SCHEMA (bioinformatika) - SCHEMA (bioinformatics)

SXEMA hisoblash hisoblanadi algoritm ichida ishlatilgan oqsil muhandisligi qismlarini aniqlash oqsillar (deb nomlangan sxemalar) bo'lishi mumkin birlashtirilgan oqsillarning yaxlitligini buzmasdan uch o'lchovli tuzilish.[1] Algoritm hisoblab chiqadi o'zaro ta'sirlar oqsil o'rtasida boshqacha aminokislota konstruktsiyani almashtirish orqali qaysi o'zaro ta'sirlarni buzish mumkinligini aniqlash uchun qoldiqlar domenlar oqsil. Ushbu uzilishlarni minimallashtirish orqali SCHEMA-dan muhandislik uchun foydalanish mumkin ximerik oqsillar bu barqaror katlama va ularning ota-ona oqsillariga nisbatan funktsiyasi o'zgargan bo'lishi mumkin.[2] SCHEMA algoritmi bir-biridan uzoqda bo'lgan b-laktamazalarning rekombinant kutubxonalarida qo'llanilgan.[3]

Adabiyotlar

  1. ^ Voigt, Kaliforniya; Martines, S; Vang, ZG; Mayo, SL; Arnold, FH; va boshq. (Iyun 2002). "Rekombinatsiya bilan saqlanib qolgan oqsil qurilish bloklari". Tabiatning strukturaviy biologiyasi. 9 (7): 553–558. doi:10.1038 / nsb805. PMID  12042875.
  2. ^ Otey, CR; Landver, M; Endelman, JB; Xiraga, K; Bloom, JD; Arnold, FH (2006 yil may). "Tuzilma asosida rekombinatsiya P450 sitoxromlarining sun'iy oilasini yaratadi". PLoS biologiyasi. 4 (5): e112. doi:10.1371 / journal.pbio.0040112. PMC  1431580. PMID  16594730. ochiq kirish
  3. ^ Meyer, M; Xoxreyn, L .; Arnold, F (2006). "Uzoq bog'liq bo'lgan beta-laktamazalarning tuzilishga asoslangan SCHEMA rekombinatsiyasi". Protein Eng Des Sel. 19: 563–570. doi:10.1093 / protein / gzl045. PMID  17090554.