Dockerin - Dockerin
| Dockerin domeni | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 C. thermocellum sellulosome'dan Dockerin I turi domenining tuzilishi. | |||||||||
| Identifikatorlar | |||||||||
| Belgilar | Dockerin_1 | ||||||||
| Pfam | PF00404 | ||||||||
| InterPro | IPR018242 | ||||||||
| PROSITE | PDOC00416 | ||||||||
| SCOP2 | 1daq / QOIDA / SUPFAM | ||||||||
| CDD | CD14253 | ||||||||
| |||||||||
Dockerin a protein domeni topilgan sellyuloza ning uyali tuzilishi anaerob bakteriyalar. Bu ko'pchilikda uchraydi endoglukanaza fermentlar. Dockerinning majburiy sherigi bu kohesin da joylashgan domen iskala oqsil. Dockerin domenlari o'rtasidagi bu o'zaro ta'sir ferment tsellyuloza tarkibiga kiruvchi moddalar va skafoldin oqsilining kohesin domenlari tsellyuloza kompleksini qurish uchun juda muhimdir.[1] Dockerin domeni non-tandemning ikkita takroriy takrorlanishiga egaEF qo'l kaltsiyni bog'lash motifi. Har bir motif a bilan tavsiflanadi halqa-spiral tuzilishi.[2] Dockerinning uch o'lchovli tuzilishi eritmada aniqlangan,[3] shuningdek, Khesin bilan kompleksda.[4]
Dockerin domenlarining uch turi mavjud: I, II va III navbati bilan Cohesin Type I, Cohesin Type II va Cohesin Type III bilan bog'lanadi. I turdagi dockerin domeni 65-70 ga teng qoldiqlar uzoq.[5] I turdagi o'zaro ta'sirning majburiy o'ziga xosligi tizimli va mutagenez tadqiqotlar. II turdagi o'zaro ta'sir kamroq xarakterlanadi.[6]
Shuningdek qarang
Adabiyotlar
- ^ Ding SY, Rincon MT, Lamed R, Martin JC, McCrae SI, Aurilia V va boshq. (2001). "Ruminococcus flavefaciensning sellyulozoma skafoldiniga o'xshash oqsillari". J bakteriol. 183 (6): 1945–53. doi:10.1128 / JB.183.6.1945-1953.2001. PMC 95089. PMID 11222592.
- ^ SCOP 63447
- ^ PDB: 1DAQ; Lytle BL, Volkman BF, Westler WM, Heckman MP, Wu JH (2001 yil mart). "I turdagi dockerin domenining eritma tuzilishi, yangi prokaryotik, hujayradan tashqari kaltsiyni bog'laydigan domen". J. Mol. Biol. 307 (3): 745–53. doi:10.1006 / jmbi.2001.4522. PMID 11273698.
- ^ PDB: 1OHZ; Carvalho, A. L.; Dias, F. M. V .; Prates, J. A. M .; Nagy, T .; Gilbert, H. J.; Devis, G. J.; Ferreyra, L. M. A .; Romao, M. J .; Fontes, C. M. G. A. (2003). "Keletin-dokerin kompleksining kristalli tuzilishi bilan aniqlangan sellyuloza yig'ilishi". Milliy fanlar akademiyasi materiallari. 100 (24): 13809–13814. doi:10.1073 / pnas.1936124100. PMC 283503. PMID 14623971.
- ^ InterPro: InterPro: IPR016134
- ^ Adams JJ, Uebb BA, Spenser XL, Smit SP (2005 yil fevral). "Clostridium thermocellum tsellyulozasidan II tip dockerin modulining strukturaviy tavsifi: kaltsiy ta'sirida konformatsiya va maqsadni aniqlash". Biokimyo. 44 (6): 2173–82. doi:10.1021 / bi048039u. PMID 15697243.
Tashqi havolalar
Oqsil tarkibi:
- Lytle BL, Volkman BF, Westler WM, Heckman MP, Wu JH (2001). "I turdagi dockerin domenining eritma tuzilishi, yangi prokaryotik, hujayradan tashqari kaltsiyni bog'laydigan domen". J Mol Biol. 307 (3): 745–753. doi:10.1006 / jmbi.2001.4522. PMID 11273698.
- Bayer EA, Shimon LJ, Shoham Y, Lamed R (1998). "Selülosomalar-tuzilishi va ultrastrukturasi". J tuzilishi Biol. 124 (2–3): 221–234. doi:10.1006 / jsbi.1998.4065. PMID 10049808.
O'ziga xos xususiyatlar:
- Haimovits R, Barak Y, Morag E, Voronov-Goldman M, Shoham Y, Lamed R, Bayer EA (2008). "Kohesin-dokerin mikroarray: o'zaro ta'sir qiluvchi oqsil modullarining ikkita bir-birini to'ldiruvchi oilalari o'rtasidagi turli xil o'ziga xos xususiyatlar". Proteomika. 8 (5): 968–979. doi:10.1002 / pmic.200700486. PMID 18219699.
- Adams JJ, Uebb BA, Spenser HL, Smit SP (2005). "Clostridium thermocellum tsellyulozasidan II tip dockerin modulining strukturaviy tavsifi: kaltsiy ta'sirida konformatsiya va maqsadni aniqlash". Biokimyo. 44 (6): 2173–2182. doi:10.1021 / bi048039u. PMID 15697243.
- Jindu S, Soda A, Karita S, Kajino T, Beguin P, Vu JH, Inagaki M, Kimura T, Sakka K, Ohmiya K (2004). "Clostridium josui va Clostridium thermocellum ichidagi va ularning orasidagi kohesin-dockerin o'zaro ta'siri: dockerin va kohesin domenlari va turlarning o'ziga xosligi o'rtasidagi bog'lovchi selektivlik". J Biol Chem. 279 (11): 9867–9874. doi:10.1074 / jbc.M308673200. PMID 14688277.