Jeffri Skolnik - Jeffrey Skolnick

Jeffri Skolnik
Tug'ilgan
Bruklin, Nyu York
Ma'lumoqsil tuzilishini tahlil qilish uchun hisoblash texnikasi
Mukofotlar
Ilmiy martaba
Maydonlar
Institutlar
TezisPolielektrolit modeliga o'xshash novda bo'yicha tekshirishlar (1978)
Doktor doktoriProfessor Marshal Fixman; Ph.D.
Veb-saytwww.biologiya.gatech.edu/ odamlar/ Jeffrey-skolnik

Jeffri Skolnik amerikalik hisoblash biologi. U hozirda Jorjiya Texnologiya Instituti Biologiya maktabi professori, direktori Tizimlar biologiyasini o'rganish markazi, Meri va Maisie Gibson kafedrasi, the Jorjiya tadqiqotlari alyansi Hisoblash tizimlari biologiyasining taniqli olimi, direktor Integrative BioSystems Institute va ilgari Intellimedix-da ilmiy maslahatchi bo'lgan.[1]

U hisoblash algoritmlarini ishlab chiqishga va ularni oqsillarning tuzilishi va funktsiyalarini bashorat qilish uchun proteomlarga tatbiq etish, kichik molekulalar ligand-oqsil bilan dori-darmonlarni kashf qilish uchun qo'llaniladigan dasturlar bilan o'zaro ta'sirini bashorat qilish, mavjud dori-darmonlarni maqsaddan tashqari ishlatilishini bashorat qilish va oqsil tuzilishi va funktsiyasini aniqlashda oqsil fizikasi va evolyutsiyasi o'rtasidagi o'zaro bog'liqlikni o'rganish.

Skolnik eng ko'p sonini namoyish qilgani bilan tanilgan ligand majburiy cho'ntaklar oqsillarda juda oz, shuning uchun katta miqdordagi giyohvand moddalarni qayta ishlab chiqarish samarasini beradi. Virtual ligand skriningida prognoz qilingan va eksperimental tuzilmalarni mavjud yondashuvlarga qaraganda yuqori aniqlik va aniqlikda ishlatish qobiliyati bilan birlashganda, FDA tomonidan tasdiqlangan dori-darmonlarni yangi harakat mexanizmlariga ega bo'lgan holda, eksperimental muvaffaqiyatga erishish ehtimoli yuqori darajada hisoblashga imkon beradi.[2][3][4]

Asosiy kashfiyotlar

Oqsil tuzilmalari va o'zaro ta'sirlar kutubxonasining to'liqligi

Skolnik birinchi bo'lib bitta domenli oqsil tuzilmalari kutubxonasi tugallanganligini va tabiatdagi kuzatilgan burmalar zich polimer zanjirlarini qamashidan kelib chiqishini namoyish etdi. Bundan tashqari, u ushbu zich polimer zanjirlari va gidrodinamik o'zaro ta'sirlarning chegaralanishi hujayralardagi diffuzion jarayonlarga ustunlik berganligini ko'rsatdi. Bundan tashqari, gidrodinamik o'zaro ta'sirlar muhim funktsional oqibatlarga olib kelishi mumkin bo'lgan katta miqdordagi vaqt va fazoviy korrelyatsiyalarni keltirib chiqaradi.[2][3][5][6]

Ligand homologiyasini modellashtirish

U shuningdek, ligand homologiyasini modellashtirish sohasida kashfiyotga asoslangan, oqsil funktsiyasini xulosa qilish, majburiy saytni prognoz qilish va virtual ligand skrining uchun FINDSITE yondashuviga asoslangan. Tadqiqot shuni ko'rsatdiki, iplar yordamida aniqlangan masofadan bog'liq bo'lgan oqsillar ko'pincha kuchli saqlanib qolgan langar funktsional guruhlarini o'z ichiga olgan kimyoviy o'xshash ligandlar egallagan umumiy ligand bog'lovchi joyni va ularning bog'lanish o'ziga xosligini hisobga oladigan o'zgaruvchan mintaqani bo'lishadi. Ushbu tushunchalar past aniqlikdagi prognoz qilingan tuzilmalarni ligand skrining / bog'lash pozalarini bashorat qilish uchun foydalanishga imkon beradi va yuqori aniqlikdagi eksperimental tuzilmalar bilan taqqoslanadigan aniqlik bilan. Virtual ligand skriningida so'nggi versiyasi FINDSITEcomb prognoz qilingan va yuqori aniqlikdagi eksperimental tuzilmalardagi an'anaviy virtual skrining yondashuvlariga qaraganda ancha yaxshi ishlashi ko'rsatildi.[7][8]

TASSER oqsil tuzilishini bashorat qilish

Shuningdek, u TASSER oqsil tuzilishini bashorat qilish uslubini ishlab chiqdi, uning variantlari eng yuqori ko'rsatkichlarga ega CASP va uchun asos I-TASSER xizmat. Modellari boshlang'ich shablonga qaraganda mahalliy tuzilishga yaqinroq bo'lgan birinchi usullardan biri TASSER edi.[9][10]

Odijk-Skolnick-Fixman elektrostatik qat'iylik uzunligi

Skolnikning fan nomzodi "Polielektrolit modelidagi tayoq ustida olib borilgan tadqiqotlar" dissertatsiyasi, Fixman va Odijk bilan birgalikda, hozirgi kunda polielektrolitlarda elektrostatik qat'iylik uzunligini nazariyasini ishlab chiqdi. Odijk-Skolnick-Fixman elektrostatik qat'iylik uzunligi bu hali ham klassik etalon deb hisoblanadi.[11][12]

Ta'lim

Skolnik 1975 yilda Vashington Universitetini kimyo san'ati bakalavri darajasida tamomlagan. Vashington Universitetidan so'ng u Yelga ko'chib o'tdi va u erda 1977 yilda kimyo bo'yicha falsafa magistri va doktorlik dissertatsiyasini tugatdi. faqat bir yil o'tgach, 1978 yilda kimyo bo'yicha.

Uning fan doktori. Doktor Marshal Fixman bilan polimer statistik mexanikasiga bag'ishlangan "Polielektrolit modelidagi novda bo'yicha tadqiqotlar" dissertatsiyasi. Skolnik va Fixman tomonidan tasvirlangan va Teo Odijk tomonidan mustaqil ravishda ishlab chiqilgan usullar hanuzgacha polielektrolitlarning elektrostatik davomiyligi uchun asos bo'lib xizmat qilmoqda.[11]

Akademik tan olish

Mukofotlar

Skolnik Amerikaning Ilm-fanni rivojlantirish assotsiatsiyasi, Biyofizik jamiyati va Sent-Luis Ilmiy akademiyasining a'zosi sifatida tan olingan. Shuningdek, unga Alfred P. Sloan nomidagi tadqiqotchilar uchun ilmiy-tadqiqot stipendiyasi berildi.[13][14][15][16]

Jurnallar va tahrir kengashlari

SanalarJurnal
2012 yil - hozirgi kunga qadarPeerJ tahrir kengashi[17]
2012 yil - hozirgi kunga qadarStrukturaviy biologiya bo'limining muharriri, to'g'ridan-to'g'ri biologiya[18]
2011 yil - hozirgi kunga qadarTahririyat kengashi, hozirgi bioinformatika[19]
2005 yil - hozirgi kunga qadarBiologiya to'g'ridan-to'g'ri tahrir kengashi[18]
2005 yil - hozirgi kunga qadarTahrir kengashi, Protein Science[20]
1998 yil - hozirgi kunga qadarTahririyat kengashi, oqsillar[21]

Shuningdek, u GeneFormatics strukturaviy proteomika kompaniyasining asoschisi va uning dasturi Tripos tomonidan tijoratlashtirildi.[22]

Professional martaba

SanalarLavozim
2010 yil - hozirgi kunga qadarJorjiya Texnologiya Institutining Integratsiyalashgan Biosistemlar Instituti direktori[1]
2008 yil - hozirgi kunga qadarMeri va Maisie Gibson hisoblash tizimlari biologiyasi kafedrasi[23]
2008–2010Jorjiya Texnologiya Instituti Integrated Biosystems Institute instituti dotsenti[1]
2007–2012Jorjiya Texnologiya Instituti kimyo va biokimyo maktabi qo'shimcha professori
2006 yil - hozirgi kunga qadarTuzilmalar biologiyasini o'rganish markazi direktori, Jorjiya Texnologiya Instituti[1]
2006 yil - hozirgi kunga qadarGRA taniqli olim, hisoblash tizimlari biologiyasi [1]
2006 yil - hozirgi kunga qadarJorjiya Texnologiya Instituti Biologiya maktabi professori[24]
2002–2005Buffalo Bioinformatika mukammallik markazi direktori[25]
2002–2005Buffalodagi Universitet Strukturaviy Biologiya professori[26]
1999–2002Danforth o'simlik ilmiy markazi direktori, hisoblash / tuzilish biologiyasi[27]

Patentlar

23.11.1993 yilda chiqarilgan 5,265,030-sonli patent. Oqsillarning uch o'lchovli tuzilishini aniqlash tizimi va usuli. Jeffri Skolnik va Andjey Kolinski ixtirochilar.[28]

9.08.1999 yilda chiqarilgan 5,933,819-sonli patent. Biologik faolpeptidlar va peptid mimetikasining nisbiy bog'lanish motiflarini bashorat qilish. Jeffri Skolnik, Mariush Milik va Andjey Kolinski ixtirochilari.[29]

7.10.2003 yilda chiqarilgan 6,631,332-sonli patent. Saytning funktsional tavsiflovchilaridan foydalanish va oqsil funktsiyasini taxmin qilish usullari. Jeffri Skolnik va Jacqulyn S. Fetrow Ixtirochilar.[30]

Adabiyotlar

  1. ^ a b v d e "SURA Georgia-ning texnik biologini taniqli olim sifatida sharaflaydi". Proteomika haftaligi. NewsRX. 2014 yil 24 mart. Arxivlangan asl nusxasi 2015 yil 29 martda. Olingan 3 avgust 2014.
  2. ^ a b Chjan, Y .; Xubner, I. A .; Arakaki, A. K .; Shaxnovich, E .; Skolnik, J. (2006 yil 14 fevral). "Bir domenli oqsil tuzilmalarining kelib chiqishi va to'liqligi to'g'risida". Milliy fanlar akademiyasi materiallari. 103 (8): 2605–2610. doi:10.1073 / pnas.0509379103. PMC  1413790. PMID  16478803.
  3. ^ a b Skolnik, Jefri; Chjou, Xongyi; Brylinski, Mixal (2012 yil 14-iyun). "Eritilgan yagona domenli oqsilli tuzilmalar kutubxonasining to'liqligi haqida qo'shimcha dalillar". Jismoniy kimyo jurnali B. 116 (23): 6654–6664. doi:10.1021 / jp211052j. PMC  3351587. PMID  22272723.
  4. ^ "Proteinlarni o'rganish shuni ko'rsatadiki, giyohvand moddalarning yon ta'siri muqarrar". Bugungi kunda giyohvand moddalarni kashf etish. 2013 yil 23-may.
  5. ^ Chjan, Yang (2009). "Oqsillar tarkibini bashorat qilish: qachon foydalidir?". Strukturaviy biologiyaning hozirgi fikri. 19 (2): 145–155. doi:10.1016 / j.sbi.2009.02.005. PMC  2673339. PMID  19327982.
  6. ^ Talsman, Kirsti. "Molekulalarning hujayralar ichida harakatlanishini modellashtirish". Milliy sog'liqni saqlash institutlari.
  7. ^ Brylinski, M.; Skolnik, J. (2007 yil 28-dekabr). "Ligandani bog'laydigan saytni bashorat qilish va funktsional izohlash uchun ipga asoslangan usul (FINDSITE)". Milliy fanlar akademiyasi materiallari. 105 (1): 129–134. doi:10.1073 / pnas.0707684105. PMC  2224172. PMID  18165317.
  8. ^ Karipis, Jorj; Rangvala, Xuzefa (2011 yil 16 mart). Protein tuzilishini bashorat qilish bilan tanishish: usullar va algoritmlar. John Wiley & Sons. p. 349. ISBN  978-1-118-09946-9.
  9. ^ Chjan, Yang; Arakaki, Adrian K.; Skolnik, Jeffri (2005). "TASSER: CASP6 da uchinchi darajali oqsillarni prognoz qilishning avtomatlashtirilgan usuli". Proteinlar: tuzilishi, funktsiyasi va bioinformatika. 61 (S7): 91-98. doi:10.1002 / prot.20724. PMID  16187349.
  10. ^ Roy, Ambrish; Kucukural, Alper; Chjan, Yang (2010 yil 25 mart). "I-TASSER: avtomatlashtirilgan oqsil tuzilishi va funktsiyalarini bashorat qilish uchun yagona platforma". Tabiat protokollari. 5 (4): 725–738. doi:10.1038 / nprot.2010.5. PMC  2849174. PMID  20360767.
  11. ^ a b Skolnik, Jefri; Fixman, Marshall (1977). "Chuvalchangsimon polielektrolitning elektrostatik qat'iylik uzunligi". Makromolekulalar. 10 (5): 944–948. doi:10.1021 / ma60059a011.
  12. ^ Dias, Rita; Lindman, Byor. DNKning polimerlar va sirt faol moddalar bilan o'zaro ta'siri. John Wiley & Sons. p. 26.
  13. ^ "O'tmishdoshlar". Alfred P. Sloan jamg'armasi. Arxivlandi asl nusxasi 2016 yil 25 fevralda. Olingan 3 avgust 2014.
  14. ^ "AAAS News & Notes". Amerika ilm-fanni rivojlantirish bo'yicha assotsiatsiyasi. Arxivlandi asl nusxasi 2012 yil 30-iyulda.
  15. ^ "Biofizika jamiyati mukofotining a'zosi". biofhysics.org. Biofizika jamiyati. Olingan 3 avgust 2014.
  16. ^ "Akademiya a'zolari". academyofsciencestl.org. Sent-Luis Fanlar akademiyasi. Olingan 3 avgust 2014.
  17. ^ "Konsultativ kengash va tahrirlovchilar" hisoblash biologiyasi ". http://peerj.com/. PeerJ. Olingan 3 avgust 2014. Tashqi havola | veb-sayt = (Yordam bering)
  18. ^ a b "Tahririyat kengashi". biologydirect.com. Biologiya to'g'ridan-to'g'ri. Olingan 3 avgust 2014.
  19. ^ "Tahririyat kengashi ::: Hozirgi bioinformatika". Bentham Science. Olingan 3 avgust 2014.
  20. ^ "Protein Science - Tahririyat kengashi - Wiley onlayn kutubxonasi". Proteinli fan. doi:10.1002 / (ISSN) 1469-896X.
  21. ^ "Proteinlar: tuzilishi, funktsiyasi va bioinformatika - tahrir kengashi - Wiley onlayn kutubxonasi". Proteinlar: tuzilishi, funktsiyasi va bioinformatika. doi:10.1002 / (ISSN) 1097-0134.
  22. ^ Xerr, Doroti. "Biotexnika biznesi". Olbrayt kolleji. Olingan 3 avgust 2014.
  23. ^ "Giyohvand moddalarni kashf qilish va terapiya bo'yicha Jahon Kongressi 2015". ddtwc.com/. Arxivlandi asl nusxasi 2014 yil 11-avgustda. Olingan 3 avgust 2014.
  24. ^ "Georgia Tech Research kompaniyasi giyohvandlikning nojo'ya ta'siri muqarrar". Global Biodefense. Stemar Media Group, MChJ. Olingan 3 avgust 2014.
  25. ^ Drury, Tracey (2004 yil 1 mart). "Bioinformatika bo'yicha olimlar UB Simpson tomonidan muhokama qilingan". Buffalo Business birinchi. Ishbilarmonlik jurnallari. Olingan 3 avgust 2014.
  26. ^ "UB Patakini sharaflaydi, yangi bioinformatika direktorini kutib oladi". WBFO Buffaloning NPR yangiliklar stantsiyasi. 10 may 2002 yil. Olingan 3 avgust 2014.
  27. ^ Xopkin, Karen (2002 yil 12-iyun). "Hisoblash biologlari buklanishga qo'shilishadi". Bio-ITWorld. Kembrij Healthtech instituti. Olingan 3 avgust 2014.
  28. ^ AQSh patent 5265030 
  29. ^ AQSh patent 5933819 
  30. ^ AQSh patent 6631332 

Tashqi havolalar