ADRM1 - ADRM1

ADRM1
Mavjud tuzilmalar
PDB	Ortholog qidiruvi: PDBe RCSB
PDB id kodlari ro'yxati
	2KQZ, 2KR0, 2L5V, 2MKZ, 4UEL, 4UEM, 4WLQ, 4WLR, 5IRS
Identifikatorlar
Taxalluslar	ADRM1, ARM-1, ARM1, GP110, adezyonni tartibga soluvchi molekula 1
Tashqi identifikatorlar	OMIM: 610650 MGI: 1929289 HomoloGene: 10513 Generkartalar: ADRM1
Gen joylashuvi (odam)
Chr.	20-xromosoma (odam)
Oxiri	62,308,862 bp
Gen joylashuvi (Sichqoncha)
Chr.	Xromosoma 2 (sichqoncha)
Oxiri	180,176,286 bp
RNK ekspressioni naqsh
	Qo'shimcha ma'lumotni ifodalash ma'lumotlari
Gen ontologiyasi
Molekulyar funktsiya	• endopeptidaza faollashtiruvchisi faoliyati; • proteaz bilan bog'lanish; • proteazomani bog'lash; • GO: 0001948 oqsil bilan bog'lanish; • hamma joyda bog'lanish;
Uyali komponent	• proteazom kompleksi; • hujayra membranasi; • plazma membranasining ajralmas komponenti; • membrana; • hujayra yadrosi; • nukleoplazma; • sitoplazma; • sitozol; • proteazomani tartibga soluvchi zarracha, qopqoq subkompleksi;
Biologik jarayon	• RNK polimeraza II promotoridan transkripsiyaning uzayishi; • proteazom yig'ilishi; • endopeptidaza faolligini ijobiy tartibga solish; • ubikuitinga bog'liq oqsil katabolik jarayoni; • oqsil deubikvitinatsiyasi;
	Manbalar:Amigo / QuickGO
Ortologlar
	11047
	56436
	ENSG00000130706
	ENSMUSG00000039041
	Q16186
	Q9JKV1
	NM_001281437; NM_001281438; NM_007002; NM_175573
	NM_019822
	NP_001268366; NP_001268367; NP_008933; NP_783163
	NP_062796
	Vikidata
Insonni ko'rish / tahrirlash	Sichqonchani ko'rish / tahrirlash

Proteazomal ubikuitin retseptorlari ADRM1 a oqsil odamlarda kodlanganligi ADRM1 gen.^[5]^[6] So'nggi dalillar proteazom murakkab tuzilish gen tomonidan kodlangan oqsil ekanligini tasdiqladi ADRM1, shuningdek, xamirturushda 26S Proteazom regulyativ kichik birligi Rpn13 (proteazom subunitlari uchun tizimli nomenklatura) deb nomlanadi, 19S proteazom kompleksining bo'linmasi.^[7]^[8]

Gen

Gen ADRM1 19S regulyator bazasining ATPase bo'lmagan bo'linmalaridan birini, Rpn13 subbirligini kodlaydi. Insonning PSMD4 geni 10 ta ekszonga ega va 20q13.33 xromosoma bandida joylashgan. Proteazomal ubikuitin retseptorlari ADRM1 hajmi 42 kDa bo'lib, 407 aminokislotadan iborat. Ushbu oqsilning hisoblangan nazariy pI qiymati 4,95 ga teng.^[9]

Tuzilishi

Ushbu gen tomonidan kodlangan oqsil an ajralmas plazma membranasi oqsili targ'ib qiladi hujayraning yopishishi. Kodlangan oqsil O bilan bog'langan deb o'ylashadi glikosilatsiya. Ushbu genning ekspressionatsiyasi induktsiya qilinganligi isbotlangan gamma interferon ba'zilarida saraton hujayralari. Ushbu gen uchun bir xil oqsilni kodlovchi ikkita transkript variantlari topildi.^[6]

Kompleks yig'ish

26S proteazom kompleks odatda 20S yadro zarrachasidan (CP yoki 20S proteazom) va barrel shaklidagi 20S ning ikkala tomonida yoki ikkala tomonida bir yoki ikkita 19S tartibga soluvchi zarralardan (RP, yoki 19S proteazom) iborat. CP va RPlar aniq tarkibiy xususiyatlarga va biologik funktsiyalarga tegishli. Qisqacha aytganda, 20S kichik majmuasi uchta turdagi proteolitik faoliyatni, shu jumladan kaspaza o'xshash, tripsin va ximotripsin kabi faoliyatlarni namoyish etadi. Ushbu proteolitik faol joylar kameraning ichki tomonida joylashgan bo'lib, ular 20S subbirliklarning 4 ta to'plangan halqalari tomonidan hosil bo'lib, tasodifiy oqsil-fermentlar uchrashi va oqsilning nazoratsiz parchalanishini oldini oladi. 19S tartibga soluvchi zarralar ubikitin bilan belgilangan oqsilni degradatsiya substrati sifatida taniy oladi, oqsilni chiziqli qilib yoyadi, 20S yadro zarrachasining eshigini ochadi va substratni proteolitik kameraga yo'naltiradi. Bunday funktsional murakkablikni qondirish uchun 19S tartibga soluvchi zarrada kamida 18 ta tarkibiy bo'linma mavjud. Ushbu subbirliklarni subpinitsiyalarning ATP-ga bog'liqligi, ATP-ga bog'liq subunitsiyalar va ATP-mustaqil subunitsiyalar asosida ikkita sinfga ajratish mumkin. Ushbu ko'p qismli kompleksning oqsillarning o'zaro ta'siri va topologik xususiyatlariga ko'ra, 19S regulyativ zarrachasi asos va qopqoq subkompleksidan iborat. Baza oltita AAA ATPase (Subunit Rpt1-6, sistematik nomenklatura) va to'rtta ATPase bo'lmagan bo'linmalar (Rpn1, Rpn2 va Rpn10.^[10] Shunday qilib, Proteazomal ubikuitin retseptorlari ADRM1 (Rpn13) 19S tartibga soluvchi zarrachaning asosiy subkompleksini shakllantirishning muhim tarkibiy qismidir. Rpn13 ning an'anaviy nuqtai nazari shundaki, u tarkibiy qismdan ko'ra proteazom majmuasining birlashtiruvchi sherigi. Biroq, paydo bo'lgan dalillar Rpn13 ning 19S ning yangi subbirligi ekanligini taxmin qildi.^[11]^[12] Yaqinda o'tkazilgan bir tadqiqot kriyoelektron mikroskopi, rentgen-kristallografiya, qoldiqlarga xos kimyoviy o'zaro bog'liqlik va bir qancha proteomika usullarini birlashtirgan integral usul bilan 19S kompleks tuzilishining yangi dalillarini taqdim etdi. 19S bazasining yangi tashkil etilgan sub kompleks modelida Rpn2 - bu ATPase halqasining yon tomonida joylashgan va qopqoq va taglik orasidagi bog'lanishni ta'minlovchi qattiq oqsil. Rpn1 konformatsion o'zgaruvchan bo'lib, ATPase halqasining atrofiga joylashtirilgan. Rpn10 va Rpn13 ubikitinli retseptorlari 19S kompleksining distal qismida joylashgan bo'lib, ular majmuaga yig'ilish jarayonida kechroq jalb qilinganligini ko'rsatadi.^[7]

Funktsiya

~ 70% hujayra ichidagi proteoliz uchun mas'ul bo'lgan degradatsiya mexanizmi sifatida,^[13] proteazom kompleksi (26S proteazom) uyali proteomning gomeostazini saqlashda juda muhim rol o'ynaydi. Shunga ko'ra, yangi sintez uchun aminokislotalarni qayta ishlash uchun noto'g'ri katlanmış oqsillarni va buzilgan oqsillarni doimiy ravishda olib tashlash kerak; parallel ravishda, ba'zi bir muhim tartibga soluvchi oqsillar biologik funktsiyalarini selektiv degradatsiya orqali bajaradilar; Bundan tashqari, oqsillar MHC I sinf antigenining namoyishi uchun peptidlarda hazm qilinadi. Biologik jarayonda yuzaga keladigan bunday murakkab talablarni fazoviy va vaqtincha proteoliz orqali qondirish uchun oqsil substratlarini tanib olish, jalb qilish va oxir-oqibat yaxshi boshqariladigan usulda gidroliz qilish kerak. Shunday qilib, 19S tartibga soluvchi zarrachasi ushbu funktsional muammolarni hal qilish uchun bir qator muhim imkoniyatlarga ega. Belgilangan substrat sifatida oqsilni tanib olish uchun 19S kompleksida oqsillarni tanib olishga qodir subbunitlar mavjud bo'lib, ular maxsus degradatsiyaga uchragan yorliq, ya'ni hamma joyda joylashgan. Shuningdek, uning tarkibida 19S va 20S zarralari orasidagi bog'lanishni osonlashtirish, shuningdek 20S kompleksining substrat kirishini tashkil etuvchi alfa subunit C-terminallarining tasdiqlanish o'zgarishini ta'minlash uchun nukleotidlar (masalan, ATP) bilan bog'lanishi mumkin bo'lgan kichik birliklar mavjud. Rpn13 - bu 19S tartibga soluvchi zarrachasining muhim subbirligidir va u "tayanch" subkompleksining yig'ilishiga hissa qo'shadi. Asosiy pastki kompleksda Rpn13, hamma joyda mavjud retseptorlari sifatida, hamma joyda substrat uchun joylashishni taklif qiladi. Dalillar shuni ko'rsatdiki, Rpn13 subunitining hamma joyda joylashishi proteazomaning ubikuitin-konjuge oqsillarni bog'lash va parchalash qobiliyatini sezilarli darajada kamaytirishi mumkin.^[14] Biyokimyasal va xolis AQUA-MS metodologiyalaridan foydalangan holda olib borilgan tekshiruvlar, ikkala 19S komplekslarining ikkala qopqoqli 26S proteazomalarining aksariyati (hammasi bo'lmasa ham) tarkibida ubikuitin retseptorlari mavjudligini ko'rsatuvchi dalillarni keltirdi. Rpn10, bu 19S zarrachalaridan faqat bittasida Rpn13 qo'shimcha ubikuitin retseptorlari mavjud va shu bilan 26S proteazomidagi assimetriya aniqlanadi.^[15] Bunday strukturaviy assimetriya proteazom majmuasining bir yo'nalishli substratni oziqlantirish jarayoni uchun molekulyar asos bo'lishi mumkin.

Adabiyotlar

^ ^a ^b ^v GRCh38: Ensembl relizi 89: ENSG00000130706 - Ansambl, 2017 yil may
^ ^a ^b ^v GRCm38: Ensembl relizi 89: ENSMUSG00000039041 - Ansambl, 2017 yil may
^ "Human PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
^ "Sichqoncha PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
^ Shimada S, Ogawa M, Takahashi M, Schlom J, Greiner JW (Iyul 1994). "Molekulyar klonlash va M (r) 110,000 antigenining qo'shimcha oshqozon-ichak karsinomasi hujayralari tomonidan ifoda etilgan va gamma-interferon bilan regulyatsiya qilingan DNKning xarakteristikasi". Saraton kasalligini o'rganish. 54 (14): 3831–6. PMID 8033103.
^ ^a ^b "Entrez Gen: ADRM1 yopishqoqligini tartibga soluvchi molekula 1".
^ ^a ^b Lasker K, Förster F, Bohn S, Walzthoeni T, Villa E, Unverdorben P, Bek F, Aebersold R, Sali A, Baumeister V (yanvar 2012). "26S proteazomli holokompleksning molekulyar arxitekturasi integral usul bilan aniqlanadi". Amerika Qo'shma Shtatlari Milliy Fanlar Akademiyasi materiallari. 109 (5): 1380–7. doi:10.1073 / pnas.1120559109. PMC 3277140. PMID 22307589.
^ Rosenzweig R, Bronner V, Zhang D, Fushman D, Glickman MH (2012 yil aprel). "Rpn1 va Rpn2 proteazomda ubiqitinni qayta ishlash omillarini koordinatalashtiradi". Biologik kimyo jurnali. 287 (18): 14659–71. doi:10.1074 / jbc.M111.316323. PMC 3340268. PMID 22318722.
^ "Uniprot: Q16186 - ADRM1_HUMAN".
^ Gu ZC, Enenkel C (dekabr 2014). "Proteazomli yig'ilish". Uyali va molekulyar hayot haqidagi fanlar. 71 (24): 4729–4745. doi:10.1007 / s00018-014-1699-8. PMID 25107634. S2CID 15661805.
^ Qiu XB, Ouyang SY, Li CJ, Miao S, Vang L, Goldberg AL (2006 yil dekabr). "hRpn13 / ADRM1 / GP110 - bu deubikitinatsiya qiluvchi ferment UCH37 ni bog'laydigan yangi proteazomli subbirlik". EMBO jurnali. 25 (24): 5742–53. doi:10.1038 / sj.emboj.7601450. PMC 1698896. PMID 17139257.
^ Husnjak K, Elsasser S, Zhang N, Chen X, Randles L, Shi Y, Hofmann K, Walters KJ, Finley D, Dikic I (may 2008). "Proteazom subunit Rpn13 - bu yangi hamma joyda mavjud retseptorlari". Tabiat. 453 (7194): 481–8. Bibcode:2008 yil natur.453..481H. doi:10.1038 / nature06926. PMC 2839886. PMID 18497817.
^ Rok KL, Gramm C, Rothstein L, Klark K, Stayn R, Dik L, Xvan D, Goldberg AL (sentyabr 1994). "Proteazoma inhibitörleri ko'p hujayra oqsillarining parchalanishini va MHC I sinf molekulalarida taqdim etilgan peptidlarning hosil bo'lishini bloklaydi". Hujayra. 78 (5): 761–71. doi:10.1016 / s0092-8674 (94) 90462-6. PMID 8087844. S2CID 22262916.
^ Besche HC, Sha Z, Kukushkin NV, Peth A, Hock EM, Kim V, Gygi S, Gutierrez JA, Liao H, Dik L, Goldberg AL (may, 2014). "Rpn13-dagi 26S proteazomini avtoubikitinatsiya qilish uvikitin konjugatlari parchalanishini tartibga soladi". EMBO jurnali. 33 (10): 1159–76. doi:10.1002 / embj.201386906. PMC 4193922. PMID 24811749.
^ Berko D, Herkon O, Braunshteyn I, Isakov E, Devid Y, Ziv T, Navon A, Stanxill A (Fevral 2014). "26S proteazomasidagi ajralmas assimetriya ubiqitin retseptorlari RPN13 tomonidan aniqlanadi". Biologik kimyo jurnali. 289 (9): 5609–18. doi:10.1074 / jbc.M113.509380. PMC 3937637. PMID 24429290.

Tashqi havolalar

Inson ADRM1 genom joylashuvi va ADRM1 gen tafsilotlari sahifasida UCSC Genome brauzeri.

Qo'shimcha o'qish

Simins AB, Weighardt H, Weidner KM, Weidle UH, Holzmann B (2000). "Metastatik o'simta hujayralarida regulyatsiya qilingan adezyonni tartibga soluvchi molekula bo'lgan ARM-1ni funktsional klonlash". Klinik va eksperimental metastaz. 17 (8): 641–8. doi:10.1023 / A: 1006790912877. PMID 10919708. S2CID 12042321.
Kim JH, Leyn WS, Reinberg D (Fevral 2002). "Inson elongatori xromatin orqali RNK polimeraza II transkripsiyasini osonlashtiradi". Amerika Qo'shma Shtatlari Milliy Fanlar Akademiyasi materiallari. 99 (3): 1241–6. Bibcode:2002 yil PNAS ... 99.1241K. doi:10.1073 / pnas.251672198. PMC 122174. PMID 11818576.
Lamerant N, Kieda C (2005 yil aprel). "Endotelial hujayralardagi yopishqoqlikni tartibga soluvchi molekula 1 oqsilining yopishqoqlik xususiyatlari". FEBS jurnali. 272 (8): 1833–44. doi:10.1111 / j.1742-4658.2005.04613.x. PMID 15819879. S2CID 23359211.
Gandi TK, Zhong J, Mativanan S, Kartik L, Chandrika KN, Mohan SS, Sharma S, Pinkert S, Nagaraju S, Periasvami B, Mishra G, Nandakumar K, Shen B, Deshpande N, Nayak R, Sarker M, Boeke JD , Parmigiani G, Schultz J, Bader JS, Pandey A (2006 yil mart). "Inson oqsillari interaktomini tahlil qilish va xamirturush, qurt va chivinlarning o'zaro ta'sirlar to'plamlari bilan taqqoslash". Tabiat genetikasi. 38 (3): 285–93. doi:10.1038 / ng1747. PMID 16501559. S2CID 1446423.
Lim J, Hao T, Shou S, Patel AJ, Szabo G, Rual JF, Fisk CJ, Li N, Smolyar A, Hill DE, Barabasi AL, Vidal M, Zoghbi HY (may 2006). "Odamdan merosxo'r ataksiya va Purkinje hujayralari degeneratsiyasi buzilishlari uchun oqsil-oqsillarning o'zaro ta'siri tarmog'i". Hujayra. 125 (4): 801–14. doi:10.1016 / j.cell.2006.03.032. PMID 16713569. S2CID 13709685.
Jørgensen JP, Lauridsen AM, Kristensen P, Dissing K, Johnsen AH, Hendil KB, Hartmann-Petersen R (Iyul 2006). "Adrm1, oqsilni tartibga soluvchi taxminiy hujayra yopishqoqligi, bu yangi proteazoma bilan bog'liq omil". Molekulyar biologiya jurnali. 360 (5): 1043–52. doi:10.1016 / j.jmb.2006.06.011. PMID 16815440.
Yao T, Song L, Xu V, DeMartino GN, Florens L, Swanson SK, Washburn MP, Conaway RC, Conaway JW, Cohen RE (sentyabr 2006). "Adrm1 tomonidan Uch37 deubiqitinatsiya qiluvchi fermentni proteazom yollash va faollashtirish". Tabiat hujayralari biologiyasi. 8 (9): 994–1002. doi:10.1038 / ncb1460. PMID 16906146. S2CID 25308728.
Hamazaki J, Iemura S, Natsume T, Yashiroda H, Tanaka K, Murata S (oktyabr 2006). "O'zaro ta'sir qiluvchi yangi proteazom oqsillari UB37 dan 26S proteazomalarga qadar deubiqitinatsiya qiluvchi fermentni qabul qiladi". EMBO jurnali. 25 (19): 4524–36. doi:10.1038 / sj.emboj.7601338. PMC 1589993. PMID 16990800.
Olsen QK, Blagoev B, Gnad F, Macek B, Kumar C, Mortensen P, Mann M (noyabr 2006). "Signalizatsiya tarmoqlarida global, in vivo jonli va saytga xos fosforillanish dinamikasi". Hujayra. 127 (3): 635–48. doi:10.1016 / j.cell.2006.09.026. PMID 17081983. S2CID 7827573.
Qiu XB, Ouyang SY, Li CJ, Miao S, Vang L, Goldberg AL (2006 yil dekabr). "hRpn13 / ADRM1 / GP110 - bu deubikitinatsiya qiluvchi ferment UCH37 ni bog'laydigan yangi proteazomli subbirlik". EMBO jurnali. 25 (24): 5742–53. doi:10.1038 / sj.emboj.7601450. PMC 1698896. PMID 17139257.

[refGRCh38Ensembl-1] v GRCh38: Ensembl relizi 89: ENSG00000130706 - Ansambl, 2017 yil may

[refGRCm38Ensembl-2] v GRCm38: Ensembl relizi 89: ENSMUSG00000039041 - Ansambl, 2017 yil may

[3] "Human PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.

[4] "Sichqoncha PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.

[pmid8033103-5] Shimada S, Ogawa M, Takahashi M, Schlom J, Greiner JW (Iyul 1994). "Molekulyar klonlash va M (r) 110,000 antigenining qo'shimcha oshqozon-ichak karsinomasi hujayralari tomonidan ifoda etilgan va gamma-interferon bilan regulyatsiya qilingan DNKning xarakteristikasi". Saraton kasalligini o'rganish. 54 (14): 3831–6. PMID 8033103.

[entrez-6] "Entrez Gen: ADRM1 yopishqoqligini tartibga soluvchi molekula 1".

[ReferenceA-7] Lasker K, Förster F, Bohn S, Walzthoeni T, Villa E, Unverdorben P, Bek F, Aebersold R, Sali A, Baumeister V (yanvar 2012). "26S proteazomli holokompleksning molekulyar arxitekturasi integral usul bilan aniqlanadi". Amerika Qo'shma Shtatlari Milliy Fanlar Akademiyasi materiallari. 109 (5): 1380–7. doi:10.1073 / pnas.1120559109. PMC 3277140. PMID 22307589.

[8] Rosenzweig R, Bronner V, Zhang D, Fushman D, Glickman MH (2012 yil aprel). "Rpn1 va Rpn2 proteazomda ubiqitinni qayta ishlash omillarini koordinatalashtiradi". Biologik kimyo jurnali. 287 (18): 14659–71. doi:10.1074 / jbc.M111.316323. PMC 3340268. PMID 22318722.

[9] "Uniprot: Q16186 - ADRM1_HUMAN".

[10] Gu ZC, Enenkel C (dekabr 2014). "Proteazomli yig'ilish". Uyali va molekulyar hayot haqidagi fanlar. 71 (24): 4729–4745. doi:10.1007 / s00018-014-1699-8. PMID 25107634. S2CID 15661805.

[11] Qiu XB, Ouyang SY, Li CJ, Miao S, Vang L, Goldberg AL (2006 yil dekabr). "hRpn13 / ADRM1 / GP110 - bu deubikitinatsiya qiluvchi ferment UCH37 ni bog'laydigan yangi proteazomli subbirlik". EMBO jurnali. 25 (24): 5742–53. doi:10.1038 / sj.emboj.7601450. PMC 1698896. PMID 17139257.

[12] Husnjak K, Elsasser S, Zhang N, Chen X, Randles L, Shi Y, Hofmann K, Walters KJ, Finley D, Dikic I (may 2008). "Proteazom subunit Rpn13 - bu yangi hamma joyda mavjud retseptorlari". Tabiat. 453 (7194): 481–8. Bibcode:2008 yil natur.453..481H. doi:10.1038 / nature06926. PMC 2839886. PMID 18497817.

[13] Rok KL, Gramm C, Rothstein L, Klark K, Stayn R, Dik L, Xvan D, Goldberg AL (sentyabr 1994). "Proteazoma inhibitörleri ko'p hujayra oqsillarining parchalanishini va MHC I sinf molekulalarida taqdim etilgan peptidlarning hosil bo'lishini bloklaydi". Hujayra. 78 (5): 761–71. doi:10.1016 / s0092-8674 (94) 90462-6. PMID 8087844. S2CID 22262916.

[14] Besche HC, Sha Z, Kukushkin NV, Peth A, Hock EM, Kim V, Gygi S, Gutierrez JA, Liao H, Dik L, Goldberg AL (may, 2014). "Rpn13-dagi 26S proteazomini avtoubikitinatsiya qilish uvikitin konjugatlari parchalanishini tartibga soladi". EMBO jurnali. 33 (10): 1159–76. doi:10.1002 / embj.201386906. PMC 4193922. PMID 24811749.

[15] Berko D, Herkon O, Braunshteyn I, Isakov E, Devid Y, Ziv T, Navon A, Stanxill A (Fevral 2014). "26S proteazomasidagi ajralmas assimetriya ubiqitin retseptorlari RPN13 tomonidan aniqlanadi". Biologik kimyo jurnali. 289 (9): 5609–18. doi:10.1074 / jbc.M113.509380. PMC 3937637. PMID 24429290.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]