DGLUCY - DGLUCY

DGLUCY
Identifikatorlar
Taxalluslar	DGLUCY, C14orf159, xromosoma 14 ochiq o'qish doirasi 159, D-glutamat siklaza
Tashqi identifikatorlar	MGI: 2444813 HomoloGene: 11798 Generkartalar: DGLUCY
Gen joylashuvi (odam)
Chr.	Xromosoma 14 (odam)
Oxiri	91,225,632 bp
Gen joylashuvi (Sichqoncha)
Chr.	Xromosoma 12 (sichqoncha)
Oxiri	100,896,981 bp
RNK ekspressioni naqsh
	Qo'shimcha ma'lumotni ifodalash ma'lumotlari
Gen ontologiyasi
Molekulyar funktsiya	• GO: 0001948 oqsil bilan bog'lanish; • D-glutamat siklaza faolligi; • liaza faoliyati; • molekulyar funktsiya;
Uyali komponent	• mitoxondriya; • mitoxondriyal matritsa; • uyali komponent;
Biologik jarayon	• glutamat metabolik jarayoni; • biologik jarayon;
	Manbalar:Amigo / QuickGO
Ortologlar
	80017
	217830
	ENSG00000133943
	ENSMUSG00000021185
	Q7Z3D6
	Q8BH86
NM_024952; NM_001102366; NM_001102367; NM_001102368; NM_001102369;
	NM_001286470; NM_001286471; NM_001286472; NM_001286473; NM_001358310; NM_001358311; NM_001358312
	NM_145448; NM_001361017; NM_001361020; NM_001361023
NP_001095836; NP_001095837; NP_001095838; NP_001095839; NP_001273399;
	NP_001273400; NP_001273401; NP_001273402; NP_079228; NP_001345239; NP_001345240; NP_001345241
	NP_663423; NP_001347946; NP_001347949; NP_001347952
	Vikidata
Insonni ko'rish / tahrirlash	Sichqonchani ko'rish / tahrirlash

DGLUCY (D-glutamat siklaza) a oqsil odamlarda kodlanganligi DGLUCY gen.^[5]

Ortologlar

Inson geni DGLUCY sutemizuvchilar va qushlarda juda ko'p saqlanadi.^[6] Ortologlar BLAST va BLAT qidiruvlarida to'plangan, inson DGLUCY mRNA ketma-ketligi 98% ning ketma-ketligi identifikatori bilan saqlanib qolganligini ko'rsatadi. shimpanze, 88% in sichqonlar va 81% platypus va tovuq.^[7]^[8] Quyidagi jadvalda BLAST qidiruvlari natijasida to'plangan ortologlar ro'yxati keltirilgan. Ketma-ket hizalamalar odamning c14orf159 varianti 1 mRNA va uning ortologlari orasidagi ketma-ketlikni identifikatsiyalash, skor va E qiymatlarini olish uchun blastn yordamida amalga oshirildi.

Inson C14orf159 Orthologs-mRNA
Tur va turlar	Umumiy ism	NCBI qo'shilish raqami	Tartib uzunligi (bp)	Tartib identifikatori	Xol
Homo sapiens	Inson	NM_001102366	3164	100%
Pan trogloditlari	Shimpanze	XM_510121	2974	98%	4281
Muskul mushak	Sichqoncha	NM_145448	3231	88%	495
Ornithorhynchus anatinus	Platypus	XM_00154336.1	1962	81%	217
Gallus gallus	Tovuq	XM_421319	3389	81	50

Inson geni DGLUCY kodlagan oqsil sutemizuvchilar, qushlar, amfibiyalar, baliqlar, tunikalar, cnidarians va echinodermalar. Biroq, oqsil ortologlari topilmadi nematodalar, artropodlar, qo'ziqorinlar, protistlar, o'simliklar, bakteriyalar yoki arxey. Qo'ziqorinlar va bakteriyalar inson c14orf159 va uning ortologlarida joylashgan DUF1445 saqlanib qolgan domenini o'z ichiga oladi. C14orf159 oqsiliga ortologlar topish uchun BLAST va BLAT qidiruvlari ishlatilgan. Quyidagi jadvalda ketma-ketlikni identifikatsiyalash, ketma-ketlik o'xshashligi, ballar va E qiymatlari bilan odam oqsiliga protein ortologlari keltirilgan.^[9]

Inson C14orf159 Orthologs-protein
Tur va turlar	Umumiy ism	NCBI qo'shilish raqami	Ketma-ketlik aminokislotalar	Tartib identifikatori	Ketma-ket o'xshashlik	Xol	Elektron qiymat
Homo sapiens	Inson	NP_001095839.1	564	100%	100%		0
Pan trogloditlari	Shimpanze	XP_510121.2	724	557/621 (89%)	561/621 (90%)	1109	0
Ailuropoda melanoleuca	Panda	EFB15996.1	585	413/585 (70%)	461/585 (78%)	824	0
Rattus norvegicus	Kalamush	XP_343096.2	618	423/618 (68%)	470/618 (76%)	774	0
Muskul mushak	Sichqoncha	NP_663423.2	617	414/623 (66%)	468/621 (75%)	796	0
Equus caballus	Ot	XP_001916913.1	581	390/585 (66%)	433/585 (74%)	728	6E-115
Ornithorhynchus anatinus	Platypus	XP_001514386.1	653	358/628 (57%)	443/628 (70%)	696	0
Gallus gallus	Tovuq	XP_421319.2	617	330/614 (53%)	414/614 (67%)	630	0
Xenopus tropicalis	G'arbiy tirnoqli qurbaqa	CAJ82045.1	616	302/611 (49%)	399/611 (65%)	582	1E-170
Danio rerio	Zebrafish	AAI244131.1	621	284/607 (46%)	386/607 (63%)	530	6E-155
Branchiostoma floridae	Lancelet	XP_002612376.1	615	237/611 (38%)	334/611 (54%)	397	6E-115
Ciona intestinalis	Vazo tunikasi	XP_001173256	486	161/501 (32%)	241/501 (48%)	244	5E-69
Strongilotsentrotus purpuratus	Kaliforniyadagi binafsha dengiz kirpi	XP_782739.1	631	9/33 (27%)	15/33 (45%)	320	5E-87
Nematostella vektensis	Starlet dengiz anemoni	XP_001637867	529	134/501 (26%)	211/501 (42%)	120	1E-31

Tarjimadan keyingi modifikatsiya

DGLUCY genining oqsilli mahsuloti bashorat qilinadi^[5] topildi^[10]^[11] bolmoq ko'chirilgan ga mitoxondriya.

Translatsiyadan keyingi modifikatsiyalar DGLUCY oqsilida bashorat qilinadi. Insonning DGLUCY-dagi barcha bashorat qilingan saytlari modifikatsiyalash ehtimolini aniqlash uchun bir nechta ketma-ketlikdagi hizalamalar yordamida ortologlar bilan taqqoslandi.^[12]^[13]^[14]^[15]^[16]

Tartibga solish

Estrogen retseptorlari alfa, huzurida estradiol, DGLUCY geni bilan bog'lanadi va ehtimol uning ekspressionini tartibga soladi.^[17]

Adabiyotlar

^ ^a ^b ^v GRCh38: Ensembl relizi 89: ENSG00000133943 - Ansambl, 2017 yil may
^ ^a ^b ^v GRCm38: Ensembl relizi 89: ENSMUSG00000021185 - Ansambl, 2017 yil may
^ "Human PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
^ "Sichqoncha PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
^ ^a ^b "Entrez Gen: C14orf159 xromosoma 14 ochiq o'qish doirasi 159".
^ Portlash. NCBI. 2010 yil 19-aprelga kirish. http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
^ UCSC Genome Browser veb-sayti, BLAT. 2010 yil 10-aprelga kirish.
^ Portlash. NCBI. 2010 yil 19-aprelga kirish.
^ Blastp. NCBI. http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
^ Mehrle A, Rozenfelder X. "RZPD CloneID DKFZp686J0759". LifeDB: Mahalliylashtirish, o'zaro ta'sirlashish, funktsional tahlillar va oqsillarni ifodalash uchun ma'lumotlar bazasi. Germaniyaning saraton kasalligini o'rganish markazi.
^ Wiemann S, Arlt D, Huber V, Wellenreuther R, Schleeger S, Mehrle A, Bechtel S, Sauermann M, Korf U, Pepperkok R, Sultmann H, Poustka A (2004 yil oktyabr). "ORFeome'dan Biologiyaga: funktsional genomika quvuri". Genom Res. 14 (10B): 2136-44. doi:10.1101 / gr.2576704. PMC 528930. PMID 15489336.
^ Odam proteomida glikozilatsiyani bashorat qilish va oqsilning o'zaro bog'liqligi. Gupta, R. va S. Brunak. Biokompyuter bo'yicha Tinch okeani simpoziumi, 7: 310-322, 2002 <http://www.cbs.dtu.dk/services/YinOYang/ >.
^ TargetP, SignalP va shu bilan bog'liq vositalar yordamida hujayrada oqsillarni topish Olof Emanuelsson, Soren Brunak, Gunnar fon Heijne, Henrik Nilsen Tabiat Protokollari 2, 953-971 (2007) http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/.
^ Mavjud Dictyostelium discoideum proteomini O-ga bog'langan GlcNAc glikosilatatsiya joylari uchun neyron tarmoqlari yordamida skanerlash. R. Gupta, E. Jung, A.A. Guli, K.L. Uilyams, S. Brunak va J. Xansen. Glikobiologiya: 9 (10): 1009-22, 1999 yil http://www.cbs.dtu.dk/services/DictyOGlyc/.
^ Sutemizuvchilar oqsilining glyukatsiyasini tahlil qilish va bashorat qilish. Morten Bo Yoxansen, Lars Kiemer va Soren Brunak Glikobiologiya, 16: 844-853, 2006 http://www.cbs.dtu.dk/services/NetGlycate/.
^ Sulfinator. Expasy vositalari. 2010 yil. http://expasy.org/tools/sulfinator/.
^ Creekmore AL, Ziegler YS, Bonéy JL, Nardulli AM (mart 2007). "Estrogen retseptorlari a ko'krak saratoni 1 bilan bog'liq halqa domeni 1 (BARD1) genining intron DNK ketma-ketligi orqali ekspressionini boshqaradi". Mol. Hujayra. Endokrinol. 267 (1–2): 106–15. doi:10.1016 / j.mce.2007.01.001. PMC 1933484. PMID 17275994.

Tashqi havolalar

Inson C14orf159 genom joylashuvi va C14orf159 gen tafsilotlari sahifasida UCSC Genome brauzeri.

Qo'shimcha o'qish

Maruyama K, Sugano S (1994). "Oligo-kepka: eukaryotik mRNAlarning kepka tuzilishini oligoribonukleotidlar bilan almashtirishning oddiy usuli". Gen. 138 (1–2): 171–4. doi:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.
Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagava K, Maruyama K va boshq. (1997). "To'liq boyitilgan va 5'darajali boyitilgan cDNA kutubxonasini qurish va tavsifi". Gen. 200 (1–2): 149–56. doi:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID 9373149.
Xartli JL, Temple GF, Brasch MA (2001). "In vitro saytga xos rekombinatsiyadan foydalangan holda DNKni klonlash". Genom Res. 10 (11): 1788–95. doi:10.1101 / gr.143000. PMC 310948. PMID 11076863.
Wiemann S, Weil B, Wellenreuther R va boshq. (2001). "Inson genlari va oqsillari katalogiga qarab: 500 cDNA ning to'liq kodlangan oqsillarini izchillik bilan tahlil qilish". Genom Res. 11 (3): 422–35. doi:10.1101 / gr. GR1547R. PMC 311072. PMID 11230166.
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH va boshq. (2003). "15000 dan ortiq to'liq uzunlikdagi odam va sichqonchani cDNA sekanslarini yaratish va dastlabki tahlil qilish". Proc. Natl. Akad. Ilmiy ish. AQSH. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002 yil PNAS ... 9916899M. doi:10.1073 / pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
Klark HF, Gurney AL, Abaya E va boshq. (2003). "Yashirin oqsillarni kashf etish tashabbusi (SPDI), odam tomonidan ajratilgan va transmembran oqsillarni aniqlash uchun keng ko'lamli sa'y-harakatlar: bioinformatikani baholash". Genom Res. 13 (10): 2265–70. doi:10.1101 / gr.1293003. PMC 403697. PMID 12975309.
Ota T, Suzuki Y, Nishikava T va boshq. (2004). "21,243 to'liq uzunlikdagi odam cDNA-larining to'liq ketma-ketligi va tavsifi". Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038 / ng1285. PMID 14702039.
Gerxard DS, Vagner L, Feingold EA va boshq. (2004). "NIH to'liq uzunlikdagi cDNA loyihasining holati, sifati va kengayishi: sutemizuvchilar genlari to'plami (MGC)". Genom Res. 14 (10B): 2121-7. doi:10.1101 / gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
Cheng J, Kapranov P, Drenkow J va boshq. (2005). "5 ta nukleotid rezolyusiyasida odamning 10 ta xromosomasining transkripsiyaviy xaritalari". Ilm-fan. 308 (5725): 1149–54. Bibcode:2005 yil ... 308.1149C. doi:10.1126 / science.1108625. PMID 15790807.
Kimura K, Vakamatsu A, Suzuki Y va boshq. (2006). "Transkripsiya modulyatsiyasining diversifikatsiyasi: inson genlarining muqobil alternativ targ'ibotchilarini keng ko'lamda aniqlash va tavsiflash". Genom Res. 16 (1): 55–65. doi:10.1101 / gr.4039406. PMC 1356129. PMID 16344560.
Mehrle A, Rozenfelder H, Shupp I va boshq. (2006). "2006 yilda LIFEdb ma'lumotlar bazasi". Nuklein kislotalari rez. 34 (Ma'lumotlar bazasi muammosi): D415-8. doi:10.1093 / nar / gkj139. PMC 1347501. PMID 16381901.

[refGRCh38Ensembl-1] v GRCh38: Ensembl relizi 89: ENSG00000133943 - Ansambl, 2017 yil may

[refGRCm38Ensembl-2] v GRCm38: Ensembl relizi 89: ENSMUSG00000021185 - Ansambl, 2017 yil may

[3] "Human PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.

[4] "Sichqoncha PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.

[entrez-5] "Entrez Gen: C14orf159 xromosoma 14 ochiq o'qish doirasi 159".

[6] Portlash. NCBI. 2010 yil 19-aprelga kirish. http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

[7] UCSC Genome Browser veb-sayti, BLAT. 2010 yil 10-aprelga kirish.

[8] Portlash. NCBI. 2010 yil 19-aprelga kirish.

[9] Blastp. NCBI. http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

[urlTable-10] Mehrle A, Rozenfelder X. "RZPD CloneID DKFZp686J0759". LifeDB: Mahalliylashtirish, o'zaro ta'sirlashish, funktsional tahlillar va oqsillarni ifodalash uchun ma'lumotlar bazasi. Germaniyaning saraton kasalligini o'rganish markazi.

[pmid15489336-11] Wiemann S, Arlt D, Huber V, Wellenreuther R, Schleeger S, Mehrle A, Bechtel S, Sauermann M, Korf U, Pepperkok R, Sultmann H, Poustka A (2004 yil oktyabr). "ORFeome'dan Biologiyaga: funktsional genomika quvuri". Genom Res. 14 (10B): 2136-44. doi:10.1101 / gr.2576704. PMC 528930. PMID 15489336.

[12] Odam proteomida glikozilatsiyani bashorat qilish va oqsilning o'zaro bog'liqligi. Gupta, R. va S. Brunak. Biokompyuter bo'yicha Tinch okeani simpoziumi, 7: 310-322, 2002 <http://www.cbs.dtu.dk/services/YinOYang/ >.

[13] TargetP, SignalP va shu bilan bog'liq vositalar yordamida hujayrada oqsillarni topish Olof Emanuelsson, Soren Brunak, Gunnar fon Heijne, Henrik Nilsen Tabiat Protokollari 2, 953-971 (2007) http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/.

[14] Mavjud Dictyostelium discoideum proteomini O-ga bog'langan GlcNAc glikosilatatsiya joylari uchun neyron tarmoqlari yordamida skanerlash. R. Gupta, E. Jung, A.A. Guli, K.L. Uilyams, S. Brunak va J. Xansen. Glikobiologiya: 9 (10): 1009-22, 1999 yil http://www.cbs.dtu.dk/services/DictyOGlyc/.

[15] Sutemizuvchilar oqsilining glyukatsiyasini tahlil qilish va bashorat qilish. Morten Bo Yoxansen, Lars Kiemer va Soren Brunak Glikobiologiya, 16: 844-853, 2006 http://www.cbs.dtu.dk/services/NetGlycate/.

[16] Sulfinator. Expasy vositalari. 2010 yil. http://expasy.org/tools/sulfinator/.

[pmid17275994-17] Creekmore AL, Ziegler YS, Bonéy JL, Nardulli AM (mart 2007). "Estrogen retseptorlari a ko'krak saratoni 1 bilan bog'liq halqa domeni 1 (BARD1) genining intron DNK ketma-ketligi orqali ekspressionini boshqaradi". Mol. Hujayra. Endokrinol. 267 (1–2): 106–15. doi:10.1016 / j.mce.2007.01.001. PMC 1933484. PMID 17275994.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]