C11orf16 - C11orf16
| C11orf16 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatorlar | |||||||||||||||||||||||||
| Taxalluslar | C11orf16, 11-xromosoma ochiq o'qish doirasi 16 | ||||||||||||||||||||||||
| Tashqi identifikatorlar | MGI: 1928824 HomoloGene: 49631 Generkartalar: C11orf16 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortologlar | |||||||||||||||||||||||||
| Turlar | Inson | Sichqoncha | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ansambl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNA) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (oqsil) | |||||||||||||||||||||||||
| Joylashuv (UCSC) | Chr 11: 8.92 - 8.93 Mb | Chr 7: 109.71 - 109.72 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed qidirmoq | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Vikidata | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Gen C11orf16, 11-xromosoma ochiq o'qish doirasi 16, a oqsil tomonidan kodlangan odamlarda C11orf16 gen.[5][6] Uning tarkibida 7 ta ekzons va 467 ta aminokislotalar bor.
Gen
Manzil
C11orf16 geni 11-xromosomada joylashgan (p15.4), 8,920,076bp dan boshlanib, 8,933,006bp bilan tugaydi.
Gen mahallasi
Gen ASCL3 va AKIP1 11-xromosomadagi C11orf16 qo'shni genlari.
Ifoda
Inson
Gen tana to'qimalarida yuqori ekspressionga ega emas. Namuna ichidagi foiz nisbati me'da osti bezi, tuxumdon va qo'shimchada yuqori.
Sichqoncha miyasi
Garchi genda yuqori darajada yuqori ifoda bo'lmasa ham sichqon miyasi, u eng ko'p o'rta miya, izokorteks, hidlash joylari va medulada ifodalanadi.
Transkripsiya omillari
Matritsaning o'xshashligi yuqori bo'lgan ba'zi transkripsiya omillari Kruppelga o'xshash sink barmoq oqsili 219, sink barmoq oqsili 263, ZKSCAN12 (sink barmoq oqsili KRAB va SCAN domenlari 12), chorionga xos transkripsiya faktori GCMa va Ras-sezgir elementni bog'laydigan oqsil. 1.[7]
mRNA
Isoform
Bashorat qilingan C11orf16 transkript varianti X1 2386 ot kuchiga teng va NCMI qo'shilish raqamiga ega XM_017018013.1.[8]
Gomologiya
Paraloglar
Yo'q paraloglar NCBI orqali C11orf16 geni uchun topilgan Portlash.
Ortologlar
| Tavsif | Umumiy ism | NCBI-ga qo'shilish identifikatori | So'rov muqovasi | E qiymati | Shaxsiyat | Ajralish sanasi (MYA) |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Homo sapiens | Inson | NP_065694.2 | 100 % | 0 | 100% | Yo'q |
| Pongo abelii | Sumatran orangutan | PNJ24628 | 84% | 0 | 95% | 15.2 |
| Aotus nancymaae | Nensi Ma ning tungi maymuni | XP_012312127.1 | 88% | 0 | 84% | 42.6 |
| Chinchilla lanigera | Uzoq dumaloq chinchilla | XP_013367496.1 | 97% | 0 | 68% | 88 |
| Equus przewalskii | Prjevalskiy oti | XP_008512245.1 | 98% | 0 | 73% | 94 |
| Cervus elaphus hippelaphus | Markaziy Evropa qizil kiyiklari | OWK17675.1 | 99% | 0 | 67% | 94 |
| Hipposideros armiger | Ajoyib dumaloq barg | XP_019511755.1 | 99% | 0 | 65% | 94 |
| Neomonachus schauinslandi | Gavayi rohibining muhri | XP_021541375.1 | 99% | 0 | 66% | 94 |
| Veksillifer lipotlari | Bayji | XP_007459933.1 | 98% | 0 | 68% | 94 |
| Myotis brandtii | Brandtning ko'rshapalagi | XP_005874017.1 | 98% | 1e-174 | 67% | 94 |
| Chelonia mydas | Yashil dengiz toshbaqasi | XP_007057171.1 | 83% | 1e-57 | 37% | 320 |
| Balearica regulorum gibbericeps | Kulrang kranli kran | XP_010311948.1 | 70% | 6e-5 | 40% | 320 |
Tabiatni muhofaza qilish
C11orf16 geni ko'plab hayvonlar turlarida, shu jumladan sutemizuvchilar, parrandalar va sudralib yuruvchilarda saqlanadi.
Oqsil
Molekulyar og'irlik
C11orf16 tomonidan kodlangan oqsilning taxmin qilingan molekulyar og'irligi 51 ga teng kiloDaltons.[9][10]
Domenlar va motiflar
CHD5 ga o'xshash protein, tirozin kinaz, shu jumladan bir nechta protein domenlari va motiflari topildi fosforillanish joyi, oqsil kinaz C fosforillanish joyi, N-miristoylanish joyi, kazein kinaz II fosforillanish joyi va cGMP ga bog'liq protein kinaz fosforillanish joyi.[11] Rasmda motiflarning joylashuvi ko'rsatilgan.
Ikkilamchi tuzilish
Protein 21,2% tashkil qilishi taxmin qilinmoqda alfa spirali, Kengaytirilgan ipning 15,2% va 63% tasodifiy lasan.
Tarjimadan keyingi modifikatsiyalar
Transmembranli helices yo'q,[12] potentsial GPI-modifikatsiyalash joylari yoki TM-oqsillari topildi. Ettita bashorat qilingan sumoylatsiya joylari mavjud edi,[13] ko'p fosforilatsiyaga asoslanib, ularning aksariyati unsp,[14] va to'qqizta glikosilatsiya joylari.[15]
Subcellular localisation predictori
Protein yadroga lokalizatsiya qilinishi 47,8% ehtimoli bilan bashorat qilingan; mitoxondriya 26,1% ehtimollik bilan.[17]
Proteinlarning o'zaro ta'siri
Oqsillar C1orf105 (xromosoma 1 ochiq o'qish doirasi 105), PWWP2A va SMYD1 (1 ta o'z ichiga olgan SET va MYND domeni) C11orf16 bilan o'zaro aloqada ekanligi aniqlandi.[18]
Klinik ahamiyati
Kasallik assotsiatsiyasi
C11orf16 geni tomonidan kodlangan oqsil, shuningdek, 19,61% ketma-ketlik identifikatoriga ega bo'lishi taxmin qilinmoqda p53 o'simta supressori - bu genning o'smani bostirish jarayoni bilan bog'liqligini ko'rsatuvchi bog'lovchi oqsil.[19]
Adabiyotlar
- ^ a b v GRCh38: Ensembl relizi 89: ENSG00000176029 - Ansambl, 2017 yil may
- ^ a b v GRCm38: Ensembl relizi 89: ENSMUSG00000031022 - Ansambl, 2017 yil may
- ^ "Human PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
- ^ "Sichqoncha PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
- ^ C, Bahr A, Mujica A, Sampson N, Bikar SE, Winterpacht A, Zabel B, Hankeln T, Schmidt ER (Avgust 2001). "Qiyosiy genomik ketma-ketlik odamning 11p15.3 xromosomasi (ST5 genini o'z ichiga olgan holda) va sichqonchaning 7-xromosomasida konservalangan sintetik mintaqaning o'xshash arxitekturasini ochib beradi". Sitogenet Hujayra Geneti. 93 (3–4): 284–90. doi:10.1159/000056999. PMID 11528127. S2CID 27611036.
- ^ "Entrez Gen: C11orf16 xromosomasi 11 ochiq o'qish doirasi 16".
- ^ "Genomatix".
- ^ "NCBI nukleotidi".
- ^ "Expasy".
- ^ "Sigma antitellari".
- ^ "Motiflarni skanerlash".
- ^ "TMHMM".
- ^ "SUMOplot".
- ^ "NetPhos".
- ^ "YingOYang".
- ^ "Protter".
- ^ "PSORTII".[doimiy o'lik havola ]
- ^ "Ip".
- ^ "SWISS-MODEL". Arxivlandi asl nusxasi 2018-05-07 da. Olingan 2018-05-06.
Tashqi havolalar
- Inson C11orf16 genom joylashuvi va C11orf16 gen tafsilotlari sahifasida UCSC Genome brauzeri.
- C11orf16 haqida ma'lumot Generkartalar
Qo'shimcha o'qish
- Kimura K, Vakamatsu A, Suzuki Y va boshq. (2006). "Transkripsiya modulyatsiyasining diversifikatsiyasi: inson genlarining muqobil alternativ targ'ibotchilarini keng ko'lamda aniqlash va tavsiflash". Genom Res. 16 (1): 55–65. doi:10.1101 / gr.4039406. PMC 1356129. PMID 16344560.
- Rual JF, Venkatesan K, Hao T va boshq. (2005). "Odamning oqsil va oqsil bilan o'zaro aloqasi tarmog'ining proteom miqyosli xaritasi tomon". Tabiat. 437 (7062): 1173–8. doi:10.1038 / nature04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.
- Bonaldo MF, Lennon G, Soares MB (1997). "Normallashtirish va ayirish: genlarni kashf etishni osonlashtirish uchun ikkita yondashuv". Genom Res. 6 (9): 791–806. doi:10.1101 / gr.6.9.791. PMID 8889548.
- Maruyama K, Sugano S (1994). "Oligo-kepka: eukaryotik mRNAlarning kepka tuzilishini oligoribonukleotidlar bilan almashtirishning oddiy usuli". Gen. 138 (1–2): 171–4. doi:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.