TMEM69 - TMEM69
| TMEM69 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatorlar | |||||||||||||||||||||||||
| Taxalluslar | TMEM69, C1orf154, transmembran oqsili 69 | ||||||||||||||||||||||||
| Tashqi identifikatorlar | MGI: 3045357 HomoloGene: 9531 Generkartalar: TMEM69 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortologlar | |||||||||||||||||||||||||
| Turlar | Inson | Sichqoncha | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ansambl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNA) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (oqsil) | |||||||||||||||||||||||||
| Joylashuv (UCSC) | Chr 1: 45.69 - 45.69 Mb | Chr 4: 116.55 - 116.56 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed qidirmoq | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Vikidata | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
TMEM69, shuningdek, nomi bilan tanilgan Transmembran oqsili 69, a oqsil odamlarda TMEM69 tomonidan kodlanganligi gen.[5] TMEM69 tomonidan kodlangan oqsilning diqqatga sazovor xususiyati beshta transmembran segmentining mavjudligi.[6]
Ma'lumotlar
| Kirish raqamlari | Manzil | Identifikatorlar | M.W. | pI |
|---|---|---|---|---|
| mRNA: NM_016486.3 oqsil: NP_057570.2 [5] | 1p34.1 | HSPC229, C1orf154, FLJ21029, LOC51249 | 27,6 kDa | 10.3 |
Gen
1p34.1 xromosomasida joylashgan TMEM69 geni 7,24 kb ni o'z ichiga oladi.[7] U 46152886 dan 46160121 gacha bo'lgan genomik ketma-ketlikning ortiqcha qismida va birlamchi kodni kodlaydi mRNA 3 ni o'z ichiga olgan transkript exons va uzunligi 6262 bp. TMEM69 genini kodlash uchun uchta muqobil transkriptlar bashorat qilinadi.[8]
Genlar mahallasi
| Genning nomi | Manzil | Yo'nalish | Funktsiya | |
| GPBP1L1 (GC ga boy promotorni bog'lovchi oqsil 1 ga o'xshash 1) | 1p34.1 | minus | Transkripsiyani boshqarishda funktsiyalar[9] | |
| CCDC17 (17 ta o'z ichiga olgan o'ralgan spiralli domen) | 1p34.1 | minus | Hech qanday funktsional ma'lumot topilmadi | |
| MAST2 (mikrotubulaga bog'liq serin / treonin kinaz 2) | 1p34.1 | ortiqcha | Ko'p oqsil tarkibidagi funktsiyalar spermatidlarning kamolotida murakkab. Makrofaglarda lipopolisakkarid ta'sirida hosil bo'lgan IL-12 sintezini tartibga soladi[10]|| | |
| IPP (Intracisternal A zarrachali polipeptid) | 1p34-p32 | minus | aktin bilan o'zaro ta'sir qiladi[11] |
Funktsiya
TMEM69 ning aniq funktsiyasi hali ilmiy jamoatchilik tomonidan tushunilmagan. Shu bilan birga, G tarkibidagi oqsil retseptorlari majmuasida iskala oqsili rolini o'ynaydi deb o'ylashadi Xenopus tropicalis. XtGPR54-2 geni IPP bilan klaster hosil qilganligi va scaffold_41 da GPBP1 hosil bo'lganligi ko'rsatilgan.[12] Ushbu kompleks miya hujayralarining plazma membranasida bog'laydigan ligand, kisspeptin uchun retseptor vazifasini bajaradigan G bilan bog'langan oqsil retseptorlarining bir qismidir.[12]
Oqsil
TMEM69 - 247 aminokislotalar uzunligi bo'yicha. Beshta transmembran segmentlari, shuningdek, noma'lum funktsiya doirasi, 91-232 aminokislotalarni o'z ichiga olgan DUF3429 mavjud.[13]
Bashorat qilingan xususiyatlar
TMEM69-ning ishlatilishi taxmin qilingan xususiyatlari Bioinformatika vositalar:
- Molekulyar Og'irligi: 27,6 KDa.[7]
- Izoelektrik nuqta: 10.3[14]
- Tarjimadan keyingi modifikatsiya: NetPhos dasturida bir nechta fosforillanish joylari bashorat qilinadi ExPASy . NetPhos 12, 27, 33, 85, 93, 183 va 234 pozitsiyalarida aminokislota serin uchun 7 ni bashorat qildi; 26-holatdagi treonin uchun 1; 57 va 159 holatida tirozin uchun 2 va.[15] NetGlyc yoqilgan ExPASy 7, 60, 73, 156 va 239 pozitsiyalarida 5 ta glikatsiya joyini taxmin qildi.
- Transmembran segmentlari: TMEM69 tarkibida 97-117, 122-142, 159-179, 185-205 va 216-236 pozitsiyalarida joylashgan 5 ta transmembran mintaqalar mavjud.[16]
Ifoda
TMEM69 har doim ham inson tanasida past darajada namoyon bo'ladi, ammo EST profil ma'lumotlari shuni ko'rsatadiki, TMEM69 ayniqsa neyroendokrin to'qimalarda yuqori darajada namoyon bo'ladi. jigar, amigdala, gipokampus va gipotalamus.[17] TMEM69 chalingan bemorlarda odatdagidan pastroq darajada ifodalanganligi aniqlandi ateroskleroz.[18]
Gomologiya
Ortologlar
TMEM69 geni bir nechta hayot shaklida chuqur saqlanib qolgan. Garchi u boshqa sutemizuvchilar orloglari orasida eng yuqori konservatsiyani ko'rsatsa-da akkordatlar baliqlar, qushlar va amfibiyalar kabi o'simliklar, hasharotlar, zamburug'lar va bakteriyalarda ba'zi bir saqlanish mavjud.[13]
| Tur / tur | Organizmning umumiy nomi | Kirish raqami | Ketma-ket identifikatsiya | Uzunlik (AA) | |
| Macaca fascicularis | Qisqichbaqa iste'mol qiladigan makak | EHH61428.1 | 89% | 246 | |
| Kallitrix jakusi | Maymun | XP_002750811.1 | 83% | 249 | |
| Muskul mushak | Uy sichqonchasi | AAI06179.1 | 69% | 245 | |
| Xenopus tropicalis | Qurbaqa | NP_001016103.1 | 49% | 253 | |
| Rattus norvegicus | Kalamush | EDL90276.1 | 70% | 247 | |
| Oryctolagus cuniculus | Quyon | XP_002715715 | 74% | 250 | |
| Anolis karolinensis | Kertenkele | XP_003220264.1 | 50% | 257 | |
| Danio rerio | Zebrafish | XP_685684.1 | 49% | 249 | |
| Salmo lar | Go'shti Qizil baliq | NP_001134056.1 | 50% | 259 | |
| Daphia pulex | Suv burgasi | EFX84634.1 | 35% | 208 | |
| Ostreococcus tauri | Yashil suv o'tlari | XP_003081614.1 | 34% | 166 | |
| Pseudomonas putida W619 | Tuproq bakteriyasi | YP_001748891.1 | 32% | 152 | |
| Schizophyllum Commune | Qo'ziqorin | XP_003035659.1 | 27% | 363 |
Paraloglar
TMEM69 uchun paraloglar topilmadi.
Tabiatni muhofaza qilish
TMEM69 turli xil organizmlarda yaxshi saqlanadi. Ko'plab ortologlar platsenta sutemizuvchilarida bo'lsa ham, ba'zi ortologlar bakteriya va zamburug'larda uchraydi. TMEM69 bilan ketma-ket o'xshashligi aniqlangan eng uzoq ortelog Pseudomonas putida W619, bu tuproq bakteriyasining bir turi.[19] Ayniqsa, eng uzoq orloglarda ham yaxshi saqlanadi, shu jumladan Pseudomonas putida W619, TMEM69 ning ikkinchi transmembran segmentining ko'p qismi. Qattiq orloglarda barcha beshta transmembranali domenlar saqlanib qoladi.[20] TMEM69 ichida topilgan konservalangan domenlar DUF3429 tarkibiga kiradi, bu bakteriyalar va eukaryotlarda mavjud bo'lgan xarakterlanmagan oqsillar oilasi.[13]
Adabiyotlar
- ^ a b v GRCh38: Ensembl relizi 89: ENSG00000159596 - Ansambl, 2017 yil may
- ^ a b v GRCm38: Ensembl relizi 89: ENSMUSG00000055900 - Ansambl, 2017 yil may
- ^ "Human PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
- ^ "Sichqoncha PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
- ^ a b "Entrez Gen: TMEM69 Transmembran Protein 69". Olingan 22 aprel 2012.
- ^ "Expasy: SOSUI". Arxivlandi asl nusxasi 2012 yil 15 mayda. Olingan 15 aprel 2012.
- ^ a b "TMEM69". Olingan 2 fevral 2012.
- ^ "Transcript variantlari TMM69". Olingan 13 fevral 2012.
- ^ "NCBI: Gen". Olingan 13 aprel 2012.
- ^ "NCBI: Gen". Olingan 13 aprel 2012.
- ^ "NCBI: Gen". Olingan 13 aprel 2012.
- ^ a b "Kisspeptinlar va umurtqali hayvonlardagi GPR54 retseptorlari shakllarining molekulyar evolyutsiyasi". Olingan 22 aprel 2012.
- ^ a b v "BLAST". Olingan 16 fevral 2012.
- ^ "Kompyuter pI / Mw". Olingan 11 aprel 2012.
- ^ "NetPhos". Olingan 13 aprel 2012.
- ^ "UniProtKB". Olingan 22 fevral 2012.
- ^ "GeneCards". Olingan 18 aprel 2012.
- ^ "GEOProfiles". Olingan 22 fevral 2012.
- ^ "Ensembl Genom brauzeri: TMEM69". Olingan 22 aprel 2012.
- ^ "Biology Workbench: CLUSTALW". Olingan 22 aprel 2012.[doimiy o'lik havola ]
Ushbu maqolada Amerika Qo'shma Shtatlarining Milliy tibbiyot kutubxonasi ichida joylashgan jamoat mulki.