GenBank - GenBank

GenBank
Tarkib
TavsifBibliografik va biologik izohlarni qo'llab-quvvatlovchi 300000 dan ortiq organizmlar uchun nukleotidlar ketma-ketligi.
Ma'lumot turlari
qo'lga olindi
  • Nukleotidlar ketma-ketligi
  • Proteinlar ketma-ketligi
OrganizmlarHammasi
Aloqa
Ilmiy-tadqiqot markaziNCBI
Birlamchi iqtibosPMID  21071399
Ishlab chiqarilish sanasi1982; 38 yil oldin (1982)
Kirish
Ma'lumotlar formati
Veb-saytNCBI
URLni yuklab olishncbi ftp
Veb-xizmat URL manzili
Asboblar
InternetPortlash
MustaqilPortlash
Turli xil
LitsenziyaTushunarsiz[1]

The GenBank ketma-ketlik ma'lumotlar bazasi bu ochiq kirish, hamma uchun ochiq bo'lgan izohli to'plam nukleotid ketma-ketliklar va ularning oqsil tarjimalar. U tomonidan ishlab chiqariladi va saqlanadi Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi (NCBI; ning bir qismi Milliy sog'liqni saqlash institutlari ichida Qo'shma Shtatlar ) qismi sifatida Nukleotidlar ketma-ketligi bo'yicha ma'lumotlar bazasi bo'yicha xalqaro hamkorlik (INSDC).

GenBank va uning hamkorlari butun dunyodagi laboratoriyalarda ishlab chiqarilgan ketma-ketliklarni 100000 dan ortiq tanlab olishadi organizmlar. Ma'lumotlar bazasi 1982 yilda boshlangan Valter Goad va Los Alamos milliy laboratoriyasi. GenBank biologik sohalarda tadqiqotlar uchun muhim ma'lumotlar bazasiga aylandi va so'nggi yillarda o'sib bordi eksponent stavka taxminan har 18 oyda ikki baravar ko'payishi bilan.[2][3]

2013 yil fevral oyida ishlab chiqarilgan 194-versiyada 162 milliondan ortiq ketma-ketlikdagi 150 milliarddan ortiq nukleotid asoslari mavjud edi.[4] GenBank alohida laboratoriyalarning to'g'ridan-to'g'ri taqdimotlari, shuningdek keng ko'lamli buyurtmalar asosida qurilgan ketma-ketlik markazlar.

Yuborilganlar

GenBank-ga faqat original ketma-ketliklar yuborilishi mumkin. To'g'ridan-to'g'ri yuborish GenBank-dan foydalanib amalga oshiriladi Bank, bu veb-ga asoslangan shakl yoki mustaqil ravishda yuborish dasturi, Payet. Ketma-ket taqdimot olgandan so'ng, GenBank xodimlari ma'lumotlarning o'ziga xosligini o'rganib chiqadilar kirish raqami ketma-ketlikka va sifatni tekshirishni amalga oshiradi. So'ngra arizalar ommaviy ma'lumotlar bazasiga yuboriladi va u erda yozuvlar olinadi Entrez yoki tomonidan yuklab olinishi mumkin FTP. Ommaviy taqdimotlar Belgilangan ketma-ketlik yorlig'i (EST), Ketma-ketlik bilan belgilangan sayt (STS), Genomni o'rganish ketma-ketligi (GSS) va Genomning yuqori samaradorligi (HTGS) ma'lumotlari ko'pincha keng ko'lamli ketma-ketlik markazlari tomonidan taqdim etiladi. GenBank to'g'ridan-to'g'ri yuborish guruhi shuningdek, mikrobial genomlarning to'liq ketma-ketliklarini qayta ishlaydi.

Tarix

Valter Goad ning Nazariy biologiya va biofizika guruhi da Los Alamos milliy laboratoriyasi va boshqalar 1979 yilda Los Alamos ketma-ketlik ma'lumotlar bazasini yaratdilar, bu 1982 yilda GenBankning ochilishi bilan yakunlandi.[5] Moliyalashtirish tomonidan ta'minlandi Milliy sog'liqni saqlash institutlari, Milliy ilmiy jamg'arma, Energetika vazirligi va Mudofaa vazirligi. LANL GenBank-da firma bilan hamkorlik qildi Bolt, Beranek va Nyuman va 1983 yil oxiriga kelib unda 2000 dan ortiq ketma-ketliklar saqlandi.

1980-yillarning o'rtalarida Intelligenetics bioinformatics kompaniyasi Stenford universiteti LANB bilan hamkorlikda GenBank loyihasini boshqargan.[6] Eng qadimgi biri sifatida bioinformatika Internetdagi jamoat loyihalari, GenBank loyihasi boshlandi BIOSCI / Bionet yangiliklar guruhlari targ'ib qilish uchun ochiq kirish biologlar o'rtasida aloqa. 1989 yildan 1992 yilgacha GenBank loyihasi yangidan yaratilganiga o'tdi Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi.[7]

Genbank va EMBL: Nukleotid qatorlari 1986/1987 I-VII jildlar.
Genbank v100 CDRom

O'sish

GenBank bazasi juftliklarida o'sish, 1982 yildan 2018 yilgacha, a yarim log o'lchovi

GenBank eslatmalarni chiqarish 162.0 versiyasi uchun (2007 yil oktyabr) "1982 yildan to hozirgi kungacha GenBankdagi bazalar soni taxminan har 18 oyda ikki baravarga ko'paygan".[4][8] 2019 yil 15 iyundan boshlab, GenBank-ning 232.0 versiyasida 213.383.758 mavjud lokuslar, 329,835,282,370 asoslari, 213,383,758 dan xabar qilingan ketma-ketliklar.[4]

GenBank ma'lumotlar bazasiga qo'shimcha ketma-ketliklar kiradi, ular asosiy ketma-ketlik ma'lumotlar yig'ilishidan mexanik ravishda tuziladi va shu sababli ushbu hisobdan chiqarib tashlanadi.

GenBankdagi eng yaxshi organizmlar (191-nashr)[9]
Organizmtayanch juftliklari
Homo sapiens1.6310774187×10^10
Muskul mushak9.974977889×10^9
Rattus norvegicus6.521253272×10^9
Bos taurus5.386258455×10^9
Zea Mays5.062731057×10^9
Sus skrofa4.88786186×10^9
Danio rerio3.120857462×10^9
Strongilotsentrotus purpuratus1.435236534×10^9
Makaka mulatta1.256203101×10^9
Oryza sativa Japonica Group1.255686573×10^9
Nicotiana tabacum1.197357811×10^9
Ksenopus (Silurana) tropicalis1.249938611×10^9
Drosophila melanogaster1.11996522×10^9
Pan trogloditlari1.008323292×10^9
Arabidopsis talianasi1.144226616×10^9
Canis lupus tanish951,238,343
Vitis vinifera999,010,073
Gallus gallus899,631,338
Glycine max906,638,854
Triticum aestivum898,689,329

To'ldirilmagan identifikatsiyalash

Milliy Biotexnologiya Axborot Markazining Asosiy Mahalliy Alignment Qidiruv vositasi (NCBI BLAST) yordamida qidirib topilishi mumkin bo'lgan ommaviy ma'lumotlar bazalarida, turlarning shtammlari va turlarga bo'lmaydigan shtammlarning ketma-ketligi yo'q. Boshqa tomondan, tijorat ma'lumotlar bazalarida yuqori sifatli filtrlangan ketma-ketlik ma'lumotlari mavjud bo'lishi mumkin bo'lsa-da, cheklangan miqdordagi mos yozuvlar ketma-ketligi mavjud.

Ichida chiqarilgan qog'oz Klinik mikrobiologiya jurnali[10] baholadi 16S rRNK GenBank bilan tahlil qilingan genlarning ketma-ketligi natijalari, boshqa erkin mavjud, sifat nazorati ostida, veb-ga asoslangan ommaviy ma'lumotlar bazalari bilan birgalikda EzTaxon -e (https://web.archive.org/web/20130928154318/http://eztaxon-e.ezbiocloud.net/ ) va BIBI (https://web.archive.org/web/20151001000357/http://pbil.univ-lyon1.fr/bibi/ ) ma'lumotlar bazalari. Natijalar shuni ko'rsatdiki, GenBank yordamida o'tkazilgan tahlillar bilan birgalikda EzTaxon -e (kappa = 0.79) faqat GenBank (kappa = 0.66) yoki boshqa ma'lumotlar bazalaridan foydalanishga qaraganda ancha kamsituvchi edi.

Shuningdek qarang

Adabiyotlar

  1. ^ The sahifani yuklab olish da UCSC deydi "NCBI GenBank ma'lumotlaridan foydalanish yoki tarqatishda cheklovlar qo'ymaydi. Biroq, ba'zi topshiruvchilar da'vo qilishlari mumkin Patent, ular taqdim etgan ma'lumotlarning barchasi yoki bir qismidagi mualliflik huquqi yoki boshqa intellektual mulk huquqlari. NCBI bunday da'volarning asosliligini baholashga qodir emas va shuning uchun GenBank-da mavjud bo'lgan ma'lumotlardan foydalanish, nusxalash yoki tarqatish bo'yicha izoh yoki cheklovsiz ruxsat bera olmaydi. "
  2. ^ Benson D; Karsch-Mizrachi, I .; Lipman, D. J .; Ostell, J .; Uiler, D. L .; va boshq. (2008). "GenBank". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 36 (Ma'lumotlar bazasi): D25-D30. doi:10.1093 / nar / gkm929. PMC  2238942. PMID  18073190.
  3. ^ Benson D; Karsch-Mizrachi, I .; Lipman, D. J .; Ostell, J .; Sayers, E. V.; va boshq. (2009). "GenBank". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 37 (Ma'lumotlar bazasi): D26-D31. doi:10.1093 / nar / gkn723. PMC  2686462. PMID  18940867.
  4. ^ a b v "GenBank chiqargan eslatmalar". NCBI.
  5. ^ Xanson, Todd (2000-11-21). "Uolter Goad, GenBank asoschisi vafot etdi". Yangiliklar byulleteni: va'zgo'y. Los Alamos milliy laboratoriyasi.
  6. ^ LANL GenBank tarixi
  7. ^ Benton D (1990). "GenBank on-layn xizmatidagi so'nggi o'zgarishlar". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 18 (6): 1517–1520. doi:10.1093 / nar / 18.6.1517. PMC  330520. PMID  2326192.
  8. ^ Benson, D. A .; Kavano, M .; Klark, K .; Karsch-Mizrachi, I .; Lipman, D. J .; Ostell, J .; Sayers, E. W. (2012). "GenBank". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 41 (Ma'lumotlar bazasi muammosi): D36-D42. doi:10.1093 / nar / gks1195. PMC  3531190. PMID  23193287.
  9. ^ Benson DA, Karsch-Mizrachi I, Lipman DJ, Ostell J, Sayers EW (yanvar 2011). "GenBank". Nuklein kislotalari rez. 39 (Ma'lumotlar bazasi muammosi): D32-37. doi:10.1093 / nar / gkq1079. PMC  3013681. PMID  21071399.
  10. ^ Kyung Sun Parka, Chang-Seok Kia, Cheol-In Kangb, Yae-Jean Kimc, Du Ryeon Chungb, Kyong Ran Peckb, Jae-Hoon Songb va Nam Yong Li (2012 yil may). "GenBank, EzTaxon va BIBI xizmatlarini an'anaviy usullar bilan aniqlanmagan yoki noto'g'ri aniqlangan klinik madaniy izolyatsiyasini molekulyar aniqlash bo'yicha baholash". J. klinikasi. Mikrobiol. 50 (5): 1792–1795. doi:10.1128 / JCM.00081-12. PMC  3347139. PMID  22403421.CS1 maint: mualliflar parametridan foydalanadi (havola)


Tashqi havolalar