SoyBase ma'lumotlar bazasi - SoyBase Database
| Tarkib | |
|---|---|
| Tavsif | SoyBase The USDA-ARS soya genetikasi va genomik ma'lumotlar bazasi |
| Ma'lumot turlari qo'lga olindi | Nuklein kislotasi, Oqsil, Ifoda, Metabolizm, Epigenetika |
| Organizmlar | Glycine max, Glitsin soja (soya, soya, soya) |
| Aloqa | |
| Ilmiy-tadqiqot markazi | USDA Qishloq xo'jaligi tadqiqotlari xizmati |
| Laboratoriya | Makkajo'xori hasharotlari va ekinlar genetikasi tadqiqot bo'limi |
| Birlamchi iqtibos | PMID 20008513 |
| Kirish | |
| Ma'lumotlar formati | Turli xil |
| Veb-sayt | soya poydevori |
| Turli xil | |
| Litsenziya | Jamoat mulki - AQSh hukumati |
| Versiyalar | Yo'q |
| Ma'lumotlarni chiqarish chastota | Doimiy ravishda |
| Kuratsiya siyosati | Professional rahbarlik |
SoyBase tomonidan yaratilgan ma'lumotlar bazasi Amerika Qo'shma Shtatlari Qishloq xo'jaligi vazirligi. U haqida genetik ma'lumotni o'z ichiga oladi soya. U genetik xaritalarni, haqidagi ma'lumotlarni o'z ichiga oladi Mendeliyalik genetika genlar va ketma-ketliklar haqidagi molekulyar ma'lumotlar. U 1990 yilda boshlangan va butun dunyo bo'ylab shaxslar va tashkilotlar uchun ochiqdir.
Tarix
SoyBase Makkajo'xori hasharotlari va makkajo'xori genetikasini tadqiq qilish bo'limi (CICGRU) tomonidan tashkil etilgan Ames, Ayova soya genetikasi jamiyati tomonidan nashr etilgan ma'lumotlarning markaziy ombori sifatida.[1] Dastlab, ma'lumotlar bazasi genetik ma'lumotlarga asoslangan genetik bog'liqlik xaritalar va boshqa Mendaliya ma'lumotlari. SoyBase genetik xaritalari - barcha nashr etilgan xaritalashlarning qo'lda tayyorlangan kompozitsiyasi va QTL o'rganadi va shu bilan markerlar va QTL ning tur darajasidagi ko'rinishini ta'minlaydi.
2010 yilda[2] soya genom ketma-ketlik gen modellari va SoyBase-ga qo'shilgan ko'plab boshqa genom izohlari bilan birga chiqarildi. SoyBase genetik bog'lanish xaritalari soya genomini yig'ish uchun ajralmas edi.
2018 yilda ma'lumotlar bazasiga 130 mamlakatdan oyiga 2600 foydalanuvchidan taxminan 63000 sahifa so'rovlari kelib tushdi. SoyBase-ga har yili Qo'shma Shtatlardagi 40 ga yaqin tashkilot va 82 ta xorijiy ta'lim muassasalari kirishadi. SoyBase ma'lumotlar AQSh va xorijiy davlat tashkilotlari va korporativ tashkilotlarga etkazib beradi.
Ma'lumotlarni taqdim etish va chiqarish siyosati
Ma'lumotlar faqat asl manba generatorlaridan qabul qilinadi. Ma'lumotlar bazasiga kiritish uchun ma'lumotlarni mustaqil ravishda aniqlaydigan foydalanuvchilar to'g'ridan-to'g'ri SoyBase bilan bog'lanishlari mumkin. Ma'lumotlarni SoyBase-ga qo'shishni osonlashtirish uchun bir qator Excelga asoslangan elektron jadval shablonlari mavjud.
SoyBase-dagi barcha ma'lumotlar cheklovsiz mavjud. Ma'lumotlarni pastki sozlash va yuklab olish uchun bir qator vositalar taqdim etiladi va kerak bo'lganda SoyBase Curator-dan ma'lumotlarning vaqtinchalik to'plamlari so'ralishi mumkin.
Qidiruv vositasi
SoyBase ma'lumotlar bazasini qidirish vositasi so'rovlar uchun matn kiritish maydonidan foydalanadi. Natijalar matn va displey shaklida qaytariladi. Natijalar soya genetik (va genomik) ma'lumotlardan foydalangan holda namoyish etiladi Umumiy Model Organizm Ma'lumotlar Bazasi (GMOD) ochiq manbali dasturiy ta'minot. SoyBase-dan tashqari, so'rov muddatiga aniq leksik moslik bilan aniqlangan ob'ektlar, shuningdek, soya uchun maxsus ontologiyadan foydalanib, biologik jihatdan bog'liq bo'lgan SoyBase ob'ektlarini aniqlaydi.
Ba'zi SoyBase ketma-ketlik ma'lumotlari va izohlari an InterMine misol (SoyMine), bu dukkakli ma'lumot tizimi loyihasi bilan hamkorlikda.[3]
Grafik displeylar
Genetik xaritalarda markerlar to'g'risidagi ma'lumotlar mavjud (SSR, RFLP, SNP va boshqalar), genlar va biparental va Genom-keng assotsiatsiyani o'rganish (GWAS) Miqdoriy xususiyatlar (QTL). Soya genetik xaritalari CMap qiyosiy genetik xaritasini ko'rish vositasi yordamida namoyish etiladi. Soya genomik ketma-ketligi va gen modeli haqidagi ma'lumotlar GBrowse ketma-ketligini ko'rish vositasi yordamida namoyish etiladi. Ushbu tomoshabinda boshqa genom izohlari mavjud epigenetik kabi ma'lumotlar DNK metilatsiyasi va gen ekspressioni turli xil davolangan va turli xil soya to'qimalari / navlaridan olingan turli xil soya shtammlari ma'lumotlari. Metabolik ma'lumotlar va biokimyoviy yo'l ma'lumotlari Pathway Tools yordamida namoyish etiladi. Soya metabolik yo'l ma'lumot (SoyCyc) O'simliklar metabolizm tarmog'i tomonidan xulosa qilingan[4] loyihasi va PathwayTools displeylarini to'ldirish uchun ishlatilgan.
Adabiyotlar
- ^ Grant, Devid; Nelson, Reks T.; Kannon, Stiven B.; Poyabzal ustasi, Rendi C. (2010). "SoyBase, USDA-ARS soya genetikasi va genomikasi ma'lumotlar bazasi". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 38 (1-qo'shimcha): D843-D846. doi:10.1093 / nar / gkp798. PMC 2808871. PMID 20008513.
- ^ Shmut, Jeremi; Kannon, Stiven B.; Shlyeter, Jessika; va boshq. (2010). "Palaeopoliploid soya genomining ketma-ketligi". Tabiat. 463: 178–183. doi:10.1038 / nature08670. PMID 20075913.
- ^ Dash, S .; Kempbell, JD .; Cannon, E.K .; va boshq. (2016). "Dukkakli o'simliklar tizimi (LegumeInfo. Org): dukkaklilar oilasi uchun federatsiya qilingan ma'lumotlar manbalari to'plamining asosiy komponenti". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 44: D1181-D1188. doi:10.1093 / nar / gkv1159. PMC 4702835. PMID 26546515.
- ^ Schlapfer, P.; Chjan, P .; Vang, C .; va boshq. (2010). "Metabolik fermentlar va o'simliklarda gen klasterlarini genomik bashorat qilish". O'simliklar fiziologiyasi. 173 (4): 2041–2059. doi:10.1140/99.16.01942.