TMEM8B - TMEM8B
Transmembran oqsili 8B a oqsil odamlarda kodlanganligi TMEM8B gen. U a uchun kodlaydi transmembran oqsili ya'ni 338 ta aminokislotadan iborat bo'lib, u odamning 9-xromosomasida joylashgan.[5] Ushbu gen bilan bog'liq taxalluslarga C9orf127, NAG-5 va NGX61 kiradi.[6]
Gen
Manzil
Sitogen joylashuvi: 9p13.3[7]Joylashgan 9-xromosoma inson genomida. U 35,814,451 tayanch juftligidan boshlanadi va 35,865,518 da tugaydi va 19 eksonni o'z ichiga oladi. Proteinlarni kodlovchi 13 ta transkript variantlari mavjud va eng uzun transkript varianti 790 ta aminokislotadan iborat.
Ifoda
TMB8B-dagi NCBI ning EST Abundance Profile sahifasidagi ma'lumotlardan foydalangan holda, ekspression darajasi insonning 32 xil to'qimalarida farq qiladi. Eng yuqori darajadagi ifodalarni miya, tuxumdonlar, prostata, platsenta, va oshqozon osti bezi.[8] Ba'zi saraton to'qimalarida, xususan nazofarenks va kolorektal karsinomalarda ifoda darajasi pasayadi. TMEM8B rivojlanishning barcha bosqichlarida, shu jumladan homila bosqichlarida namoyon bo'ladi, chunki past darajadagi ekspresyon mavjud xomilalik jigar, miya va timus.[8]
mRNA
Splice variantlari
TMEM8B odamlarda ma'lum bo'lgan 13 mRNA qo'shilish variantiga ega: Quyidagi jadvalga qarang. Barcha 13 ta variant oqsillarni kodlovchi bo'lib, ularning barchasida 19 ta ekzons mavjud.
| Ism | Kirish raqami | Aminokislota uzunligi | mRNA |
|---|---|---|---|
| Isoform A | NP_001036055.1 | 472 | NM_001042589.2 |
| Isoform B | NP_057530.2 | 338 | NM_016446.3 |
| Isoform X1 | XP_011516213.1 | 508 | XM_011517911.2 |
| Isoform X2 | XP_011516204.1 | 498 | XM_011517902.2 |
| Isoform X3 | XP_024303339.1 | 482 | XM_024447571.1 |
| Isoform X4 | XP_011516205.1 | 399 | XM_011517903.2 |
| Isoform X5 | XP_024303338.1 | 373 | XM_024447570.1 |
| Isoform X6 | XP_011516206.1 | 790 | XM_011517904.3 |
| Isoform X7 | XP_011516207.1 | 334 | XM_011517905.1 |
| Isoform X8 | XP_016870294.1 | 675 | XM_017014805.1 |
| Isoform X9 | XP_011516218.1 | 450 | XM_011517916.2 |
| Isoform X10 | XP_016870296.1 | 406 | XM_017014807.1 |
| Isoform X11 | XP_011516220.1 | 398 | XM_011517918.3 |
NCBI Gen-dan quyidagi rasmda TMEM8B bilan taqqoslaganda har bir izoformning xromosoma joylashuvi tasvirlangan.
Oqsil
Proteinlarni tahlil qilish
Proteinlarni tahlil qilish Isoform A.TMEM8B izoform A-da 472 ta aminokislotadan iborat. Molekulyar og'irligi 36,8 kDa,[9] izoelektrik nuqta esa 6,773 ga teng.[10] 7 bor transmembranali domenlar, natijada oqsilning 52% i tarkibida bo'ladi plazma membranasi.[11] C-zaryad> N-zaryad va shuning uchun C-terminali oxiri ichki tomonda. Transmembranali domenlar ko'pgina ortologlarda, shu jumladan barcha sutemizuvchilarda saqlanadi. Boshqa oqsillarga nisbatan TMEM8B normal K darajasidan yuqori, Lizin va L, Leytsin.[9] TMEM8B saqlanadigan domenlari tarkibida to'rtta aminokislotadan iborat uchta takrorlanadigan lösinga boy mintaqalar mavjud. Leytsinga boy mintaqalar o'zlari ichida gidrofobik o'zaro ta'sirga olib kelishi mumkin.[12]
Ikkilamchi tuzilish
Ikkilamchi tuzilishni aniqlash ushbu oqsilning funktsiyasini yanada tahlil qilishda yordam beradi. Alfa spirallari transmembranali mintaqalarning eng kuchli ko'rsatkichlari hisoblanadi, chunki spiral tuzilish barcha magistral vodorod bog'lanishlarini ichki darajada qondira oladi. Shuning uchun bu oqsilning ikkilamchi tuzilishi amaliydir, chunki alfa spirallarning ko'pi taxmin qilingan transmembran mintaqalarida yotadi. Ushbu oqsilda aniqlangan boshqa muhim tuzilmalarga muhim deb faraz qilingan kengaytirilgan iplar kiradi katlanadigan mintaqalar va tasodifiy bobinlar, muntazam ikkilamchi tuzilish bo'lmagan taqdirda konformatsiyalar klassi.
Uchinchi darajali tuzilish
I-TASSER[13] alfa spirallari va beta-varaqlarning strategik katlamalari bilan TMEM8B ning 3-darajali uchinchi tuzilishini bashorat qildi. TMEM8B-ning yuqori ballli hidrofobik segmentlari mavjud emasligiga qaramay, bu odatda 3D strukturaning ichki qismida yashiringan bo'lsa-da, bu oqsil tarkibidagi ko'p miqdordagi Leytsin (L) aminokislotalari o'zi bilan hidrofobik o'zaro ta'sirlarni hosil qiladi va bu joylar bashorat qilinadi strukturaning ichki qismiga ko'milgan.[12] Bashorat qilingan uchinchi darajali tuzilishni ko'rish uchun quyidagi rasmga qarang.
TMEM8B juda o'xshash uchinchi darajali tuzilishga o'xshaydi Reelin oqsili, 42% qamrov va 14,79% hisobga olish bilan bashorat qilingan[14] Reelin oqsili transmembranali domenlarga ega emas va asosan miya yarim korteksi va gipokampus, bu erda nazorat qilishda muhim rol o'ynaydi neyron migratsiyasi va miya rivojlanishi davomida uyali qatlamlarning shakllanishi.
Gomologiya
Ortologlar
TMEM8B ortologlari BLAST-da tartiblangan[15] va 20 ta turli xil ortologlar tanlab olindi. Ortologlar ko'p hujayrali organizmlar bo'lib, ular turlicha sutemizuvchilar, kemiruvchilar, qushlar, baliq, amfibiyalar, echinodermalar, akkordatlar, hasharotlar va cnidarians. Quyidagi jadvalga qarang. Vaqt daraxti MYA-da ko'rsatilgan evolyutsion dallanishni topish uchun ishlatilgan dastur edi,[16] va genomning saqlanib qolgan domenlari topildi va ClustalW yordamida tahlil qilindi.[17]
| Turlarning turlari | Umumiy ism | Odamlardan ajralib chiqish (MYA) | Kirish raqami | Aminokislota uzunligi | Ketma-ket identifikatsiya | Ketma-ket o'xshashlik |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Homo sapiens | Odamlar | -- | EAW58325.1 | 338 | -- | -- |
| Carlito syrichta | Filippin tarsieri | 67.1 | XP_008061336.2 | 273 | 96% | 97% |
| Trichechus manatus latirostris | Florida manatee | 105 | XP_004372337.1 | 273 | 96% | 97% |
| Neomonachus schauinslandi | Gavayi rohibining muhri | 96 | XP_021546789.1 | 280 | 96% | 96% |
| Pelecanus Crispus | Dalmatian pelikan | 312 | XP_009481450.1 | 219 | 75% | 86% |
| Salmo lar | Atlantika lososlari | 435 | XP_013999021.1 | 494 | 68% | 86% |
| Struthio camelus australis | Janubiy tuyaqush | 312 | XP_009675834.1 | 283 | 70% | 81% |
| Cariama cristata | Qizil oyoqli seriya | 312 | XP_009701221.1 | 280 | 68% | 80% |
| Egretta garzetta | Kichkina egret | 312 | XP_009645653.1 | 282 | 68% | 79% |
| Sinocyclocheilus graham | Oltin chiziqli baliqlar | 435 | XP_016091386.1 | 295 | 62% | 76% |
| Charadrius vociferus | Kildeer | 312 | XP_009889203.1 | 420 | 63% | 75% |
| Chrysochloris asiatica | Cape oltin mol | 105 | XP_006863153.1 | 392 | 93% | 75% |
| Branchiostoma belcheri | Belcherning Lancelet | 684 | XP_019646192.1 | 209 | 37% | 54% |
| Ksenopus laevis | Afrika tirnoqli qurbaqa | 352 | XP_018123357.1 | 480 | 65% | 50% |
| Diaxazma alloumi | Oddiy o'rgimchak | 797 | XP_015126938.1 | 252 | 29% | 47% |
| Megachile rotundata | Beda bargini kesuvchi ari | 797 | XP_003700975.2 | 242 | 29% | 46% |
| Strongilotsentrotus purpuratus | Binafsha dengiz kirpi | 684 | XP_011666469.1 | 240 | 23% | 38% |
| Cryptotermes brevis | Termit | 794 | XP_023705434.1 | 361 | 31% | 29% |
| Exaiptasia pallida | Dengiz anemoni | 824 | XP_020898578.1 | 361 | 29% | 28% |
| Ciona intestinalis | Vazo tunikasi | 676 | XP_009857467.1 | 384 | 33% | 18% |
Paraloglar
Ushbu oqsil BLASTda ketma-ketlik qilinganida bitta odam paralogi topildi. U 416 ta aminokislotadan iborat bo'lib, 40% ketma-ketlik identifikatori va 45% ketma-ketlik o'xshashligiga ega. Ushbu protein uchun ro'yxat soni: NP_067082.2.
TMEM8B ning xilma-xilligi
TMEM8B-ni evolyutsion taqqoslashda har bir guruhdan bitta tur (masalan, sutemizuvchilar, qushlar, baliqlar) bitta grafada ma'lumotlarning ko'pligini oldini olish uchun tuzilgan. Shuningdek, tezda ajralib ketishni taqqoslashni rejalashtirdim sitoxrom S va asta-sekin ajralib chiqmoqda fibrinogen. TMEM8B bu ikki oqsil o'rtasida bir-biridan farq qiladi.
Klinik ahamiyati
TMEM8B-da pastroq ifoda stavkalari ko'rsatilgan nazofarenks karsinomalari va ifoda ham pastga qarab tartibga solinadi kolorektal saraton. Ushbu gen Epidermal Growth Factor Receptor (EGFR) yo'lida ham salbiy rol o'ynaydi.[5] U hujayra siklining G0-G1 rivojlanishini kechiktirishi va shu bilan inhibe qilishi mumkin hujayralar ko'payishi nazofarengeal karsinoma hujayralarida.[5]
Ushbu gen bilan mutatsiyalar patogen bo'lishi mumkin va sabab bo'lishi mumkin surunkali og'riqli kasalliklar, xususan eritromelalji alomatlar.[5][18][19] Eritromelalgiya - bu ekstremitalarga (qo'l va oyoqlarga) ta'sir qiladigan kam uchraydigan holat bo'lib, kuchli, yonish og'rig'i, kuchli qizarish va terining harorati ko'tarilishi bilan tavsiflanadi.[20] Semptomlarni kamaytirish uchun dorilar mavjud, ammo bu kam uchraydigan holatga davo yo'q.[20]
O'zaro ta'sir qiluvchi oqsillar
Ikki o'zaro ta'sir qiluvchi oqsil topildi: EGF oqsili va ATXN1L oqsili.
EGF nazofarenks karsinomalarida hujayra yopishqoqligida rol o'ynaydi (TMEM8B bu karsinomalarda ham rol o'ynaydi). Ushbu oqsil hujayra yuzasida a shaklida namoyon bo'ladi glikoprotein, va EGF ning tashqi induktsiyasi NPC hujayralarining migratsiyasini susaytirishi va yaxshilanishi mumkin hujayraning yopishishi va bo'shliq aloqali hujayralararo aloqa.[21]
ATXN1L oqsili bilan o'zaro bog'liqlik mavjud neyrodejenerativ kasalliklar. Neyrodejenerativ kasalliklar serebellar tufayli muvozanatni yo'qotish bilan tavsiflanadi Purkinje degeneratsiyasi. Ataksiyaga olib keladigan oqsillar o'zaro ta'sir qiluvchi sheriklarni bo'lishadi, ularning bir qismi hayvon modellarida neyrodejeneratsiyani o'zgartirishi aniqlandi. Interaktom neyrodejenerativ kasalliklar uchun keng tarqalgan patogen mexanizmlarni tushunish vositasini taqdim etadi.[22]
Adabiyotlar
- ^ a b v GRCh38: Ensembl relizi 89: ENSG00000137103 - Ansambl, 2017 yil may
- ^ a b v GRCm38: Ensembl relizi 89: ENSMUSG00000078716 - Ansambl, 2017 yil may
- ^ "Human PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
- ^ "Sichqoncha PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
- ^ a b v d Chjan XM, Vang XY, Sheng SR, Vang JR, Li J (2003 yil avgust). "Oshqozon va kolorektal saraton kasalligida o'sma bilan bog'liq NGX6, NAG-7, BRD7 genlarining ekspressioni". Jahon Gastroenterologiya jurnali. 9 (8): 1729–33. doi:10.3748 / wjg.v9.i8.1729. PMC 4611532. PMID 12918109.
- ^ NCBI, nukleotid
- ^ "NCBI oqsillari". NCBI. Olingan 24 aprel 2018.
- ^ a b "Sintetik konstruktsiya Homo sapiens klon ccsbBroadEn_08344 TMEM8B geni, - Nukleotid - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 3 may 2018.
- ^ a b "SAPS
. SAPS. Olingan 23 aprel 2018. - ^ Kozlowski, Lukasz P. "IPC - Oqsillar va peptidlarni ISOELEKTRIKNI NOKT hisoblash". isoelectric.org.
- ^ "TMHMM Server, v. 2.0". www.cbs.dtu.dk.
- ^ a b "Oqsillar tarkibi: birlamchi, ikkilamchi, uchinchi, to'rtinchi tuzilmalar". www.particlescience.com. Olingan 3 may 2018.
- ^ "I-TASSER natijalari". zhanglab.ccmb.med.umich.edu. Olingan 1 may 2018.
- ^ {{cite web | title = SWISS-MODEL |
- ^ BLAST oqsillari ketma-ketligi, c9orf127
- ^ Vaqt daraxti http://www.timetree.org/resources
- ^ Klaster V, Ko'p ketma-ketlikni tekislash
- ^ Andersson B, Ventlend MA, Rikafrente JY, Liu V, Gibbs RA (aprel 1996). "Yaxshi o'qotar qurol kutubxonasini qurish uchun" ikkita adapter "usuli". Analitik biokimyo. 236 (1): 107–13. doi:10.1006 / abio.1996.0138. PMID 8619474.
- ^ "C9orf127 xromosomasi 9 ochiq o'qish doirasi 127". Entrez Gen.
- ^ a b "Eritromelalgiya - NORD (Nodir buzilishlar milliy tashkiloti)". NORD (Noyob kasalliklar bo'yicha milliy tashkilot). Olingan 2 may 2018.
- ^ Ma, J. (2004 yil 16 sentyabr). "Nazofarengeal karsinoma hujayralarida hujayraning adezyon modulyatsiyasida EGFga o'xshash yangi domenni o'z ichiga olgan gen NGX6 ning roli". Kanserogenez. 26 (2): 281–291. doi:10.1093 / karsin / bgh312. PMID 15498789.
- ^ Lim, Jangxu; Xao, Tong; Shou, Chad; Patel, Akash J.; Sabo, Gábor; Rual, Jan-Fransua; Fisk, C. Jozef; Li, Ning; Smolyar, Aleks; Xill, Devid E.; Barabasi, Albert-Laslo; Vidal, Mark; Zogbi, Xudo Y. (2006 yil 19-may). "Odamdan merosxo'r ataksiyalar va Purkinje hujayralari degeneratsiyasi buzilishlari uchun oqsil-oqsil ta'sir o'tkazish tarmog'i". Hujayra. 125 (4): 801–814. doi:10.1016 / j.cell.2006.03.032. PMID 16713569. S2CID 13709685.
Qo'shimcha o'qish
- Matsuyama A (2017). Monogen og'riq bilan bog'liq genlarni o'rganish orqali og'riq mexanizmlariga yangi tushunchalar (Doktorlik dissertatsiyasi). London universiteti kolleji.
- Vang L, Ma J, Li J, Li X, Chjan Q, Peng S, Peng S, Chjou M, Xiong V, Yang J, Chjou J, Fan S, Tan S, Yan Q, Shen S, Li G (2005 yil may) ). "NGX6 geni hujayra proliferatsiyasini inhibe qiladi va nazofarenks karsinom hujayralarida EGFR yo'lida salbiy rol o'ynaydi". Uyali biokimyo jurnali. 95 (1): 64–73. doi:10.1002 / jcb.20393. PMID 15723283. S2CID 22108618.
- Peng SP, Li XL, Vang L, Ou-Yang J, Ma J, Vang LL, Liu XY, Chjou M, Tang YL, Li WS, Luo XM, Cao L, Tang K, Shen SR, Li GY (2006). "Nazofarengeal karsinoma 5-8F hujayralarining ko'payishi, yopishishi va migratsiyasida NGX6 va uning yo'q qilinish mutantlarining roli". Onkologiya. 71 (3–4): 273–81. doi:10.1159/000106073. PMID 17641538. S2CID 33593476.
- Ma J, Chjou J, Fan S, Vang L, Li X, Yan Q, Chjou M, Lyu H, Chjan Q, Chjou X, Gan K, Li Z, Peng S, Xiong V, Tan S, Shen S, Yang J , Li J, Li G (2005 yil fevral). "Nazofarengeal karsinoma hujayralarida hujayraning adezyon modulyatsiyasida EGFga o'xshash yangi domenni o'z ichiga olgan gen NGX6 ning roli". Kanserogenez. 26 (2): 281–91. doi:10.1093 / karsin / bgh312. PMID 15498789.
- Ma J, Li J, Chjou J, Li XL, Tang K, Chjou M, Yang JB, Yan Q, Shen SR, Xu GX, Li GY (2002 yil dekabr). "NGX6 ning nazofarenks karsinomasi hujayralarida cDNA massivi orqali haddan tashqari ta'sir ko'rsatgan profilaktik genlar". Saraton tadqiqotlari va klinik onkologiya jurnali. 128 (12): 683–90. doi:10.1007 / s00432-002-0387-5. PMID 12474055. S2CID 21997313.
- Li J, Tan S, Xiang Q, Chjan X, Ma J, Vang JR, Yang J, Li V, Shen SR, Liang S, Li G (aprel 2001). "Inson nazofarengeal karsinoma hujayralarida transfektsiya qilingan NGX6 tomonidan kelib chiqadigan oqsil sintezidagi o'zgarishlarni proteomik aniqlash". Proteinlar kimyosi jurnali. 20 (3): 265–71. doi:10.1023 / A: 1010912311564. PMID 11565907. S2CID 38667111.
- Yu V, Andersson B, Uorli KC, Muzni DM, Ding Y, Lyu V, Rikafrente JY, Ventlend MA, Lennon G, Gibbs RA (aprel 1997). "Keng ko'lamli birlashma cDNA ketma-ketligi". Genom tadqiqotlari. 7 (4): 353–8. doi:10.1101 / gr.7.4.353. PMC 139146. PMID 9110174.
Tashqi havolalar
- Inson TMEM8B genom joylashuvi va TMEM8B gen tafsilotlari sahifasida UCSC Genome brauzeri.
- Insonda Onlayn Mendelian merosi (OMIM): transmembran oqsili 8B; TMEM8B - 616888
- ExPasy, Sibs bioinformatika tahlili
- EMBOSS igna oqsili