Mutatsion imzolar - Mutational signatures

Mutatsion imzolar o'ziga xoslikdan kelib chiqadigan mutatsiya turlarining xarakterli birikmalaridir mutagenez kabi jarayonlar DNKning replikatsiyasi xiyonat, ekzogen va endogen genotoksinlar ta'sir qilish, nuqsonli DNKni tiklash yo'llar va DNK fermentativ tahriri.[1]

Mutatsion imzolarni echish saraton ishtirok etgan biologik mexanizmlar haqida tushuncha beradi kanserogenez va normal somatik mutagenez.[2] Mutatsion imzolar saraton kasalligini davolash va saraton kasalligini oldini olishda ularning qo'llanilishini ko'rsatdi. Sohalaridagi yutuqlar onkogenomika molekulyar rivojlanish va foydalanishni ta'minladilar maqsadli terapiya, ammo bunday davolash usullari tarixan onkogen drayverlarni inhibe qilishga qaratilgan (masalan, EGFR funktsiyani oshirish mutatsiya va EGFR inhibitori davolash kolorektal saraton [3]). Yaqinda mutatsion imzolarni profilaktika qilish onkologik boshqarish va maqsadli davolash usullaridan foydalanishda (masalan, masalan) muvaffaqiyatli isbotlandi. immunoterapiya yilda nomuvofiqlikni tuzatish turli xil saraton turlari etishmasligi,[4] platina va PARP inhibitori ekspluatatsiya qilmoq sintetik o'lim yilda gomologik rekombinatsiya nuqsonli ko'krak bezi saratoni ).[5]

Umumiy tushunchalar

Somatik mutatsion imzolarni identifikatsiyalashning kontseptual oqimi. Turli mutagenez jarayonlari shishlarning somatik landshaftini shakllantiradi. Saraton mutatsiyalarining asoslarini aniqlash bu mutatsiyalarning takrorlanib turishi va mumkin bo'lgan sabab-mutatsion jarayonlar o'rtasidagi munosabatlarni aniqlashga imkon beradi.

Mexanizmlar - umumiy nuqtai

Biologik mutagenez mutatsion imzolar asosidagi mexanizmlar (masalan, KOSMIK 1 dan 30 gacha bo'lgan imzolar) quyidagilarni o'z ichiga oladi, lekin ular bilan chegaralanmaydi:[a][6]

Genomik ma'lumotlar

Saraton mutatsion imzosini tahlil qilish genomik ma'lumotlarni talab qiladi saraton genomini tartiblashtirish normal-normal bilan DNKning ketma-ketligi ma'lum bir o'smaning o'sma mutatsion katalogini (mutatsiya turlari va soni) yaratish uchun. Turli xil turlari mutatsiyalar (masalan, bitta nukleotidli variantlar, indellar, strukturaviy variantlar) saraton kasalligida mutatsion imzolarni modellashtirish uchun alohida yoki birgalikda ishlatilishi mumkin.

Mutatsiyalar turlari: asosli almashtirishlar

Bazani almashtirishning oltita klassi mavjud: C> A, C> G, C> T, T> A, T> C, T> G. G> T almashtirish C> A almashtirishga teng deb hisoblanadi, chunki dastlab qaysi DNK zanjirida (oldinga yoki teskari) sodir bo'lganligini farqlash mumkin emas. Shuning uchun ikkala C> A va G> T almashtirishlar "C> A" sinfining bir qismi sifatida hisoblanadi. Xuddi shu sababga ko'ra G> C, G> A, A> T, A> G va A> C mutatsiyalari "C> G", "C> T", "T> A", " T> C "va" T> G "sinflari.

5 'va 3' qo'shni bazalardan (shu bilan birga yonbosh asos juftliklari yoki trinukleotidlar konteksti) ma'lumot olish 96 ta mutatsion turga olib keladi (masalan, A [C> A] A, A [C> A] T va boshqalar). Shishning mutatsion katalogi har bir nukleotid variantini (SNV) turkumlash orqali tuziladi (sinonimlar: tayanch-juft almashtirish yoki almashtirish nuqta mutatsiyasi ) 96 ta mutatsion turidan birida va ushbu 96 ta mutatsiya turining har biri uchun almashtirishlarning umumiy sonini hisoblashda (rasmga qarang).

Shish mutatsiyasining katalogi

Aleksandrov va boshqalarning 96 ta mutatsion turi kontseptsiyasi.[6] 5 'yonboshlash asosini (A, C, G, T) hisobga olsak, 6 ta almashtirish sinflari (C> A, C> G, C> T, T> A, T> C, T> G) va 3' yonbosh asos (A, C, G, T) 96 ta mutatsion turlarining tasnifiga olib keladi (4 x 6 x 4 = 96). C> A almashtirish sinfining mumkin bo'lgan 16 ta mutatsion turi misol sifatida keltirilgan.

Shishning mutatsion katalogi (masalan, 96 ta mutatsion turining har biri uchun hisobga olinadi) olinganidan so'ng, turli mutatsion imzolarning o'smaning genomik landshaftiga qo'shgan hissalarini aniqlash uchun ikkita yondashuv mavjud:

    • Shishning mutatsion katalogi mos yozuvlar mutatsion katalogi yoki mutatsion imzolar ma'lumot to'plami bilan taqqoslanadi, masalan, inson saratonidagi mutatsion jarayonlarning 30 ta imzosi [6] saraton kasalligidagi somatik mutatsiya katalogidan (KOSMIK ) ma'lumotlar bazasi.[1]
    • De novo mutatsion imzolarni modellashtirish kabi statistik usullar yordamida amalga oshirilishi mumkin salbiy bo'lmagan matritsali faktorizatsiya potentsial yangi mutatsion jarayonlarni aniqlash.[7]

Turli mutatsion imzolarning hissasini aniqlash kanserogenez o'simta biologiyasi haqida tushuncha beradi va buning uchun imkoniyatlar yaratishi mumkin maqsadli terapiya.

Mutatsiyalar turlari: indels

Imzo 3, ko'rinishda gomologik rekombinatsiya (HR) etishmaydigan o'sma, katta hajmdagi yukning oshishi bilan bog'liq indels (50 ta nukleotidgacha) kesish nuqtalarida bir-birining ustiga tushadigan mikroxomologiya.[6] Bunday o'smalarda DNK ikki qatorli uzilishlar ning aniq bo'lmagan ta'mirlash mexanizmlari bilan ta'mirlanadi homolog bo'lmagan qo'shilish (NHEJ) yoki mikroxomologiya vositachiligida yakuniy qo'shilish (MMEJ) yuqori aniqlikdagi kadrlarni ta'mirlash o'rniga.

Imzo 6, bilan o'smalarda ko'rinadi mikrosatellitning beqarorligi, shuningdek, nukleotid takrorlanadigan mintaqalarida 1bp indellarni boyitish xususiyatlari.

Mutatsiyalar turlari: strukturaviy variantlar

Gomologik rekombinatsiya etishmovchilik Signature 3 o'rnini bosish uslubiga olib keladi, shuningdek, strukturaviy variantlarning yukini oshiradi. Yo'qligida gomologik rekombinatsiya, homolog bo'lmagan qo'shilish kabi katta tarkibiy variantlarga olib keladi xromosoma translokatsiyalari, xromosoma inversiyalari va nusxa ko'chirish raqamlari.

Mutatsion imzolar

Tanlangan mutatsion jarayonlarning qisqacha tavsifi va ular bilan bog'liq mutatsion imzolar saraton quyidagi bo'limlarga kiritiladi. Ba'zi imzolar har joyda har xil saraton turlari (masalan, 1-imzo), boshqalari esa o'ziga xos saraton kasalliklariga chalinadi (masalan, 9-imzo va limfoid xatarli kasalliklar).[6]

Ba'zi mutatsion imzolar, transkripsiyalangan yoki transkripsiyalanmagan ipga ustunlik bilan DNK zanjirlaridan biriga ta'sir ko'rsatadigan substitusiyalar bilan kuchli transkripsiya tarafkashlik xususiyatiga ega (Imzolar 5, 7, 8, 10, 12, 16).[6]

Yoshga bog'liq mutagenez

Imzo 1-da C> T ustunligi mavjud o'tish (genetika) Np [C> T] G trinukleotid tarkibida va bemorning yoshi bilan o'zaro bog'liq saraton tashxis. Tavsiya etilgan biologik mexanizm bu o'z-o'zidan deaminatsiya qilishdir 5-metiltsitozin.[6]

5-imzo ApTpN trinukleotid kontekstida transkripsion strand tarafkashligi bilan T> C almashtirishlarining ustunligiga ega.[2]

Gomologik rekombinatsiya etishmovchiligi

Imzo 3 ko'plab mutatsion sinflarining yuqori mutatsion sonlarini ko'rsatadi va ular bilan bog'liq urug'lanish va somatik (biologiya) BRCA1 va BRCA2 bir nechta mutatsiyalar saraton turlari (masalan, ko'krak, oshqozon osti bezi, tuxumdon, prostata). Ushbu imzo DNKdan kelib chiqadi ikki qatorli tanaffus ta'mirlash etishmovchiligi (yoki gomologik rekombinatsiya etishmovchiligi ). Imzo 3 yuqori yuk bilan bog'liq indels to'xtash joylarida mikroxomologiya bilan.[2]

APOBEC fermentlari

APOBEC3 oilasi sitidin deaminaz fermentlar virusli genomni tahrirlash orqali virusli infektsiyalarga javob beradi, ammo fermentativ faolligi APOBEC3A va APOBEC3B shuningdek, istalmagan xost genomini tahrirlashga olib kelishi va hatto onkogenezda ishtirok etishi mumkinligi aniqlandi inson papillomavirusi - tegishli saraton.[8]

Imzo 2 va Imzo 13 C> T va C> G almashtirishlari bilan boyitilgan va ular kelib chiqadi deb o'ylashadi sitidin deaminaz AID faoliyati /APOBEC fermentlar oilasi.[2]

Jinsiy aloqani yo'q qilish polimorfizmi APOBEC3A va APOBEC3B Signature 2 va Signature 13 mutatsiyalarining yuqori yuki bilan bog'liq.[9] Ushbu polimorfizm ko'krak bezi saratoni xavfi uchun o'rtacha penetran (fon xavfidan ikki baravar yuqori) hisoblanadi.[10] Buning asosida aniq rollar va mexanizmlar APOBEC - oraliq genomni tahrirlash hali to'liq aniqlanmagan, ammo aktivatsiyadan kelib chiqqan sitidin deaminaz (AID) /APOBEC kompleks virusli infektsiyalar va lipid metabolizmiga qarshi xujayrali immunitetga aloqador deb o'ylashadi.[11]

Signature 2 va Signature 13 ikkalasi ham sitidin deaminazlari tufayli uratsil o'rnini bosadigan sitozindan iborat. Imzo 2 ning C [T> C] N almashtirishlar nisbati yuqori, Imzo 13 esa T [C> G] N almashtirishlarning yuqori ulushiga ega. APOBEC3A va APOBEC3B - vositachilik mutagenezi replikatsiya paytida orqada qolgan DNK zanjirini o'z ichiga oladi.[12]

Mos kelmaydigan ta'mir etishmasligi

To'rt KOSMIK mutatsion imzolar bilan bog'langan DNK mos kelmasligini tiklash etishmovchilik va o'smalarda topilgan mikrosatellitning beqarorligi: Imzo 6, 15, 20 va 26.[2] Funktsiyani yo'qotish MLH1, MSH2, MSH6 yoki PMS2 genlar nuqsonga olib keladi DNK mos kelmasligini tiklash.

DNKni qayta ishlash

10-imzo transkripsiya tarafkashligiga ega va TpCpT kontekstidagi C> A almashtirishlari hamda TpTpTp kontekstidagi T> G almashtirishlari uchun boyitilgan.[2] Imzo 10 ning o'zgargan funktsiyasi bilan bog'liq DNK polimeraza epsilon, bu esa kamchilikka olib keladi DNKni qayta ishlash faoliyat. Ham germline, ham somatik POLE (gen) ekzonukleaza domeni mutatsiyalari Imzo 10 bilan bog'langan.[13]

Asosiy eksizyonni ta'mirlash

Roli MUTYH eksizyonni ta'mirlash va somatik imzoda. Kamchilik MUTYH kolorektal saraton kasalligi transversion mutatsiyalar uchun boyitishga olib keladi (G: C> T: A),[14] bilan bog'langan KOSMIK Aleksandrov va boshqalar tomonidan tasvirlangan 18-imzo[6] (Imzo 18 fitna R kodi ).[7]

Somatik boyitish transversiya mutatsiyalar (G: C> T: A) bilan bog'langan asosiy eksizyonni ta'mirlash (BER) etishmovchiligi va nuqson bilan bog'liq MUTYH, a DNK glikozilaza kolorektal saraton kasalligida.[14] To'g'ridan-to'g'ri DNK oksidlanish zarar yaratilishiga olib keladi 8-oksoguanin, agar ta'mirlanmagan bo'lsa, qo'shilishga olib keladi adenin o'rniga sitozin DNKning replikatsiyasi paytida. MUTYH mutYni kodlaydi adenin mos kelmaydigan aktsiz chiqaradigan glikozilaza fermenti adenin dan 8-oksoguanin:adenin tayanch juftligi, shuning uchun imkon beradi DNKni tiklash o'z ichiga olgan mexanizmlar OGG1 (Oksoguanin glikosilaza) va NUDT1 (Nudix gidrolaz 1, shuningdek, ma'lum MTH1, MutT homolog 1) shikastlanganlarni olib tashlash uchun 8-oksoguanin.[15]

Ekzogen genotoksinlarga ta'sir qilish

Tanlangan ekzogen genotoksinlar /kanserogenlar va ularning mutagen DNKning shikastlanishi va tiklanish mexanizmlari ma'lum molekulyar imzolar bilan bog'langan.

Ultraviyole nurlanish

7-imzo transkripsiyada bog'langan holda ta'mirlangan pirimidin-pirimidin fotodimerlarida CC> TT dinukleotid mutatsiyalarining ustunligiga ega. nukleotid eksizyonini tiklash. Transkripsiya qilinmagan DNK zanjirida boyitilgan C> T o'rnini bosuvchi kuchli transkripsiyaviy tanqislikka ega.[2] Ultraviyole radiatsiyaviy ta'sirlanish ushbu imzoning taklif qilingan mutagen mexanizmi.

Alkillovchi moddalar

11-imzo ilgari Temozolamid, an alkillash agenti.[2] Ushbu imzo C> T almashtirishlari uchun boyitilgan guanin transkripsiya bilan bog'liq bo'lgan asoslar nukleotid eksizyonini tiklash. Ushbu imzoda kuchli transkripsiya yo'nalishi mavjud.

Tamaki

Ikkala imzo 4 (tamaki chekish, o'pka saratoni ) va imzo 29 (tamaki chaynash, gingivo-bukkal og'iz orqali skuamöz hujayrali karsinoma ) C> ​​A o'rnini bosish uchun transkripsiya chizig'ini va boyitishni namoyish eting, ammo ularning tarkibi va naqshlari (har bir mutatsiya turining nisbati) biroz farq qiladi.[2]
Signature 4 ning taklif etilayotgan mexanizmi DNK qo'shimchalarini olib tashlash (tamaki benzo (a) piren kovalent ravishda chegaralangan guanin ) transkripsiyasi bilan bog'langan nukleotid eksizyonini tiklash (NER) texnika.[16]

Immunoglobulin genining gipermutatsiyasi

9-imzo aniqlangan surunkali limfotsitik leykemiya va zararli B-hujayrali limfoma va T> G uchun xususiyatlarni boyitish transversiya voqealar. Xatoga moyil polimeraza natijasida kelib chiqadi deb o'ylashadi η (POLH gen) bilan bog'liq mutagenez.[6]

Yaqinda polimeraza η xatoga yo'l qo'yadigan sintez imzosi gematologik bo'lmagan saraton bilan bog'liq (masalan, teri saratoni ) va YCG motifiga hissa qo'shishi uchun faraz qilingan mutagenez va TC dinukleotidlari almashinishining ko'payishini qisman tushuntirib berishi mumkin.[17]

Tarix

1980-yillarda, Kertis Xarris AQSh Milliy saraton institutida va Bert Vogelshteyn Baltimordagi Jons Xopkins onkologiya markazida saratonning har xil turlari o'ziga xos mutatsion to'plamga ega ekanligini ko'rsatishga muvaffaq bo'ldi. p53, turli xil vositalar, masalan, kimyoviy moddalar tufayli kelib chiqishi mumkin edi tamaki tutuni yoki ultrabinafsha quyosh nuridir.[18][19] Kelishi bilan keyingi avlod ketma-ketligi, Maykl Stratton texnologiyalarni o'rnatib, individual o'smalar ichidagi genetik o'zgarishlar haqidagi tushunchamizni tubdan o'zgartirishi mumkin Wellcome Sanger instituti Shishadagi DNKning har bir harfini o'qish uchun DNK-sekvensiya mashinalarining ulkan banklari.[20] 2009 yilga kelib, Stratton va uning jamoasi saraton genomining birinchi navbatini yaratdilar. Bu ikkita individual saraton kasalligida sodir bo'lgan barcha genetik o'zgarishlar va mutatsiyalarni ko'rsatadigan batafsil xaritalar edi - teridan melanoma va o'pka shishi.[21][22] Melanoma va o'pka saratoni genomlari ma'lum bir aybdorlarning barmoq izlarini saraton kasalliklarida bitta asosiy sabab bilan ko'rish mumkinligiga kuchli dalil edi. Ushbu o'smalar ultrafiolet nurlari yoki tamaki chekish bilan izohlanmaydigan ko'plab mutatsiyalarni o'z ichiga olgan. Detektivlik ishlari kelib chiqishi murakkab, ko'p yoki hatto to'liq noma'lum bo'lgan saraton kasalliklari uchun ancha murakkablashdi. Shunga o'xshashlik bilan, sud ekspertining qotillik joyida barmoq izlari uchun chang bosganini tasavvur qiling. Sud mutaxassisi omadini urib, deraza oynasi yoki eshik tutqichidan ma'lum qotilga mos keladigan mukammal tazyiqlar to'plamini topishi mumkin. Biroq, ular jabrlanuvchidan va potentsial gumon qilinuvchilardan tortib begunoh shaxslar va politsiya tergovchilarigacha - har xil sirtlarda bir-birining ustiga qo'yilgan barmoq izlarining mish-moshlarini aniqlab olish ehtimoli ko'proq.[20] Bu saraton genomlariga juda o'xshaydi, bu erda ko'plab mutatsion naqshlar bir-birining ustiga bir-birining ustiga qo'yilib, ma'lumotlar tushunarsiz bo'ladi. Baxtimizga, Strattonning doktoranti, Lyudmil Aleksandrov masalani matematik echish usulini o'ylab topdi. Aleksandrov o'smada topilgan individual mutagenlarning mutatsion naqshlarini bir-biridan matematik yondashuv yordamida farqlash mumkinligini ko'rsatdi. manbani ko'r-ko'rona ajratish. Yangi ajratilgan mutatsiyalar naqshlari mutatsion imzolar deb nomlandi.[20] 2013 yilda Aleksandrov va Stratton mutatsion imzoni ochish uchun birinchi hisoblash tizimini nashr etishdi saraton genomikasi ma'lumotlar.[23] Keyinchalik, ular ushbu asosni etti mingdan ziyod saraton genomiga tatbiq etishdi, inson saratonida mutatsion imzolarning birinchi xaritasini yaratishdi.[24] Hozirgi vaqtda inson saratonining repertuarida yuzdan ortiq mutatsion imzo aniqlangan.[25]

Izohlar ro'yxati

  1. ^ DNKning replikatsiyasi, parvarishlash va ta'mirlash chiziqli jarayon emasligi sababli, ba'zi imzolar mutagenez mexanizmlarining bir-birining ustiga chiqishidan kelib chiqadi.

Adabiyotlar

  1. ^ a b Forbes SA, Beare D, Boutselakis H, Bamford S, Bindal N, Tate J va boshq. (2017 yil yanvar). "COSMIC: yuqori aniqlikdagi somatik saraton genetikasi". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 45 (D1): D777-D783. doi:10.1093 / nar / gkw1121. PMC  5210583. PMID  27899578.
  2. ^ a b v d e f g h men Alexandrov LB, Jones PH, Wedge DC, Sale JE, Campbell PJ, Nik-Zainal S, Stratton MR (dekabr 2015). "Insonning somatik hujayralarida soatga o'xshash mutatsion jarayonlar". Tabiat genetikasi. 47 (12): 1402–7. doi:10.1038 / ng.3441. PMC  4783858. PMID  26551669.
  3. ^ Seow H, Yip WK, Fifis T (mart 2016). "Genomik davrda kolorektal saraton kasalligini maqsadli va immunobazli davolash usullari". OncoTargets va terapiya. 9 (9): 1899–920. doi:10.2147 / OTT.S95101. PMC  4821380. PMID  27099521.
  4. ^ Chuk MK, Chang JT, Nazariy MR, Sampene E, He K, Vays SL, Helms WS, Jin R, Li H, Yu J, Zhao H, Zhao L, Paciga M, Schmiel D, Rawat R, Keegan P, Pazdur R (Oktyabr 2017). "FDA tomonidan tasdiqlangan xulosa: Metastatik melanomani ikkinchi darajali davolash uchun Pembrolizumabni tezlashtirilgan tasdiqlash". Klinik saraton tadqiqotlari. 23 (19): 5666–5670. doi:10.1158 / 1078-0432.CCR-16-0663. PMID  28235882.
  5. ^ O'Nil, Nayjel J.; Beyli, Melani L.; Hieter, Filipp (2017 yil 26-iyun). "Sintetik o'lim va saraton". Genetika haqidagi sharhlar. 18 (10): 613–623. doi:10.1038 / nrg.2017.47. PMID  28649135. S2CID  3422717.
  6. ^ a b v d e f g h men Aleksandrov LB, Nik-Zaynal S, Wedge DC, Aparicio SA, Behjati S, Byankin AV va boshq. (2013 yil avgust). "Odam saratonida mutatsion jarayonlarning imzosi" (PDF). Tabiat. 500 (7463): 415–21. Bibcode:2013 yil Noyabr 500 .. 415.. doi:10.1038 / tabiat12477. PMC  3776390. PMID  23945592.
  7. ^ a b Zhao EY, Shen Y, Pleasance E, Kasaian K, Leelakumari S, Jones M va boshq. (Dekabr 2017). "Ko'krak bezi saratonining gomologik rekombinatsiyasi etishmovchiligi va platinaga asoslangan terapiya natijalari". Klinik saraton tadqiqotlari. 23 (24): 7521–7530. doi:10.1158 / 1078-0432.CCR-17-1941. PMID  29246904.
  8. ^ Warren C, Westrich J, Doorslaer K, Pyeon D (avgust 2017). "APOBEC3A va APOBEC3B ning inson papillomavirus infektsiyasida va kasallikning rivojlanishida tutgan o'rni". Viruslar. 9 (8): 233. doi:10.3390 / v9080233. PMC  5580490. PMID  28825669.
  9. ^ Middlebrooks CD, Banday AR, Matsuda K, Udquim KI, Onabajo OO, Pakin A va boshq. (2016 yil noyabr). "APOBEC3 mintaqasida saraton xastaligi va o'smalardagi APOBEC imzosi mutatsiyalari bilan boyitilgan germline variantlari assotsiatsiyasi". Tabiat genetikasi. 48 (11): 1330–1338. doi:10.1038 / ng.3670. PMC  6583788. PMID  27643540.
  10. ^ Nik-Zaynal S, Wedge DC, Aleksandrov LB, Petljak M, Butler AP, Bolli N va boshq. (2014 yil may). "Ko'krak bezi saratonida APOBEC-ga bog'liq mutatsion yuki bilan APOBEC3A va APOBEC3B germline nusxasi polimorfizmi assotsiatsiyasi". Tabiat genetikasi. 46 (5): 487–91. doi:10.1038 / ng.2955. PMC  4137149. PMID  24728294.
  11. ^ Yang B, Li X, Ley L, Chen J (sentyabr 2017). "APOBEC: Mutatordan muharrirga". Genetika va genomika jurnali = Yi Chuan Xue Bao. 44 (9): 423–437. doi:10.1016 / j.jgg.2017.04.009. PMID  28964683.
  12. ^ Hoopes JI, Cortez LM, Mertz TM, Malc E.P., Mieczkowski PA, Roberts SA (fevral 2016). "APOBEC3A va APOBEC3B DNKni replikatsiya qilish paytida taraqqiyot sxemasini zararsizlantirishadi". Hujayra hisobotlari. 14 (6): 1273–1282. doi:10.1016 / j.celrep.2016.01.021. PMC  4758883. PMID  26832400.
  13. ^ Rayner E, van Gool IC, Palles C, Kearsey SE, Bosse T, Tomlinson I, Church DN (fevral 2016). "Xatolar doirasi: saraton kasalligida domen mutatsiyalarini polimeraza bilan tekshirish". Tabiat sharhlari. Saraton. 16 (2): 71–81. doi:10.1038 / nrc.2015.12. PMID  26822575. S2CID  9359891.
  14. ^ a b Viel, A, Bruselles, A, Meccia, E va boshq. (2017 yil aprel). "MUTYH-nuqsonli kolorektal saraton kasalligida DNK-oksoguaninning doimiyligi bilan bog'liq bo'lgan o'ziga xos mutatsion imzo". EBioMedicine. 20: 39–49. doi:10.1016 / j.ebiom.2017.04.022. PMC  5478212. PMID  28551381.
  15. ^ Devid, SS, O'Shea, VL, Kundu, S (2007). "Oksidlovchi DNK shikastlanishini eksizyon bilan tiklash". Tabiat. 447 (7147): 941–950. Bibcode:2007 yil natur.447..941D. doi:10.1038 / tabiat05978. PMC  2896554. PMID  17581577.
  16. ^ Alexandrov LB, Ju YS, Haase K, Van Loo P, Martincorena I, Nik-Zainal S, Totoki Y, Fujimoto A, Nakagawa H, Shibata T, Campbell PJ, Vineis P, Phillips DH, Stratton MR (Noyabr 2016). "Odam saratonida tamaki chekish bilan bog'liq mutatsion imzolar". Ilm-fan. 354 (6312): 618–622. Bibcode:2016Sci ... 354..618A. doi:10.1126 / science.aag0299. PMC  6141049. PMID  27811275.
  17. ^ Rogozin IB, Goncearenco A, Lada AG, De S, Yurchenkod V, Nudelman G, Panchenko AR, Cooper DN, Pavlov YI (2018 yil fevral). "DNK polimeraza-mutatsion imzosi turli xil saraton turlarida uchraydi". Hujayra aylanishi. 17 (3): 348–355. doi:10.1080/15384101.2017.1404208. PMC  5914734. PMID  29139326.
  18. ^ Hollshteyn M, Sidranskiy D, Vogelshteyn B, Xarris CC (iyul 1991). "inson saratonidagi p53 mutatsiyalar". Ilm-fan. 253 (5015): 49–53. Bibcode:1991Sci ... 253 ... 49H. doi:10.1126 / science.1905840. PMID  1905840.
  19. ^ Olivier M, Hussain SP, Caron de Fromentel C, Hainaut P, ​​Harris CC (2004). "TP53 mutatsion spektrlari va yuki: saraton kasalligining etiologiyasi bo'yicha gipotezalarni yaratish vositasi". IARC ilmiy nashrlari (157): 247–70. PMID  15055300.
  20. ^ a b v Mozaika, Kat Arney. "DNK-detektivlari saraton kasalligining sabablarini qidirmoqda". CNN. Olingan 2018-09-25.
  21. ^ Pleasance ED, Cheetham RK, Stephens PJ, McBride DJ, Humphray SJ, Greenman CD va boshq. (2010 yil yanvar). "Odam saraton genomidan olingan somatik mutatsiyalarning to'liq katalogi". Tabiat. 463 (7278): 191–6. Bibcode:2010 yil natur.463..191P. doi:10.1038 / nature08658. PMC  3145108. PMID  20016485.
  22. ^ Pleasance ED, Stephens PJ, O'Meara S, McBride DJ, Meynert A, Jones D va boshq. (2010 yil yanvar). "Tamaki ta'sirining murakkab imzolari bo'lgan kichik hujayrali o'pka saratoni genomi". Tabiat. 463 (7278): 184–90. Bibcode:2010 yil natur.463..184P. doi:10.1038 / nature08629. PMC  2880489. PMID  20016488.
  23. ^ Aleksandrov LB, Nik-Zaynal S, Wedge DC, Kempbell PJ, Stratton MR (yanvar 2013). "Odam saratonida operatsion mutatsion jarayonlarning imzosini aniqlash". Hujayra hisobotlari. 3 (1): 246–59. doi:10.1016 / j.celrep.2012.12.008. PMC  3588146. PMID  23318258.
  24. ^ Aleksandrov LB, Nik-Zaynal S, Wedge DC, Aparicio SA, Behjati S, Byankin AV va boshq. (2013 yil avgust). "Odam saratonida mutatsion jarayonlarning imzosi". Tabiat. 500 (7463): 415–21. Bibcode:2013 yil Noyabr 500 .. 415.. doi:10.1038 / tabiat12477. PMC  3776390. PMID  23945592.
  25. ^ Alexandrov L, Kim J, Haradhvala NJ, Huang MN, Ng AW, Boot A, Covington KR, Gordenin DA, Bergstrom E (2018-05-15). "Inson saratonida mutatsion imzoning repertuarlari". bioRxiv  10.1101/322859.