tayanch juftlarining barqarorligi bilan belgilanadi". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 41 (3): 1901–1913. doi:10.1093 / nar / gks1254. PMC 3561942. PMID 23248007.
- ^ a b v d e Dinman JD, Rixter S, Plant EP, Taylor RC, Hammell AB, Rana TM (aprel 2002). "OIV-1ning ramkaga uzatish signali potentsial intramolekulyar tripleks RNK tuzilishini o'z ichiga oladi". Amerika Qo'shma Shtatlari Milliy Fanlar Akademiyasi materiallari. 99 (8): 5331–5336. doi:10.1073 / pnas.082102199. PMC 122769. PMID 11959986.
- ^ a b v d e f g h Bisvas P, Jiang X, Pacchia AL, Dougherty JP, Peltz SW (2004 yil fevral). "Ribosomal kadrlarni ajratish insondagi immunitet tanqisligi virusi 1-turi o'zgarmas ketma-ketlikni aniqlovchi va antiviral terapiya uchun muhim maqsaddir". Virusologiya jurnali. 78 (4): 2082–2087. doi:10.1128 / jvi.78.4.2082-2087.2004. PMC 369415. PMID 14747573.
- ^ a b v d e f g Ofori LO, Hilimire TA, Bennett RP, Brown NW, Smith Smith, Miller BL (fevral 2014). "OIV-1 ramkasini siljituvchi RNKni yuqori darajadagi tanishi, in vitro freymlarni o'zgartirishni o'zgartiradi va OIV-1 yuqumli kasalligiga xalaqit beradi". Tibbiy kimyo jurnali. 57 (3): 723–732. doi:10.1021 / jm401438g. PMC 3954503. PMID 24387306.