Kimyoviy informatika vositalari to'plamlari - Cheminformatics toolkits

Kimyoviy informatika vositalari to'plamlari bor dasturiy ta'minotni ishlab chiqarish to'plamlari bu imkon beradi kiminformatiklar virtual skrining, ma'lumotlar bazasini kimyoviy qazib olish va tuzilish-faoliyatni o'rganishda foydalanish uchun maxsus kompyuter dasturlarini ishlab chiqish.[1][2] Uskunalar to'plamlari ko'pincha yangi metodikalar bilan tajriba o'tkazish uchun ishlatiladi. Ularning eng muhim funktsiyalari kimyoviy tuzilmalarni manipulyatsiya qilish va tuzilmalarni taqqoslash bilan shug'ullanadi. Ayrim bog'lanishlar va atomlarning xususiyatlariga dasturiy kirish ta'minlanadi.

Funktsionallik

Uskunalar to'plami quyidagi funktsiyalarni taqdim etadi:

  • Turli xil kimyo fayllari formatidagi tuzilmalarni o'qing va saqlang.
  • Bir strukturaning boshqasining pastki tuzilishi ekanligini aniqlang (pastki tuzilishga mos kelish).
  • Ikki tuzilish tengligini aniqlang (to'liq mos).
  • To'plamdagi tuzilmalar uchun umumiy bo'lgan pastki tuzilmalarni aniqlash (maksimal umumiy pastki tuzilma, MCS).
  • Parchalarga bo'linib, molekulalarni qismlarga ajratish.
  • Elementlardan yoki submolekulalardan molekulalarni yig'ing.
  • Kirish reaktiv tuzilmalariga reaktsiyalarni qo'llang, natijada reaktsiya mahsuloti tuzilmalari chiqadi.
  • Molekulyar barmoq izlarini yarating. Barmoq izlari bit-vektorlar bo'lib, bu erda alohida bitlar strukturaviy xususiyatlarning mavjudligiga yoki yo'qligiga mos keladi. Barmoq izlaridan eng muhim foydalanish bu kimyo ma'lumotlar bazalarini indekslashda.

Kimyoviy informatika vositalarining ro'yxati

IsmLitsenziyaAPI-larBosh sahifaIzohlar
CDKOchiq manbaJavahttps://cdk.github.io/[3][4][5]
ChemmineROchiq manbaR, C ++http://manuals.bioinformatics.ucr.edu/home/chemminer[6][7]
Enalos KNIME tugunlariOchiq manbaKNIMEhttp://tech.knime.org/community/enalos-nodes[8]
Enalos + KNIME tugunlariMulkiyKNIMEhttp://enalosplus.novamechanics.com/[9]
IndigoOchiq manbaC, C #, Java, Pythonhttp://lifescience.opensource.epam.com/indigo
MolEngineMulkiy.NEThttps://www.scilligence.com/web/scilligence-regmol/
Molekulyar ish muhiti (MO)MulkiyIlmiy vektor tilihttps://web.archive.org/web/20160909172415/http://www.chemcomp.com/MOE-Cheminformatics_and_QSAR.htm
OpenBabelOchiq manbaC, Python, Rubyhttp://openbabel.org/,[10][11]
GeliyOchiq manbaC ++https://web.archive.org/web/20140407082845/http://www.moldb.net/helium.html
RDKitOchiq manbaPython, C ++, Java, Knimehttp://www.rdkit.org/
RcpiOchiq manbaRhttps://bioconductor.org/packages/Rcpi[12]
qoshlarini chimiribOchiq manbaPythonhttp://frowns.sourceforge.net/
BARCHAOchiq manbaXaskellhttp://www.pharmash.com/posts/2010-08-02-ouch.html
kimyogarOchiq manbaScalahttps://github.com/stefan-hoeck/chemf
3D-elektron kimyoOchiq manbaPython, Java, Knimehttps://3d-e-chem.github.io/[13][14]
SMSDCreative Commons atributiJavahttp://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/software/SMSD/[15]
Accord SDKMulkiyVBA, .NET, PL / SQLhttp://accelrys.com/products/datasheets/accord-software-development-kit.pdf
CACTVSXususiy, akademiya uchun bepul, shaxsiy foydalanish, ommaviy veb-xizmatlarTcl, C, C ++, Python, Knimehttp://www.xemistry.com/academic
Yorug'likMulkiyC, C ++, Java, Fortranhttp://www.daylight.com/products/toolkit.html
OECXususiy, akademiklar uchun bepulC ++, Python, C #, Javahttp://eyesopen.com/
Marvin, JChemXususiy, akademiklar uchun bepulJava, .NET, Javascripthttp://www.chemaxon.com
ChemDoodle APIMulkiyJava, Javascripthttp://www.ichemlabs.com
PerlMolOchiq manbaPerlhttps://web.archive.org/web/20120315121757/http://www.perlmol.org/
ADMET Predictor, MedChem studiyasi, MedChem DesignerAkademiklar uchun malakali bepulC ++, KNIME, quvur liniyasi uchuvchisihttp://www.simulations-plus.com
CDD VaultCDD uchun bepul, faqat o'qish uchun ochiq ma'lumotlarCDD Vaulthttps://www.collaborativedrug.com/cdd-vault[16]
MolecularGraph.jlMIT litsenziyasiYuliyahttps://github.com/mojaie/MolecularGraph.jl

Adabiyotlar

  1. ^ Jan-Lup Folon; Andreas Bender (2010 yil aprel). Kimyoinformatika algoritmlari bo'yicha qo'llanma. Chapman va Xoll. ISBN  978-1420082920.
  2. ^ Yoxann Gasteiger (2003 yil noyabr). Kimyoinformatika. Vili-VCH. ISBN  3527306811.
  3. ^ Shteynbek, C.; Xan Y; Kun S; Horlaxer O; Luttmann E; Willighagen E (2003). "Kimyo fanini rivojlantirish vositasi". J kimyoviy inf. Hisoblash. Ilmiy ish. 43 (2): 493–500. doi:10.1021 / ci025584y. PMC  4901983. PMID  12653513.
  4. ^ Shteynbek, Kristof; Xop S.; Kann S .; Floris M.; Guha R.; Willighagen E.L. (2006). "Kimyoviy ishlab chiqarish to'plamining so'nggi ishlanmalari - kimyo va bioinformatika uchun ochiq manbali Java kutubxonasi". Curr. Farm. Des. 12 (17): 2111–2120. doi:10.2174/138161206777585274. hdl:2066/35445. PMID  16796559.
  5. ^ Willighagen, Egon L.; Mayfild, Jon V.; Alvarsson, Jonatan; Berg, Arvid; Karlsson, Lars; Jeliazkova, Nina; Kun, Stefan; Pluskal, Tomash; Roxas-Cherto, Mikel; Spjut, Ola; Torrance, Gilleain; Evvel, Kris T.; Guha, Rajarshi; Shteynbek, Kristof (2017 yil dekabr). "Chemical Development Kit (CDK) v2.0: atomlarni yozish, tasvirlash, molekulyar formulalar va quyi tuzilmani qidirish". Cheminformatics jurnali. 9 (1): 33. doi:10.1186 / s13321-017-0220-4. PMID  29086040. S2CID  2019985.
  6. ^ Cao, Y; Charisi, A; Cheng, LC; Tszyan, T; Girke, T (2008). "ChemmineR: R. uchun murakkab konchilik asoslari". Bioinformatika. 24 (15): 1733–1734. doi:10.1093 / bioinformatics / btn307. PMC  2638865. PMID  18596077.
  7. ^ Vang, Y; Backman, TW; Horan, K; Girke, T (2013). "fmcsR: R-dan izlash uchun maksimal darajadagi umumiy tuzilmaning mos kelmasligi." Bioinformatika. 29 (21): 2792–4. doi:10.1093 / bioinformatics / btt475. PMID  23962615.
  8. ^ Knime-ni talab qiladi (http://www.knime.org/ )
  9. ^ KNIME talab qiladi (http://www.knime.org/ )
  10. ^ barcha kimyoviy fayl formatlarini o'qiydi va yozadi.
  11. ^ O'Boyl N; Bank M; Jeyms C; Morley C; Vandermeersch T; Xatchison G (2011). "Ochiq babel: ochiq kimyoviy". Cheminformatics jurnali. 3 (33): 33. doi:10.1186/1758-2946-3-33. PMC  3198950. PMID  21982300.
  12. ^ Cao DS, Xiao N, Xu QS, Chen AF (Yanvar 2015). "Rcpi: oqsillar, birikmalar va ularning o'zaro ta'sirining turli xil tavsiflovchilarini hosil qilish uchun R / bio o'tkazgich to'plami". Bioinformatika. 31 (2): 279–281. doi:10.1093 / bioinformatika / btu624. PMID  25246429.
  13. ^ McGuire R, Verhoeven S, Vass M, Vriend G, de Esch IJ, Lusher SJ, Leurs R, Ridder L, Kooistra AJ, Ritschel T, de Graaf C (2017). "3D-e-Chem-VM: erkin foydalaniladigan virtual mashinada tarkibiy ximformatika tadqiqotlari infratuzilmasi". J. Chem. Inf. Model. 57 (2): 115–121. doi:10.1021 / acs.jcim.6b00686. PMC  5342320. PMID  28125221.
  14. ^ Kooistra AJ, Vass M, McGuire R, Leurs R, de Esch IJ, Vriend G, Verhoeven S, de Graaf C (2018). "3D-e-Chem: Giyohvand moddalarni kompyuter yordamida kashf qilish uchun tarkibiy ximinformatika ish oqimlari". ChemMedChem. 13 (6): 614–626. doi:10.1002 / cmdc.201700754. PMC  5900740. PMID  29337438.
  15. ^ S. Asad Rahmon, Sayid; M. Bashton; G. L. Xolliday; R. Shrader; J. M. Tornton (2009). "Kichik molekula subgraf detektori (SMSD) uchun vositalar to'plami". Cheminformatics jurnali. 1 (12): 12. doi:10.1186/1758-2946-1-12. PMC  2820491. PMID  20298518.
  16. ^ Kimyoviy informatika, biologiya va giyohvand moddalarni topish uchun ijtimoiy tarmoqlarni birlashtirgan yangi veb-vositalar. Hohman M, Gregori K, Chibale K, Smit PJ, Ekins S, Bunin B Drug Discov Bugungi kunda. 2009 yil mart; 14 (5-6): 261-70.