Steril alfa motifi - Sterile alpha motif

SAM domeni (Steril alfa motifi)
Identifikatorlar
BelgilarSAM_1
PfamPF00536
InterProIPR001660
AqlliSAM
SCOP21b0x / QOIDA / SUPFAM
CDDcd09487
Ste50p-SAM
PDB 1uqv EBI.jpg
Ste50p qo'ziqorin oqsilidan SAM domeni
Identifikatorlar
BelgilarSte50p-SAM
PfamPF09235
Pfam klanCL0003
InterProIPR015316
SCOP21uqv / QOIDA / SUPFAM

Yilda molekulyar biologiya, protein domeni Steril alfa motifi (yoki SAM) - bu turli xil oqsillarda mavjud bo'lgan taxminiy oqsil ta'sir o'tkazish moduli[1] ko'plab biologik jarayonlarda ishtirok etadi. 70 ta qoldiqqa tarqaladigan SAM domeni turli xil eukaryotik organizmlarda uchraydi.[2] SAM domenlari homo- va hetero-oligomerizatsiyaga ega bo'lib, ko'plab o'z-o'zini birlashtirish me'morchiligini shakllantiradi va shuningdek tarkibida SAM bo'lmagan domen tarkibidagi oqsillar bilan bog'lanadi,[3] shunga qaramay past yaqinlik konstantasi bilan.[4]

SAM domenlari ham bog'lanish qobiliyatiga ega ko'rinadi RNK.[5] Smaug, Drosophila embrionlarida morfogen gradientini o'rnatishga yordam beradigan oqsil nanos (nos) mRNA, nos mRNA ning 3 'tarjima qilinmagan mintaqasiga (UTR) ikkita o'xshash soch tolasi tuzilishi orqali bog'lanadi. Ning 3D kristalli tuzilishi Smaug RNK bilan bog'laydigan mintaqa Smaug-SAM domenida musbat zaryadlangan qoldiqlarning klasterini ko'rsatadi, ular RNK bilan bog'laydigan sirt bo'lishi mumkin. Ushbu elektropozitiv potentsial ilgari aniqlangan barcha SAM-domen tuzilmalari orasida noyobdir va Smaug-SAM gomologlari orasida saqlanadi. Ushbu natijalar shuni ko'rsatadiki, SAM domeni RNK bilan bog'lanishda asosiy rol o'ynashi mumkin.

Strukturaviy tahlillar shuni ko'rsatadiki, SAM domeni ikkita katta interfeysli kichik besh spiral to'plamda joylashgan.[3] Ning SAM domeni holatida EPHB2, ushbu interfeyslarning har biri dimerlarni yaratishga qodir. Ushbu ikkita aniq intermonomerning majburiy yuzasi mavjudligi, SAM kengaytirilgan polimer tuzilmalarni hosil qilishi mumkinligini ko'rsatadi.[4]

Qo'ziqorin SAM

Yilda molekulyar biologiya, protein domeni Ste50p asosan qo'ziqorinlar va boshqa ba'zi turlari eukaryotlar. Bu rol o'ynaydi mitogen bilan faollashtirilgan protein kinaz kaskadlar, bir turi hujayra signalizatsiyasi bu hujayraning tashqi ogohlantirishlarga, aniqrog'i juftlashishga, hujayraning o'sishiga va osmo-tolerantlikka javob qaytarishiga yordam beradi [6] qo'ziqorinlarda.

Funktsiya

Ste50p oqsil domeni aniqlashda muhim rol o'ynaydi feromonlar uchun juftlashish. Feromon tomonidan indikatsiyalangan javobni uzaytirish uchun Ste11p bilan bog'langan deb o'ylashadi. Bundan tashqari, u hujayraga javob berishga yordam berishda ham ishtirok etadi azot ochlik.[7]

Tuzilishi

The qo'ziqorin Ste50p SAM oltitadan iborat spirallar, ixcham, sharsimon shakllanadigan katlama. U eritmadagi monomer bo'lib, ko'pincha heterodimerizatsiyaga uchraydi (va ba'zi hollarda oligomerizatsiya). oqsil.[7]

Proteinlarning o'zaro ta'siri

Ste50p-ning SAM domeni ko'pincha Ste11p-ning SAM-domeni bilan o'zaro ta'sir qiladi. Ular shakllanadi obligatsiyalar ushbu assotsiatsiya orqali. Shuni ta'kidlash kerakki, bitta oqsilning SAM domeni boshqa oqsilning SAM bilan bog'lanadi. SAM domenlari o'z-o'zini in vitro ravishda birlashtirmaydi.[7] Vivo jonli ravishda Ste50p oligomerizatsiyasi uchun muhim dalillar mavjud.[8]

Ushbu domenni o'z ichiga olgan inson oqsillari

ANKS1A; ANKS1B; ANKS3; ANKS4B; ANKS6; BFAR; BICC1; KASKIN1; CASKIN2; CENTD1; CNKSR2; CNKSR3; DDHD2; EPHA1; EPHA10; EPHA2; EPHA5; EPHA6; EPHA7; EPHA8; EPHB1; EPHB2; EPHB3; EPHB4; FAM59A; HPH2; INPPL1; L3MBTL3; PHC1; PHC2; PHC3; PPFIA1; PPFIA2; PPFIA3; PPFIA4; PPFIBP1; PPFIBP2; SAMD1; SAMD13; SAMD14; SAMD3; SAMD4A; SAMD4B; SAMD5; SAMD7; SAMD8; SAMD9; SCMH1; SCML1; SCML2; SEC23IP; SGMS1; SHANK1; SHANK2; SHANK3; STARD13; UBP1; USH1G; ZCCHC14; p63; p73;

Adabiyotlar

  1. ^ Bork P, Ponting CP, Hofmann K, Schultz J (1997). "SAM rivojlanishni tartibga solishda ishtirok etadigan protein bilan o'zaro ta'sir doirasi". Protein ilmiy. 6 (1): 249–253. doi:10.1002 / pro.5560060128. PMC  2143507. PMID  9007998.
  2. ^ Pawson T, Stapleton D, Balan I, Sicheri F (1999). "Eph retseptorlari SAM domenining kristalli tuzilishi modulli dimerizatsiya mexanizmini ochib beradi". Nat. Tuzilishi. Biol. 6 (1): 44–49. doi:10.1038/4917. PMID  9886291. S2CID  1202526.
  3. ^ a b Simon J, Peterson AJ, Kyba M, Bornemann D, Morgan K, Brok HW (1997). "Polymomb guruhi oqsillari Scm va ph bilan birgalikda foydalaniladigan domen geterotipik va homotipik o'zaro ta'sirlarga vositachilik qiladi". Mol. Hujayra. Biol. 17 (11): 6683–6692. doi:10.1128 / MCB.17.11.6683. PMC  232522. PMID  9343432.
  4. ^ a b Goodwill KE, Thanos CD, Bowie JU (1999). "Odamning EphB2 retseptorlari SAM domenining oligomerik tuzilishi". Ilm-fan. 283 (5403): 833–836. doi:10.1126 / science.283.5403.833. PMID  9933164.
  5. ^ Bowie JU, Kim CA (2003). "SAM domenlari: bir xil tuzilish, funktsiyalarning xilma-xilligi". Biokimyo tendentsiyalari. Ilmiy ish. 28 (12): 625–628. doi:10.1016 / j.tibs.2003.11.001. PMID  14659692.
  6. ^ Posas, F.; Witten, E. A .; Saito, H. (1998). "Yuqori osmolarlik darajasi yuqori glitserolga javob berish yo'lida STE11 mitogen bilan faollashtirilgan oqsil kinaz kinaz kinazni osmostress ta'sirida faollashtirish uchun STE50 talablari". Molekulyar va uyali biologiya. 18 (10): 5788–5796. doi:10.1128 / mcb.18.10.5788. PMC  109165. PMID  9742096.
  7. ^ a b v Grimshaw SJ, Mott HR, Stott KM, Nilsen PR, Evetts KA, Xopkins LJ, Nietlispach D, Ouen D (2004 yil yanvar). "Saccharomyces cerevisiae mitogen bilan faollashtirilgan protein kinaz yo'lini modulyatsiya qiluvchi STE50 oqsilining steril alfa motifi (SAM) domenining tuzilishi va uning STE11 SAM bilan o'zaro ta'sirini tahlil qilish". J. Biol. Kimyoviy. 279 (3): 2192–201. doi:10.1074 / jbc.M305605200. PMID  14573615.
  8. ^ Qotillik, BD; Huff JM; Wiegraebe V; Shvarts JW; Li R (2008). "SAM domeniga asoslangan oqsil oligomerizatsiyasi tirik hujayralardagi lyuminestsentsiya tebranish spektroskopiyasi bilan kuzatilgan". PLOS ONE. 3 (4): e1931. doi:10.1371 / journal.pone.0001931. PMC  2291563. PMID  18431466. ochiq kirish
Ushbu maqola jamoat domenidagi matnlarni o'z ichiga oladi Pfam va InterPro: IPR001660

P53, p63 va p73 ning strukturaviy evolyutsiyasi: heterotetramer hosil bo'lishining ta'siri