Gaploid-nisbiy-xavf - Haploid-relative-risk - Wikipedia

The Gaplotip-nisbiy-xavf (HRR) usuli - bu genni aniqlash uchun oilaviy usul allel birlashma mavjud bo'lgan kasallikka genetik bog'liqlik. Yadro oilalari ta'sirlangan bitta bola bilan ota-ona yordamida namuna olinadi haplotiplar boshqaruv sifatida uzatilmaydi. Ga o'xshash bo'lsa-da genotip nisbiy xavf (RR), HRR muammoning echimini beradi aholining tabaqalanishi faqat oilaviy trioslarda namuna olish orqali. HRR usuli dastlab 1981 yilda Rubinshteyn tomonidan taklif qilingan, keyin 1987 yilda Rubinshteyn va Falk tomonidan batafsil bayon qilingan[1] va bu muhim vosita genetik assotsiatsiya tadqiqotlar.

Falk va Rubinstien tomonidan taklif qilingan asl uslub 1989 yilda, Ott HRR ning klassik RR uslubiga ekvivalentligini ko'rsatganida, tekshiruvdan o'tdi.[2] HRR imkoniyati nol bo'lgan taqdirdagina ushlab turilishini namoyish etadi rekombinatsiya kasallik o'rtasida lokus va uning markerlari.[3] Shunga qaramay, lokus va uning genetik belgilari uchun rekombinatsiya koeffitsienti> 0 bo'lsa ham, HRR taxminlari RR taxminlariga qaraganda ancha konservativ hisoblanadi.[4]

HRR usuli aholining tabaqalanishi tarafkashligidan qochishning samarali vositasini isbotlagan bo'lsa-da, yana bir oilaga asoslangan assotsiatsiya testi uzatish muvozanati sinovi,[5] yoki TDT, ko'proq ishlatiladi. Ba'zi tadqiqotlarda HRR va TDT bir-birini to'ldirish qobiliyati uchun ishlatiladi, chunki bitta natija hech qanday assotsiatsiyaga olib kelmasligi mumkin, ikkinchisi esa. Ham TDT, ham HRRning ijobiy assotsiatsiyasi bu aloqaning mavjudligini va aksincha, kuchli dalillarni anglatadi. Masalan, D2 va D3 da polimorfizmni izlashda HRR va TDT usullaridan foydalanilgan. dopamin retseptorlari bilan birgalikda shizofreniya va bog'lanish uchun biron bir dalil topmadilar,[6] ruhiy kasallikning etiologiyasida ushbu genlarning dolzarb rolini bajarishi ehtimoldan yiroq.

Hisoblash

Ushbu model barcha genotiplar allelni eng soddalashtirilgan ta'rifida keltirib chiqarishi mumkin bo'lgan bitta lokus mavjud bo'lgan holatni aks ettiradi. Ushbu parametrlar bo'yicha a bog'lanish nomutanosibligi 50% dan ko'prog'i gen alleli va meros bilan bog'liq bo'lishi mumkinligini anglatadi.

Taxminan hisoblash mumkin bo'lgan HHR beradi

a' gen alleli H uchun ijobiy bo'lgan bolalarning kuzatilgan chastotasini bildiradi.

b' gen alleli H uchun salbiy bo'lgan bolalarning kuzatilgan chastotasini bildiradi.

v' kamida bitta uzatiladigan ota-ona markeri alleli H bo'lgan oilalarning kuzatiladigan chastotasi.

d' Ota-onalik markeri H alleli o'tkazilmaydigan oilalarning kuzatiladigan chastotasi.

P1 bu bolaning qiziqish alleli uchun ijobiy bo'lishi ehtimoli.

P2 uzatilmagan ota-ona marker allellaridan kamida bittasi qiziqish alleliga teng bo'lish ehtimoli.

H - bu qiziqish alleli.[7]

Adabiyotlar

  1. ^ Falk CT, Rubinshteyn P (1987) "Gaplotipning nisbiy xatarlari: va xatarlarni hisoblash uchun tegishli nazorat namunasini tuzishning oson ishonchli usuli". Ann Hum Genet 51: 227-233
  2. ^ Vulf B (1955) "Qon guruhi va kasallik o'rtasidagi munosabatni baholash to'g'risida". Ann Human Genet 19: 251-253
  3. ^ Ott J (1989) haplotipning nisbiy xavfining statistik xususiyatlari. Genetik Epidemiol 6: 127-130
  4. ^ Knapp, Seuchter, Baur (1987) Yadro oilalarida assotsiatsiyani tahlil qilish uchun "Gaplotip-nisbiy-xavf" (HRR) usuli. Am J Hum Genet 52: 1085-10093,1993
  5. ^ a b c Spielman RS, McGinnis RE, Ewens WJ (Mar 1993). "Bog'lanish muvozanati uchun transmissiya testi: insulin geni mintaqasi va insulinga bog'liq diabet mellitus (IDDM)". Am J Hum Genet. 52 (3): 506-16. PMID  8447318.
  6. ^ Ambresio, Kennedy, Macciardi, makoedo, Valente, Dourado, oliveria, Carlos, Pato (2004) "Portugal populyatsiyasida DRD2 va DRD3 gen polimorfizmlari va shizofreniya o'rtasidagi oilaviy assotsiatsiyani o'rganish". Psixiatriya tadqiqotlari 125: 185-191
  7. ^ Knapp, Seuchter, Baur (1987) "Yadro oilalarida assotsiatsiyani tahlil qilish uchun haplotip-nisbiy-xavf (HRR) usuli". Am J Hum Genet 52: 1085-10093,1993