Viruslarning tasnifi - Virus classification

Viruslarning tasnifi nomlash jarayoni viruslar va ularni a-ga joylashtirish taksonomik uchun ishlatiladigan tasniflash tizimlariga o'xshash tizim uyali organizmlar.

Viruslar asosan tomonidan tasniflanadi fenotipik kabi xususiyatlar morfologiya, nuklein kislota takrorlash turi, turi, mezbon organizmlar va turi kasallik ular sabab bo'ladi. Viruslarning rasmiy taksonomik tasnifi Viruslar taksonomiyasi bo'yicha xalqaro qo'mita (ICTV) tizimi, garchi Baltimor tasnifi tizim viruslarni mRNK sinteziga qarab ettita guruhga joylashtirish uchun ishlatilishi mumkin. Muayyan nomlash konventsiyalari va boshqa tasniflash bo'yicha ko'rsatmalar ICTV tomonidan belgilanadi.

Dunyo bo'ylab ma'lum bo'lgan barcha viruslarning katalogi taklif qilingan va 2013 yilda ba'zi dastlabki harakatlar olib borilgan.[1]

Virus turlarining ta'rifi

Shuningdek qarang: Virusli kvazisipetsiyalar

Turlar har qanday biologik tasniflash tizimining asosini tashkil etadi. 1982 yilgacha, viruslarni Ernst Mayrning turlarining reproduktiv kontseptsiyasiga mos keladigan qilib bo'lmaydi, deb o'ylardilar va shuning uchun bunday davolanishga yaroqsiz edi. 1982 yilda ICTV turni o'ziga xos o'ziga xos xususiyatlarga ega bo'lgan "shtammlar klasteri" deb ta'riflashni boshladi. 1991 yilda virus turlarining aniqroq printsipi a poletik takrorlanadigan nasabni tashkil qiluvchi va ma'lum bir ekologik joyni egallaydigan viruslar sinfi qabul qilindi.[2]

2013 yil iyul oyida ICTV turlarining ta'rifi quyidagi holatga o'tdi: "Tur - bu a monofiletik xususiyatlari bir nechta mezonlarga ko'ra boshqa turlardan farqlashi mumkin bo'lgan viruslar guruhi. "[3] Viruslar biologik evolyutsiya va genetika natijasida hosil bo'lgan haqiqiy jismoniy shaxslardir, virus turlari va undan yuqori taksonlar esa oqilona fikr va mantiq asosida hosil qilingan mavhum tushunchalardir. Shunday qilib virus / turlar munosabati biologiya va mantiq o'rtasidagi interfeysning oldingi chizig'ini anglatadi.[4]

Amaldagi mezon mezonlari taksonga qarab o'zgarib turadi va ular ziddiyatli (o'zboshimchalik bilan o'xshashlik chegaralari) yoki ba'zida nasab (geografiya) bilan bog'liq bo'lmagan bo'lishi mumkin.[5] Gap ko'pchilik uchun haligacha hal qilinmagan.[2]

ICTV tasnifi

ICTV tomonidan 1991 va 2019 yilgi virus taksonomiyasini taqqoslash

The Viruslar taksonomiyasi bo'yicha xalqaro qo'mita 1970-yillarning boshlarida viruslarni nomlash va tasniflash qoidalarini ishlab chiqa boshladi va amalga oshirdi, bu harakat hozirgi kunga qadar davom etmoqda. ICTV zaryadlangan yagona tanadir Mikrobiologik jamiyatlarning xalqaro ittifoqi universal virus taksonomiyasini ishlab chiqish, takomillashtirish va saqlash vazifasi bilan.[6] Tizim ko'plab xususiyatlarni uyali aloqa tizimini tasniflash tizimi bilan baham ko'radi organizmlar, kabi takson tuzilishi. Biroq, ba'zi farqlar mavjud, masalan, dan farqli o'laroq, barcha taksonomik nomlar uchun kursivni universal tarzda ishlatish Yosunlar, zamburug'lar va o'simliklarning xalqaro nomenklatura kodeksi va Xalqaro zoologik nomenklatura kodeksi.[7]

Viruslarni tasniflash soha darajasidan boshlanadi va qavs ichida taksonomik qo'shimchalar bilan quyidagicha davom etadi:[7]

Shohlik (-viriya)
Subrealm (-vira)
Qirollik (-vira)
Subkingdom (-viritlar)
Filum (-viricota)
Subfilum (-virikotina)
Sinf (-viritsetalar)
Subklass (-viricetidae)
Buyurtma (- viruslar)
Suborder (-virineae)
Oila (-viridae)
Subfamila (-virinae)
Jins (-virus)
Subgenus (-virus)
Turlar

Tizimidan farqli o'laroq binomial nomenklatura uyali turlarda qabul qilingan, hozirda virus turlari nomlari uchun standartlashtirilgan shakl mavjud emas. Hozirgi vaqtda ICTV tomonidan tur nomi alohida ajratilgan holda iloji boricha kamroq so'zlarni o'z ichiga olishi va faqat virus so'zi va xost nomini o'z ichiga olmasligi shart.[8] Turlarning nomlari ko'pincha shaklini oladi [Kasallik] virusi, ayniqsa yuqori o'simliklar va hayvonlar uchun. 2019 yilda ICTV 2020 yilda ovozga qo'yilishi kerak bo'lgan virus turlari nomlari uchun binomial nomenklaturaning yanada rasmiylashtirilgan tizimini qabul qilish taklifini e'lon qildi.[9] Biroq, keyinchalik ba'zi bir virusologlar ushbu tizimning o'zgarishi mumkinligiga qarshi chiqishdi, chunki munozara ushbu sohada ko'pchilik mashg'ul bo'lganligi sababli sodir bo'ldi. Covid-19 pandemiyasi.[10]

2019 yildan boshlab subrealm, subkingdom va subklassdan tashqari barcha darajadagi taksonlardan foydalaniladi. To'rt incertae sedis shohliklar, bittasi incertae sedis buyurtma, 24 incertae sedis oilalar va uchta incertae sedis avlodlar tan olinadi:[11]

Shohliklar: Duplodnaviriya, Monodnaviriya, Riboviriya va Varidnaviriya

Incertae sedis buyurtma: Ligamenvirales

Incertae sedis oilalar:

Incertae sedis avlodlar: Deltavirus, Dinodnavirus, Rhizidiovirus

Tuzilmaga asoslangan viruslar tasnifi

Hayotning turli sohalaridan (masalan, bakterial tektiviruslar va eukaryotik adenoviruslar yoki prokaryotik Caudovirales va eukaryotik gerpesviruslar) xostlarni yuqtirgan ayrim virusli guruhlar uchun kuzatilgan virion yig'ilishi va tuzilishidagi o'xshashlik ushbu viruslar o'rtasidagi evolyutsion munosabatni aks ettiradi.[12] Shuning uchun viruslar o'rtasidagi tarkibiy munosabatlar mavjud ICTV tasniflash sxemasini to'ldirishi mumkin bo'lgan yuqori darajadagi taksonlarni - tuzilishga asoslangan virusli nasllarni aniqlash uchun asos sifatida ishlatilishi tavsiya etilgan.[13]

Baltimor tasnifi

Asosiy maqola: Baltimor tasnifi
Baltimor viruslari tasnifi virusli usulga asoslangan mRNA sintez

Baltimor tasnifi (birinchi bo'lib 1971 yilda aniqlangan) - bu ularning kombinatsiyasiga qarab viruslarni ettita guruhga joylashtiradigan tasniflash tizimi. nuklein kislota (DNK yoki RNK ), torli (bir yoki ikkita ipli), sezgi va usuli takrorlash. Nomlangan Devid Baltimor, a Nobel mukofoti - yutuqli biolog, ushbu guruhlar tomonidan belgilanadi Rim raqamlari. Boshqa tasniflar virus yoki uning morfologiyasi tufayli kelib chiqadigan kasallik bilan belgilanadi, ikkalasi ham bir xil kasallikni keltirib chiqaradigan yoki bir-biriga juda o'xshash bo'lgan turli xil viruslar tufayli qoniqarli emas. Bundan tashqari, virusli tuzilmalarni mikroskop ostida aniqlash qiyin kechadi. Viruslarni ularga qarab tasniflash genom shuni anglatadiki, ushbu toifadagi kishilar o'zlarini xuddi shunday tutishadi va keyingi tadqiqotlarga qanday o'tish kerakligini ko'rsatib berishadi. Viruslarni quyidagi etti guruhdan biriga joylashtirish mumkin:[14]

Baltimor tasnifi bo'yicha viruslarning 7 guruhini vizualizatsiya qilish

DNK viruslari

Qo'shimcha ma'lumotlar: DNK virusi

DNK bilan viruslar genom, DNKdan tashqari teskari transkripsiya qiluvchi viruslar, tan olingan to'rttadan uchtasining a'zosi virusli sohalar: Duplodnaviriya, Monodnaviriya va Varidnaviriya. Ammo incertae sedis buyurtma Ligamenvirales va boshqa ko'plab narsalar incertae sedis oilalari va avlodlari, shuningdek, DNK viruslarini tasniflash uchun ishlatiladi. Domenlar Duplodnaviriya va Varidnaviriya ikki zanjirli DNK viruslaridan iborat; boshqa ikki zanjirli DNK viruslari incertae sedis. Domen Monodnaviriya odatda a-ni kodlaydigan bitta zanjirli DNK viruslaridan iborat HUH endonukleaza; boshqa bir zanjirli DNK viruslari incertae sedis.[11]

  • I guruh: viruslar ikki zanjirli DNKga ega. Bunga sabab bo'lgan viruslar Suvchechak va herpes bu erda joylashgan.
  • II guruh: viruslar bitta zanjirli DNKga ega.
DNK viruslariga misollar
Viruslar oilasiMisollar (umumiy ismlar)Virion
yalang'och / o'ralgan		Kapsid
simmetriya		Nuklein kislota turiGuruh
1. AdenoviridaeItlarning gepatit virusi, Ba'zi turlari umumiy sovuqYalang'ochIkosahedraldsMen
2. PapovaviridaeJC virusi, HPVYalang'ochIkosahedralds daireselMen
3. ParvoviridaeInson parvovirus B19, it parvovirusiYalang'ochIkosahedralssII
4. HerpesviridaeHerpes simplex virusi, varicella-zoster virusi, sitomegalovirus, Epstein-Barr virusiQoplanganIkosahedraldsMen
5. PoxviridaeKichkintoy virusi, sigir, miksoma virusi, maymunparox, vaktsiniya virusiMurakkab paltolarKompleksdsMen
6. AnelloviridaeTork teno virusiYalang'ochIkosahedralss daireselII
7. PleolipoviridaeHHPV1, HRPV1Qoplanganss / ds chiziqli / dumaloqI / II

RNK viruslari

Qo'shimcha ma'lumotlar: RNK virusi

An bo'lgan barcha viruslar RNK genom va bu an kodlaydi RNKga bog'liq bo'lgan RNK polimeraza (RdRp), shohlik a'zolari Orthornavirae, sohada Riboviriya.[15]

  • III guruh: viruslar ikki qatorli RNK genomlariga ega, masalan. rotavirus.
  • IV guruh: viruslar musbat sezgir bir zanjirli RNK genomlariga ega. Ushbu guruhda ko'plab taniqli viruslar mavjud, shu jumladan pikornaviruslar (bu Gepatit A virusi, enteroviruslar, rinoviruslar, poliovirus va og'iz-og'iz viruslari kabi taniqli viruslarni o'z ichiga olgan viruslar oilasi), SARS virus, gepatit C virus, sariq isitma virus va qizilcha virus.
  • V guruh: viruslar salbiy sezgir bir zanjirli RNK genomlariga ega. Ebola va Marburg viruslari bilan birga ushbu guruhning taniqli a'zolari gripp virusi, qizamiq, parotit va quturish.
RNK viruslariga misollar
Viruslar oilasiMisollar (umumiy ismlar)Kapsid
yalang'och / o'ralgan		Kapsid
Simmetriya		Nuklein kislota turiGuruh
1. ReoviridaeReovirus, rotavirusYalang'ochIkosahedraldsIII
2. PicornaviridaeEnterovirus, rinovirus, gepatovirus, kardiovirus, afthovirus, poliovirus, parekovirus, erbovirus, kobuvirus, tesxovirus, koksakiYalang'ochIkosahedralssIV
3. CaliciviridaeNorwalk virusiYalang'ochIkosahedralssIV
4. TogaviridaeSharqiy at ensefalitiQoplanganIkosahedralssIV
5. ArenaviridaeLenfotsitik choriomeningit virusi, Lassa isitmasiQoplanganKompleksss (-)V
6. FlaviviridaeDang virusi, gepatit C virus, sariq isitma virus, Zika virusiQoplanganIkosahedralssIV
7. OrthomyxoviridaeGripp virusi A, influenzavirus B, influenzavirus C, isavirus, thogotovirusQoplanganVintliss (-)V
8. ParamyxoviridaeQizamiq virusi, parotit virusi, nafas yo'llarining sinsitial virusi, O'rmon zararkunandasi virus, itlarga yuqadigan virusQoplanganVintliss (-)V
9. BunyaviridaeKaliforniya ensefaliti virusi, Sin nombre virusiQoplanganVintliss (-)V
10. RhabdoviridaeQuturish virusi, Vesikulyar stomatitQoplanganVintliss (-)V
11. FiloviridaeEbola virusi, Marburg virusiQoplanganVintliss (-)V
12. CoronaviridaeSARS-CoV-2, MERSQoplanganVintlissIV
13. AstroviridaeAstrovirusYalang'ochIkosahedralssIV
14. BornaviridaeBorna kasalligi virusiQoplanganVintliss (-)V
15. ArteriviridaeArterivirus, ot arterit virusiQoplanganIkosahedralssIV
16. GepeviridaeGepatit E virusiYalang'ochIkosahedralssIV

Transkripsiya qiluvchi teskari viruslar

Kodlaydigan barcha viruslar a teskari transkriptaz (RT yoki RNKga bog'liq DNK polimeraza deb ham ataladi) sinf a'zolari Revtraviritsetlar, filum ichida Artervirikota, qirollik Pararnavirava shohlik Riboviriya. Sinf Blubervirales bitta oilani o'z ichiga oladi Gepadnaviridae DNA RT (teskari transkripsiya) viruslari; boshqa barcha RT viruslari sinf a'zolari Ortervirales.[16]

  • VI guruh: viruslar DNK oralig'i orqali ko'paytiriladigan bir qatorli RNK viruslariga ega. The retroviruslar ushbu guruhga kiritilgan, ulardan qaysi biri OIV a'zo.
  • VII guruh: viruslar ikki qatorli DNK genomlariga ega va teskari transkriptaz yordamida takrorlanadi. The gepatit B virusni ushbu guruhda topish mumkin.
Teskari transkripsiya qilinadigan viruslarga misollar
Viruslar oilasiMisollar (umumiy ismlar)Kapsid
yalang'och / o'ralgan		Kapsid
Simmetriya		Nuklein kislota turiGuruh
1. RetroviridaeOIVQoplangandimer RNKVI
2. CaulimoviridaeKaulimovirus, Kakao shishgan urish virusi (CSSV)Yalang'ochVII
3. GepadnaviridaeGepatit B virusiQoplanganIkosahedraldumaloq, qisman dsVII

Xolmsning tasnifi

Xolms (1948) ishlatgan Karl Linney tizimi binomial nomenklatura viruslarni bitta tartibda 3 guruhga ajratish, Virales. Ular quyidagicha joylashtirilgan:

Subviral agentlar

Quyidagi yuqumli moddalar viruslardan kichikroq va ularning ba'zi xususiyatlariga ega.[17][18]

Viroidlar va virusga bog'liq vositalar

Viroidlar

Asosiy maqola: Viroid

Sun'iy yo'ldoshlar

Asosiy maqola: Sun'iy yo'ldosh (biologiya)

Sun'iy yo'ldoshlar xost hujayrasini a bilan birgalikda yuqtirishga bog'liq yordamchi virus samarali ko'paytirish uchun. Ularning nuklein kislotalari yordamchi virusi yoki xostidan sezilarli darajada ajralib turadigan nukleotidlar qatoriga ega. Sun'iy yo'ldosh subviral agenti u kapsulada joylashtirilgan palto oqsilini kodlashda uni keyinchalik sun'iy yo'ldosh virusi deyiladi.

Sun'iy yo'ldoshga o'xshash nuklein kislotalar yordamchi viruslar yordamida ko'paytirilishi bilan sun'iy yo'ldosh nuklein kislotalariga o'xshaydi. Ammo ular o'zlarining yordamchi viruslari muvaffaqiyatiga hissa qo'shadigan funktsiyalarni kodlashlari bilan farq qiladilar; ba'zan ular yordamchi viruslarining genomik elementlari deb hisoblansa-da, ular har doim ham yordamchi viruslari ichida topilmaydi.[17]

Buzuq aralashuvchi zarralar

Asosiy maqola: Buzuq aralashuvchi zarracha

Nuqsonli interferentsiya zararli moddalar - bu odatiy ravishda ota-ona virusi bo'lgan yordamchi virus mavjudligidan tashqari, ko'payish qobiliyatini yo'qotgan nuqsonli viruslardir. Ular yordamchi virusga ham xalaqit berishi mumkin.

  • Buzuq aralashuvchi zarralar (RNK)
  • Buzuq aralashuvchi zarralar (DNK)

Prionlar

Prionlar, "oqsilli yuqumli zarralar" deb ta'rifi bilan nomlangan, nuklein kislotalari yoki virusga o'xshash zarralari yo'q. Ular odatda nuklein kislotalarga ta'sir ko'rsatadigan inaktivatsiya protseduralariga qarshi turadilar.[22]

Shuningdek qarang

Izohlar

  1. ^ Zimmer C (2013 yil 5 sentyabr). "Butun dunyo viruslari uchun katalogmi?". Nyu-York Tayms. Olingan 6 sentyabr 2013.
  2. ^ a b Alimpiev, Egor (2019 yil 15 mart). Virus turlari tushunchasini qayta ko'rib chiqish (PDF).
  3. ^ Adams MJ, Lefkowitz EJ, King AM, Carstens EB (dekabr 2013). "Viruslarni tasniflash va nomenklaturasi xalqaro kodeksiga yaqinda kelishilgan o'zgarishlar". Virusologiya arxivi. 158 (12): 2633–9. doi:10.1007 / s00705-013-1749-9. PMID  23836393.
  4. ^ "Viruslar taksonomiyasi bo'yicha xalqaro qo'mita (ICTV)". Viruslar taksonomiyasi bo'yicha xalqaro qo'mita (ICTV). Olingan 2020-03-25.
  5. ^ Peterson, Taunsend (2014 yil 23-iyul). "Virusli turlarni aniqlash: taksonomiyani foydali qilish". Virusologiya jurnali. 11 (1). doi:10.1186 / 1743-422X-11-131. PMC  4222810. PMID  25055940.
  6. ^ Lefkowitz EJ, Dempsey DM, Hendrickson RC, Orton RJ, Siddell SG, Smith DB (yanvar 2018). "Virus taksonomiyasi: Xalqaro viruslar taksonomiyasi qo'mitasi (ICTV) ma'lumotlar bazasi". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 46 (D1): D708-D717. doi:10.1093 / nar / gkx932. PMC  5753373. PMID  29040670.
  7. ^ a b "ICTV kodi". talk.ictvonline.org. Viruslar taksonomiyasi bo'yicha xalqaro qo'mita. Olingan 26 aprel 2020.
  8. ^ "Viruslarni tasniflash va nomenklaturasining xalqaro kodeksi". ICTV. Viruslar taksonomiyasi bo'yicha xalqaro qo'mita. Olingan 2 sentyabr 2020.
  9. ^ Siddell, Styuart; Walker, Peter; Lefkovits, Elliot; Mushegiya, Arkadiy; Dutilx, Bas; Harrax, Balaz; Harrison, Robert; Junglen, Sandra; Nouil, Nik; Kropinski, Endryu; Krupovich, Mart; Kun, Jens; Nibert, Maks; Rubino, Luiza; Sabanadzovich, dengiz; Simmonds, Piter; Varsani, Arvind; Zerbini, Fransisko; Devison, Endryu (3-dekabr, 2019-yil). "Virus turlari uchun binomial nomenklatura: maslahat". Arch Virol (165): 519–525. doi:10.1007 / s00705-019-04477-6. Olingan 2 sentyabr 2020.
  10. ^ Mallapati, Smriti (30 iyul 2020). "Pandemiya paytida viruslarni nomlash qoidalari o'zgarishi kerakmi? Savol virusologlarni ikkiga ajratadi". Tabiat (584): 19–20. doi:10.1038 / d41586-020-02243-2. Olingan 2 sentyabr 2020.
  11. ^ a b "Virus taksonomiyasi: 2019 yilgi chiqish". talk.ictvonline.org. Viruslar taksonomiyasi bo'yicha xalqaro qo'mita. Olingan 26 aprel 2020.
  12. ^ Bamford DH (may 2003). "Viruslar hayotning turli sohalarida nasablarni shakllantiradimi?". Mikrobiologiya bo'yicha tadqiqotlar. 154 (4): 231–6. doi:10.1016 / S0923-2508 (03) 00065-2. PMID  12798226.
  13. ^ Krupovich M, Bamford DH (dekabr 2010). "Virusli koinotga buyurtma". Virusologiya jurnali. 84 (24): 12476–9. doi:10.1128 / JVI.01489-10. PMC  3004316. PMID  20926569.
  14. ^ "Baltimor viruslari tasnifi" (Veb-sayt.) Molekulyar biologiya veb-kitobi - http://web-books.com/. 2008-08-18 da olingan.
  15. ^ "Virus taksonomiyasi: 2019 yilgi chiqish". talk.ictvonline.org. Viruslar taksonomiyasi bo'yicha xalqaro qo'mita. Olingan 25 aprel 2020.
  16. ^ Koonin EV, Dolja VV, Krupovich M, Varsani A, Wolf YI, Yutin N, Zerbini M, Kuhn JH. "Taklif: Riboviriya hududi uchun barcha asosiy taksonomik darajalarni to'ldirib, megataksonomik asos yaratish". Viruslar taksonomiyasi bo'yicha xalqaro qo'mita (ICTV). Olingan 2020-05-21.CS1 maint: bir nechta ism: mualliflar ro'yxati (havola)
  17. ^ a b "ICTV 9-chi ma'ruza (2011 yil) Subviral agentlar". Viruslar taksonomiyasi bo'yicha xalqaro qo'mita. Olingan 2020-06-15.
  18. ^ Strauslar, Jeyms X.; STRAUSS, ELLEN G. (2008). "Subviral agentlar". Viruslar va inson kasalliklari. Elsevier. 345–368 betlar. doi:10.1016 / b978-0-12-373741-0.50012-x. ISBN  978-0-12-373741-0.
  19. ^ "80.002 Avsunviroidae - ICTVdB viruslar indeksi." (Veb-sayt.) AQSh sog'liqni saqlash milliy institutlari veb-sayti. 2007-09-27 da olingan.
  20. ^ "80.001 Popsiviroidae - ICTVdB viruslar indeksi." (Veb-sayt.) AQSh sog'liqni saqlash milliy institutlari veb-sayti. 2007-09-27 da olingan.
  21. ^ "81. Yo'ldoshlar - ICTVdB Viruslar indeksi." (Veb-sayt.) AQSh sog'liqni saqlash milliy institutlari veb-sayti. 2007-09-27 da olingan.
  22. ^ "90. Prions - Viruslarning ICTVdB indeksi." (Veb-sayt.) AQSh sog'liqni saqlash milliy institutlari veb-sayti. 2007-09-27 da olingan.

Tashqi havolalar