GyrA RNK motifi - GyrA RNA motif - Wikipedia

gyrA RNK motifi
GyrA-1-RNA.svg
Ikkinchi tuzilmaning konsensusi gyrA RNKlar
Identifikatorlar
BelgilargyrA RNK
RfamRF01740
Boshqa ma'lumotlar
RNK turiCis- tartibga soluvchi element
Domen (lar)Pseudomonadales
PDB tuzilmalarPDBe

The gyrA RNK motifi saqlanib qolgan RNK tomonidan aniqlangan tuzilish bioinformatika.[1] RNKlar tarkibidagi bakteriyalarning ko'p turlarida mavjud buyurtma Pseudomonadales. Ushbu buyurtma quyidagilarni o'z ichiga oladi tur Pseudomonas, bu opportunistik odam patogenini o'z ichiga oladi Pseudomonas aeruginosa va Pseudomonas shpritslari, o'simlik qo'zg'atuvchisi.

gyrA RNKlar har doim taxmin qilingan holda topiladi 5 'tarjima qilinmagan mintaqalar ning gyrA a kodlaydigan genlar oqsil a kichik birligini shakllantirish DNK-giraza. Antibiotikga qarshilik siprofloksatsin yilda Pseudomonas orqali ko'pincha erishiladi mutatsiyalar ichida gyrA gen.[2] Joylashuvi tufayli gyrA RNK motifi a deb faraz qilingan cis-tartibga solish elementi pastga qarab harakat qilish gyrA genlar. Biroq, gyrA ilgari ekspression darajasi turli xil o'sish sharoitlariga mos keladigan gen sifatida qabul qilingan.[3]

Adabiyotlar

  1. ^ Vaynberg Z, Vang JX, Bogue J va boshq. (2010 yil mart). "Qiyosiy genomika bakteriyalar, arxeylar va ularning metagenomlaridan 104 nomzodning tuzilgan RNKlarini aniqlaydi". Genom Biol. 11 (3): R31. doi:10.1186 / gb-2010-11-3-r31. PMC  2864571. PMID  20230605.
  2. ^ Bonomo RA, Sabo D (sentyabr 2006). "Acinetobacter va Pseudomonas aeruginosa turlarida ko'p dori-darmonlarga chidamlilik mexanizmlari". Klinika. Yuqtirish. Dis. 43 Qo'shimcha 2: S49-56. doi:10.1086/504477. PMID  16894515.
  3. ^ Vencato M, Tian F, Alfano JR va boshq. (2006 yil noyabr). "Pseudomonas syringae pv. Phaseolicola 1448A ning HrpL reguloni va III tip sekretsiya tizimining effektor oqsillarini bioinformatika yordamida aniqlash". Mol. O'simlik mikroblari o'zaro ta'sir qiladi. 19 (11): 1193–1206. doi:10.1094 / MPMI-19-1193. PMID  17073302.

Tashqi havolalar