Uglevodlarni bog'laydigan modul - Carbohydrate-binding module
| CBM_1 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 trichoderma reesei, nmr, 18 konstruktsiyalaridan sellobiogidrolaza i ning uchta muhandislik qilingan tsellyuloza bilan bog'laydigan domenlarining uch o'lchovli tuzilmalari | |||||||||
| Identifikatorlar | |||||||||
| Belgilar | CBM_1 | ||||||||
| Pfam | PF00734 | ||||||||
| InterPro | IPR000254 | ||||||||
| PROSITE | PDOC00486 | ||||||||
| SCOP2 | 1 ta / QOIDA / SUPFAM | ||||||||
| Ajoyib | CBM1 | ||||||||
| |||||||||
| CBM_2 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 yadro magnit-rezonans spektroskopiyasi orqali selulomonas fimi-dan tsellyuloza bilan bog'lanish sohasining eritma tuzilishi | |||||||||
| Identifikatorlar | |||||||||
| Belgilar | CBM_2 | ||||||||
| Pfam | PF00553 | ||||||||
| Pfam klan | CL0203 | ||||||||
| InterPro | IPR001919 | ||||||||
| PROSITE | PDOC00485 | ||||||||
| SCOP2 | 1exg / QOIDA / SUPFAM | ||||||||
| Ajoyib | CBM2 | ||||||||
| |||||||||
| CBM_3 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 clostridium cellulolyticum dan iiia cbd oilasining kristalli tuzilishi | |||||||||
| Identifikatorlar | |||||||||
| Belgilar | CBM_3 | ||||||||
| Pfam | PF00942 | ||||||||
| Pfam klan | CL0203 | ||||||||
| InterPro | IPR001956 | ||||||||
| SCOP2 | 1nbc / QOIDA / SUPFAM | ||||||||
| Ajoyib | CBM3 | ||||||||
| |||||||||
| CBM_5 / 12 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 18 xitinaz oilasining ishlab chiqilgan hm508 inhibitori va uning parchalanish mahsuloti chitobiono-delta-lakton bilan o'zaro ta'siri | |||||||||
| Identifikatorlar | |||||||||
| Belgilar | CBM_5_12 | ||||||||
| Pfam | PF02839 | ||||||||
| InterPro | IPR003610 | ||||||||
| SCOP2 | 1 / QOIDA / SUPFAM | ||||||||
| Ajoyib | CBM12 | ||||||||
| |||||||||
| CBM_6 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 ksilopentaoza bilan kompleksda klostridiy termoselladan cbm6ct | |||||||||
| Identifikatorlar | |||||||||
| Belgilar | CBM_6 | ||||||||
| Pfam | PF03422 | ||||||||
| Pfam klan | CL0202 | ||||||||
| InterPro | IPR005084 | ||||||||
| SCOP2 | 1gmm / QOIDA / SUPFAM | ||||||||
| Ajoyib | CBM6 | ||||||||
| |||||||||
| CBM_4 / 9 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 cbm4 tuzilishi va funktsiyasi | |||||||||
| Identifikatorlar | |||||||||
| Belgilar | CBM_4_9 | ||||||||
| Pfam | PF02018 | ||||||||
| Pfam klan | CL0202 | ||||||||
| InterPro | IPR003305 | ||||||||
| SCOP2 | 1ulp / QOIDA / SUPFAM | ||||||||
| Ajoyib | CBM22 | ||||||||
| |||||||||
| CBM_10 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 x cbm tipdagi eritma tuzilishi | |||||||||
| Identifikatorlar | |||||||||
| Belgilar | CBM_10 | ||||||||
| Pfam | PF02013 | ||||||||
| InterPro | IPR002883 | ||||||||
| SCOP2 | 1qld / QOIDA / SUPFAM | ||||||||
| Ajoyib | CBM10 | ||||||||
| |||||||||
| CBM_11 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 oilaning 11-karbongidrat bilan bog'laydigan moduli, sellyusomal sellyazning lic26a-cel5e of clostridium thermocellum. | |||||||||
| Identifikatorlar | |||||||||
| Belgilar | CBM_11 | ||||||||
| Pfam | PF03425 | ||||||||
| Pfam klan | CL0202 | ||||||||
| InterPro | IPR005087 | ||||||||
| Ajoyib | CBM11 | ||||||||
| |||||||||
| CBM_14 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatorlar | |||||||||
| Belgilar | CBM_14 | ||||||||
| Pfam | PF01607 | ||||||||
| Pfam klan | CL0155 | ||||||||
| InterPro | IPR002557 | ||||||||
| SCOP2 | 1dqc / QOIDA / SUPFAM | ||||||||
| Ajoyib | CBM14 | ||||||||
| |||||||||
| CBM_15 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 xylan-majburiy moduli cbm15 | |||||||||
| Identifikatorlar | |||||||||
| Belgilar | CBM_15 | ||||||||
| Pfam | PF03426 | ||||||||
| Pfam klan | CL0202 | ||||||||
| InterPro | IPR005088 | ||||||||
| SCOP2 | 1 gramm / QOIDA / SUPFAM | ||||||||
| Ajoyib | CBM15 | ||||||||
| |||||||||
| CBM_17 / 28 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 fam17 uglevodlarni bog'laydigan modulning tuzilishi, klostridium seluelloranlar | |||||||||
| Identifikatorlar | |||||||||
| Belgilar | CBM_17_28 | ||||||||
| Pfam | PF03424 | ||||||||
| Pfam klan | CL0202 | ||||||||
| InterPro | IPR005086 | ||||||||
| SCOP2 | 1g0c / QOIDA / SUPFAM | ||||||||
| Ajoyib | CBM28 | ||||||||
| |||||||||
| Chitin_bind_1 (CBM18) | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 o'zaro bog'langan-wga3 / glcnacbeta1,4glcnac kompleksining kristalli tuzilishini tahlil qilish | |||||||||
| Identifikatorlar | |||||||||
| Belgilar | Xitin_bind_1 | ||||||||
| Pfam | PF00187 | ||||||||
| InterPro | IPR001002 | ||||||||
| PROSITE | PDOC00025 | ||||||||
| SCOP2 | 1wgt / QOIDA / SUPFAM | ||||||||
| Ajoyib | CBM18 | ||||||||
| |||||||||
| CBM_19 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatorlar | |||||||||
| Belgilar | CBM_19 | ||||||||
| Pfam | PF03427 | ||||||||
| Pfam klan | CL0155 | ||||||||
| InterPro | IPR005089 | ||||||||
| Ajoyib | CBM19 | ||||||||
| |||||||||
| CBM_20 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 glyukoamilaza, siklodekstrinli donachali kraxmal bilan bog'laydigan domen kompleksi, nmr, o'rtacha tuzilishi minimallashtirilgan | |||||||||
| Identifikatorlar | |||||||||
| Belgilar | CBM_20 | ||||||||
| Pfam | PF00686 | ||||||||
| Pfam klan | CL0369 | ||||||||
| InterPro | IPR002044 | ||||||||
| SCOP2 | 1 cdg / QOIDA / SUPFAM | ||||||||
| Ajoyib | CBM20 | ||||||||
| |||||||||
| CBM_21 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatorlar | |||||||||
| Belgilar | CBM_21 | ||||||||
| Pfam | PF03370 | ||||||||
| InterPro | IPR005036 | ||||||||
| Ajoyib | CBM21 | ||||||||
| |||||||||
| CBM_25 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatorlar | |||||||||
| Belgilar | CBM_25 | ||||||||
| Pfam | PF03423 | ||||||||
| InterPro | IPR005085 | ||||||||
| Ajoyib | CBM25 | ||||||||
| |||||||||
| CBM27 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 karbongidrat bilan bog'laydigan modul tomonidan o'ziga xos mannan tanib olishning strukturaviy va termodinamik dissektsiyasi, tmcbm27 | |||||||||
| Identifikatorlar | |||||||||
| Belgilar | CBM27 | ||||||||
| Pfam | PF09212 | ||||||||
| InterPro | IPR015295 | ||||||||
| SCOP2 | 1oh4 / QOIDA / SUPFAM | ||||||||
| |||||||||
| Chitin_bind_3 (CBM33) | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 serratia marcescens xitin bilan bog'lovchi oqsilning kristal tuzilishi cbp21 y54a mutant. | |||||||||
| Identifikatorlar | |||||||||
| Belgilar | Chitin_bind_3 | ||||||||
| Pfam | PF03067 | ||||||||
| InterPro | IPR004302 | ||||||||
| Ajoyib | CBM33 | ||||||||
| |||||||||
| CBM_48 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 sulfolobus solfataricusdan glikoziltrehaloz trehalohidrolazaning kristalli tuzilishi | |||||||||
| Identifikatorlar | |||||||||
| Belgilar | CBM_48 | ||||||||
| Pfam | PF02922 | ||||||||
| Pfam klan | CL0369 | ||||||||
| InterPro | IPR004193 | ||||||||
| SCOP2 | 1bf2 / QOIDA / SUPFAM | ||||||||
| Ajoyib | CBM48 | ||||||||
| |||||||||
| CBM49 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatorlar | |||||||||
| Belgilar | CBM49 | ||||||||
| Pfam | PF09478 | ||||||||
| Pfam klan | CL0203 | ||||||||
| InterPro | IPR019028 | ||||||||
| |||||||||
Molekulyar biologiyada a uglevodlarni bog'laydigan modul (CBM) - bu protein domeni ichida topilgan uglevod -aktiv fermentlar (masalan glikozid gidrolazalar ). Ushbu domenlarning aksariyati uglevodlarni bog'laydigan faollikka ega. Ushbu domenlarning ba'zilari topilgan sellyuloza iskala oqsillar. CBMlar avval ma'lum bo'lgan tsellyuloza - majburiy domenlar.[1] CBMlar asosida ko'plab oilalarga tasniflanadi aminokislota ketma-ketlik o'xshashligi. Hozirda (2011 yil iyun) CAZy ma'lumotlar bazasida 64 ta KBM oilalari mavjud.[2]
KBMlar mikrobial glikozid gidrolazalar qayta ishlashda markaziy rol o'ynaydi fotosintez bilan sobit uglerod ular orqali majburiy aniq o'simlik tizimli polisakkaridlar.[3] CBMlar ham kristalli, ham amorf tsellyuloza shakllarini taniy olishadi.[4] CBM - bu eng keng tarqalgan katalitik bo'lmagan modullar fermentlar o'simlik hujayralari devorida faol gidroliz. Ko'plab taxminiy CBMlar tomonidan aniqlangan aminokislotalar ketma-ketligi hizalamalar ammo faqat bir nechta vakillar tajribada uglevodlarni bog'lash funktsiyasiga ega ekanligi ko'rsatilgan.[5]
CBM1
Uglevodlarni bog'laydigan modul oilasi 1 (CBM1) 36 ta aminokislotadan iborat. Ushbu domen 4 ta saqlanib qolgan sistein ikkitasini shakllantirishda ishtirok etadigan qoldiqlar disulfid birikmalari.
CBM2
Uglevodlarni bog'laydigan modul 2 (CBM2) tarkibida ikkita konservalangan bo'ladi sisteinlar - ko'rsatilgan domenning har bir chekkasida bittadan [6] ishtirok etish disulfid birikmasi. Shuningdek, to'rtta konservatsiya qilingan triptofanlar, ulardan ikkitasi tsellyuloza bilan bog'lanishda ishtirok etadi.[7][8][9]
CBM3
Uglevodlarni bog'laydigan modul 3 (CBM3) oilasi ishtirok etadi tsellyuloza majburiy [10] va keng doirasi bilan bog'liq topilgan bakterial glikozil gidrolazalar. The tuzilishi ushbu domen ma'lum; u hosil qiladi beta sendvich.[11]
CBM4
Uglevodlarni bog'laydigan modul oilasi 4 (CBM4) tarkibiga 1,4-beta-glyukanaza, CenC ning N uchida tandem bilan joylashtirilgan CBD (N1) va CBD (N2) ikkita tsellyuloza bog'laydigan domen kiradi. Selulomonas fimi. Ushbu gomologik CBMlar kristalli tsellyuloza emas, balki bog'lanish uchun amorf uchun tanlanganligi bilan ajralib turadi.[12] Ko'p o'lchovli heteronükleer yadro magnit-rezonansi (NMR) spektroskopiyasi yordamida aniqlashdi uchinchi darajali tuzilish 152 dan aminokislota N-terminalli tsellyuloza bilan bog'lanish domen dan C. fimi 1,4-beta-glyukanaza CenC (CBDN1). Uchinchi daraja tuzilishi CBDN1 bakterial 1,3-1,4-beta-glyukanazalarga va boshqa shakar bilan bog'lanishiga o'xshaydi oqsillar bilan jele-burmali burmalar.[13] CBM4 va CBM9 bir-biri bilan chambarchas bog'liq.
CBM5
Uglevodlarni bog'laydigan modul oilasi 5 (CBM5) xitinni bog'laydi.[14] CBM5 va CBM12 bir-biridan uzoqda.
CBM6
Uglevodlarni bog'laydigan 6-modul oilasi (CBM6) g'ayrioddiy, chunki u ikkita yoriq A va B yoriqlar bilan substratni bog'laydigan joylarni o'z ichiga oladi. Cellvibrio mixtus endoglukanaz 5A ikkita CBM6 domenini o'z ichiga oladi, C-terminalidagi CBM6 domeni substrat bilan bog'langan har bir yoriqda ligandning bog'lanishining o'ziga xos xususiyatlarini ko'rsatadi. A yorig'i ham, B yorig'i ham viyolonselni bog'lashi mumkin.oligosakkaridlar, laminarin imtiyozli ravishda A yorig'ida bog'lanadi, ksiloligosakkaridlar faqat A yoriqida va beta1,4, -beta1,3-aralash bog'langan holda bog'lanadi glyukanlar faqat B yoriqida bog'lanadi.[15]
CBM9
Uglevodlarni bog'laydigan modul oilasi 9 (CBM9) kristalli tsellyuloza bilan bog'lanadi.[16] CBM4 va CBM9 bir-biri bilan chambarchas bog'liq.
CBM10
Uglevodlarni bog'laydigan modul oilasi 10 (CBM10) ikkita alohida to'plamda uchraydi oqsillar turli funktsiyalar bilan. Topilganlar aerob bakteriyalar bog'laydigan tsellyuloza (yoki boshqa uglevodlar); lekin ichida anaerob qo'ziqorinlar ular deb ataladigan oqsillarni bog'laydigan domenlardir dockerin domenlari. Dockerin domenlari ko'p proteinli selülaza / gemitsellulaza kompleksini yig'ish uchun javobgardir, deb ishoniladi sellyuloza ba'zi anaeroblarda uchraydi bakteriyalar.[17][18]
Anaerobik bakteriyalar misolida o'simlik hujayralari devorlarini buzadigan Clostridium thermocellum, ning dockerin domenlari katalitik polipeptidlar har kimga teng darajada yaxshi bog'lanishi mumkin kohesin xuddi shu narsadan organizm. Yaqinda anaerob qo'ziqorinlar tomonidan tipiklashtirildi Piromyces equi, shuningdek, sellyuloza kompleksini sintez qilish taklif qilingan, ammo ularning dokerin ketma-ketliklari bakterial va qo'ziqorin fermentlar butunlay boshqacha.[19] Masalan, zamburug'li fermentlar dokerinning bir, ikki yoki uch nusxasini o'z ichiga oladi ketma-ketlik katalitik polipeptid ichidagi tandemda. Aksincha, hamma C. termocellum sellyuloza katalitik tarkibiy qismlari bitta dokerin domenini o'z ichiga oladi. Anaerob bakterial dokerinlar homologdir EF qo'llari (kaltsiyni bog'laydigan motiflar) va faollik uchun kaltsiyni talab qiladi, qo'ziqorin dokerin esa kaltsiyni talab qilmaydi. Va nihoyat, kohesin va dokerin o'rtasidagi o'zaro ta'sir ko'rinadi turlari bakteriyalarga xos bo'lib, qo'ziqorin turlari ichida bog'lanishning o'ziga xos xususiyati deyarli yo'q va har xil turlarni ajratib turadigan aniqlangan joylar mavjud emas.
Dockerin P. equi ikkitasini o'z ichiga oladi spiral cho'zilgan va to'rtta qisqa beta-iplar bo'lib, ular an hosil bo'ladi antiparallel qo'shimcha qisqa burama parallel ipga ulashgan choyshab tuzilishi. N- va C-termini bir-biriga qo'shni.[19]
CBM11
Uglevodlarni bog'laydigan modul oilasi 11 (CBM11) bir qator bakteriyalarda uchraydi tsellyulozalar. Masalan, Clostridium thermocellum Cel26A-Cel5E ning CBM11, bu domen ikkala b-1,4-glyukan va b-1,3-1,4 aralashgan glyukanlarni ham bog'lashi ko'rsatilgan.[20] CBM11 beta-sendvich tuzilishga ega, bu esa konkav tomoni bilan substratni bog'laydigan yoriqni hosil qiladi.[20]
CBM12
Uglevodlarni bog'laydigan modul 12 (CBM12) oilasi ikkitadan iborat beta-varaqlar, navbati bilan ikkita va uchta antiparallel beta zanjirlaridan iborat. Xitinni aromatik halqalari orqali bog'laydi triptofan qoldiqlar.[14] CBM5 va CBM12 bir-biridan uzoqda.
CBM14
Uglevodlarni bog'laydigan modul oilasi 14 (CBM14) peritrofin-A domeni sifatida ham tanilgan. Bu topilgan xitin bog'lovchi oqsillar, xususan peritrofik matritsa hasharotlar va hayvon oqsillari xitinazlar.[21][22][23] Domenning nusxalari ba'zilarida ham mavjud bakuloviruslar. Bu hujayradan tashqari oltita konservalangan domen sisteinlar ehtimol bu uchta disulfidli ko'priklar. Xitin bilan bog'lanish ushbu domenlardan faqat ikkitasini o'z ichiga olgan oqsil uchun isbotlangan.[21]
CBM15
Bakterial fermentlarda uchraydigan uglevodlarni bog'laydigan modul oilasi 15 (CBM15) bilan bog'langanligi isbotlangan xylan va ksiloligosakkaridlar. U beta-jelly rulonli burmalarga ega, ulardan birining konkav yuzasida yiv bor beta-varaqlar.[3]
CBM17
Uglevodlarni bog'laydigan modul oilasi 17 (CBM17) tsellyuloza uchun qulayroq bo'lishi mumkin bo'lgan juda sayoz bog'lovchi yoriqga ega zanjirlar kristall bo'lmagan tsellyulozada 4 CBM oilasining chuqur bog'langan yoriqlariga qaraganda.[24] CBM17 va CBM28 oilalarida ketma-ketlik va tizimli konservatsiya ularning mavjudligini ko'rsatadi rivojlangan orqali genlarning takrorlanishi va keyingi kelishmovchilik.[4] Kristal bo'lmagan tsellyuloza bilan bog'lanishda CBM17 CBM28 modullari bilan raqobatlashmaydi. Turli xil CBMlarning amorf tsellyulozadagi har xil sirtlarga bog'lanishlari isbotlangan, CBM17 va CBM28 amorf tsellyulozadagi bir-birining ustiga yopishmaydigan joylarni taniydi.[25]
CBM18
Uglevodlarni bog'laydigan modul oilasi 18 (CBM18) (xitin bilan bog'lovchi 1 yoki xitinni tanib olish oqsili deb ham nomlanadi) bir qator o'simlik va qo'ziqorin oqsillar bu bog'lash N-asetilglukozamin (masalan, solanaceous ma'ruzalar pomidor va kartoshka, o'simlik endoxitinazlar, yaradan kelib chiqqan oqsillar: hevein, win1 va win2 va the Kluyveromyces lactis qotil toksin alfa subunit).[26] Domen bir yoki bir nechta nusxada bo'lishi mumkin va uni tan olish yoki majburlash bilan bog'liq deb o'ylashadi xitin subbirliklar.[27][28] Xitinazlarda, shuningdek kartoshka yaradan kelib chiqqan oqsillar, bu 43 qoldiq sohasi to'g'ridan-to'g'ri quyidagilarga amal qiladi signal ketma-ketligi va shuning uchun etuk oqsilning N uchida joylashgan; qotil toksin alfa subbirligida u oqsilning markaziy qismida joylashgan.
CBM19
Qo'ziqorinlarda joylashgan uglevodlarni bog'laydigan modul oilasi 19 (CBM19) xitinazlar, bog'laydi xitin.[29]
CBM20
Uglevodlarni bog'laydigan modul 20 (CBM20) oilasiga ulanadi kraxmal.[30][31]
CBM21
Ko'pchilik tarkibida uglevodlarni bog'laydigan modul oilasi 21 (CBM21) ökaryotik ishtirok etgan oqsillar glikogen metabolizm, glikogen bilan bog'lanadi.[32]
CBM25
Uglevodlarni bog'laydigan modul oilasi 25 (CBM25) alfa-glyukooligosakkaridlarni, xususan alfa-1,6 birikmalari va donador kraxmalni o'z ichiga oladi.[33]
CBM27
Uglevodlarni bog'laydigan modul oilasi 27 (CBM27) beta-1,4-mannoligosaxaridlarga, karabuak galaktomannan va konjak glyukomannan, ammo tsellyuloza (erimaydigan va eruvchan) yoki eriydigan qayin daraxti xylan uchun emas. CBM27 beta-sendvich tuzilmani o'z ichiga oladi 13 beta-strandlar bitta, kichkina bilan alfa-spiral va bitta metall atom.[34]
CBM28
Uglevodlarni bog'laydigan modul oilasi 28 (CBM28) kristal bo'lmagan tsellyuloza bilan bog'lanishda CBM17 modullari bilan raqobatlashmaydi. Turli xil CBMlarning amorf tsellyulozadagi har xil sirtlarga bog'lanishlari isbotlangan, CBM17 va CBM28 amorf tsellyulozadagi bir-birining ustiga yopishmaydigan joylarni taniydi. CBM28 tarkibida CBM17 domenlariga o'xshash "beta-jelly roll" topologiyasiga ega. CBM17 va CBM28 oilalarida ketma-ketlik va tizimli konservatsiya ularning mavjudligini ko'rsatadi rivojlangan orqali genlarning takrorlanishi va keyingi kelishmovchilik.[4][25]
CBM32
Uglevodlarni bog'laydigan modul oilasi 32 (CBM32) o'simlik hujayralari devorlari polisakkaridlaridan murakkab glikanlarga qadar turli xil substratlar bilan bog'lanadi.[35] Modul hozirgacha mikroorganizmlarda, jumladan, arxey, eubakteriya va zamburug'larda topilgan.[35] CBM32 beta-sendvich qatlamini qabul qiladi va bog'langan metall atomiga ega, ko'pincha kaltsiy bo'lishi kuzatiladi.[36] CBM32 modullari sialidazalar, B-N-asetilglukozaminidazalar, a-N-asetilglukozaminidazalar, mannanazalar va galaktoz oksidazalar kabi katalitik modullar bilan bog'liq.[36]
CBM33
Uglevodlarni bog'laydigan modul oilasi 33 (CBM33) xitin bilan bog'lanish domenidir.[37] Beta-varaqli sendvich va uchta qisqa spiraldan tashkil topgan, ikkita beta-varaqdan tashkil topgan III tipdagi fibronektinli burma bor, ular 1 va 2 beta-torlar orasida joylashgan bo'lib, xitinni konservalangan polar aminokislotalar orqali bog'laydi.[38] Ushbu domen ichida ajratilgan holda topilgan bakuloviral sferoidin va spindolin oqsillari.
CBM48
Uglevodlarni bog'laydigan modul oilasi 48 (CBM48) ko'pincha o'z ichiga olgan fermentlarda uchraydi glikozil gidrolaza oila 13 katalitik domenlar. U bir qatorda uchraydi fermentlar tarvaqaylab ketgan harakat substratlar ya'ni izoamilaza, pullulanaza va dallanadigan ferment. Isoamilaza glikogen tarkibidagi 1,6-alfa-D-glyukosidik filial bog'lanishlarini gidrolizlaydi, amilopektin va dekstrin; 1,4-alfa-glyukan tarmoqlanadigan ferment glikogenning 1,6-glyukozid bog'lanishini hosil qilishda ishlaydi; va pullulanaza - bu kraxmalni kamaytiruvchi ferment. CBM48 glikogenni bog'laydi.[39][40][41][42]
CBM49
Uglevodlarni bog'laydigan modul oilasi 49 (CBM49) tsellyulozalarning C-terminalida va in vitro majburiy tadqiqotlar uning kristalli tsellyuloza bilan bog'lanishini ko'rsatdi.[43]
Adabiyotlar
- ^ Gilkes NR, Henrissat B, Kilburn DG, Miller RC, Uorren RA (iyun 1991). "Mikrobial beta-1, 4-glikanazalar tarkibidagi domenlar: ketma-ketlikni saqlash, funktsiyasi va fermentlar oilalari". Mikrobiol. Vah. 55 (2): 303–15. doi:10.1128 / MMBR.55.2.303-315.1991. PMC 372816. PMID 1886523.
- ^ Cantarel, B. L.; Coutinho, P. M.; Rancurel, C .; Bernard, T .; Lombard, V .; Henrissat, B. (2009). "Karbongidrat-faol fermentlar ma'lumotlar bazasi (CAZy): Glikogenomika bo'yicha mutaxassis resurs". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 37 (Ma'lumotlar bazasi muammosi): D233-D238. doi:10.1093 / nar / gkn663. PMC 2686590. PMID 18838391.
- ^ a b Sabo, L .; Jamol, S .; Xie, X.; Charnok, S. J .; Bolam, D. N .; Gilbert, H. J.; Devis, G. J. (2001). "Ksilopentaoz bilan kompleksda 15 ta karbongidrat bilan bog'laydigan modul oilasining tuzilishi. Ksilanning taxminan 3 karra spiral konformatsiyasida bog'lanishiga dalil". Biologik kimyo jurnali. 276 (52): 49061–49065. doi:10.1074 / jbc.M109558200. PMID 11598143.
- ^ a b v Jamal S, Nurizzo D, Boraston AB, Devies GJ (may 2004). "Kristalli bo'lmagan tsellyulozaga xos uglevodlarni bog'laydigan modulning rentgen-kristalli tuzilishi: CBM28". J. Mol. Biol. 339 (2): 253–8. doi:10.1016 / j.jmb.2004.03.069. PMID 15136030.
- ^ Roske Y, Sunna A, Pfeil V, Heinemann U (2004 yil iyul). "Caldicellulosiruptor shtammining yuqori aniqlikdagi kristalli tuzilmalari Rt8B.4 karbongidrat bilan bog'laydigan CBM27-1 moduli va uning manoxeksozli kompleksi". J. Mol. Biol. 340 (3): 543–54. doi:10.1016 / j.jmb.2004.04.072. PMID 15210353.
- ^ Gilkes NR, Kleysens M, Aebersold R, Henrissat B, Meinke A, Morrison HD, Kilburn DG, Uorren RA, Miller RC (dekabr 1991). "Beta-1,4-glikanazlarning ikki oilasidagi tarkibiy va funktsional munosabatlar". Yevro. J. Biokimyo. 202 (2): 367–77. doi:10.1111 / j.1432-1033.1991.tb16384.x. PMID 1761039.
- ^ Meinke A, Gilkes NR, Kilburn DG, Miller RC, Warren RA (1991 yil dekabr). "Eucaryotic polipeptidlaridagi bakteriyalar tsellyulozasini bog'laydigan domenga o'xshash ketma-ketliklar". Oqsillar sekans. Ma'lumotlar analitikasi. 4 (6): 349–53. PMID 1812490.
- ^ Simpson PJ, Xie H, Bolam DN, Gilbert HJ, Uilyamson MP (dekabr 2000). "2-karbongidrat bog'laydigan modullar oilasining ligand o'ziga xosligining asoslari". J. Biol. Kimyoviy. 275 (52): 41137–42. doi:10.1074 / jbc.M006948200. PMID 10973978.
- ^ Xu, G. Y .; Ong, E .; Gilkes, N. R .; Kilburn, D. G.; Muhandiram, D. R .; Xarris-Brandts, M.; Carver, J. P .; Kay, L. E .; Harvey, T. S. (1995). "Cellulomonas fimi-dan tsellyuloza bilan bog'lovchi domenning yadro magnit-rezonans spektroskopiyasi yordamida eritma tuzilishi". Biokimyo. 34 (21): 6993–7009. doi:10.1021 / bi00021a011. PMID 7766609.
- ^ Puul DM, Morag E, Lamed R, Bayer EA, Hazlewood GP, Gilbert HJ (dekabr 1992). "Clostridium thermocellum YS dan S1 tsellyuloza subbirligining tsellyuloza bilan bog'lanish sohasini aniqlash". FEMS Mikrobiol. Lett. 78 (2–3): 181–6. doi:10.1016 / 0378-1097 (92) 90022-g. PMID 1490597.
- ^ Tormo J, Lamed R, Chirino AJ, Morag E, Bayer EA, Shoham Y, Stayts TA (Noyabr 1996). "Bakteriyalar oilasining kristalli tuzilishi-III tsellyuloza bilan bog'lanish sohasi: tsellyulozaga birikishning umumiy mexanizmi". EMBO J. 15 (21): 5739–51. doi:10.1002 / j.1460-2075.1996.tb00960.x. PMC 452321. PMID 8918451.
- ^ Brun E, Jonson PE, Creagh AL, Tomme P, Vebster P, Xeyns CA, McIntosh LP (2000 yil mart). "Cellulomonas fimi endoglucanase C dan ikkinchi N-terminalli tsellyuloza bilan bog'lovchi domenning tuzilishi va bog'lanish o'ziga xosligi". Biokimyo. 39 (10): 2445–58. doi:10.1021 / bi992079u. PMID 10704194.
- ^ Jonson PE, Joshi MD, Tomme P, Kilburn DG, McIntosh LP (1996 yil noyabr). "Cellulomonas fimi CenC ning N-terminalli tsellyuloza bilan bog'lanish sohasining tuzilishi yadro magnit-rezonans spektroskopiyasi bilan aniqlangan". Biokimyo. 35 (45): 14381–94. doi:10.1021 / bi961612s. PMID 8916925.
- ^ a b Akagi, K. -I .; Vatanabe, J .; Xara, M .; Kezuka, Y .; Chikaishi, E .; Yamaguchi, T .; Akutsu, H.; Nonaka, T .; Vatanabe, T .; Ikegami, T. (2006). "Streptomyces griseus Chitinase C xitin bilan bog'lovchi domenining substratning o'zaro ta'sir mintaqasini aniqlash". Biokimyo jurnali. 139 (3): 483–493. doi:10.1093 / jb / mvj062. PMID 16567413.
- ^ Xenshou, J. L .; Bolam, D. N .; Pires, V. M .; Chejek, M .; Henrissat, B.; Ferreyra, L. M.; Shriftlar, C. M .; Gilbert, H. J. (2004). "Family 6 uglevodlarni bog'lash moduli CmCBM6-2 o'ziga xos xususiyatlarga ega ikkita ligandni bog'laydigan saytlarni o'z ichiga oladi". Biologik kimyo jurnali. 279 (20): 21552–21559. doi:10.1074 / jbc.M401620200. PMID 15004011.
- ^ Winterhalter, C .; Geynrix, P .; Kandussio, A .; Vich, G.; Liebl, W. (1995). "Thermotoga maritima gipertermofil bakteriyasining 120 kDa ksilanaz XynA multidomeni tarkibida yangi tsellyuloza bilan bog'lanish domenini aniqlash". Molekulyar mikrobiologiya. 15 (3): 431–444. doi:10.1111 / j.1365-2958.1995.tb02257.x. PMID 7783614.
- ^ Millward-Sadler SJ, Davidson K, Hazlewood GP, Black GW, Gilbert HJ, Clarke JH (1995 yil noyabr). "Aerob tuproqli bakteriyalar Pseudomonas fluorescens subsp. Cellulosa va Cellvibrio mixtus dan ksilanazalarda yangi tsellyuloza bog'laydigan domenlar, NodB homologlari va saqlangan modulli arxitektura". Biokimyo. J. 312 (1): 39–48. doi:10.1042 / bj3120039. PMC 1136224. PMID 7492333.
- ^ Fanutti C, Ponyi T, Black GW, Hazlewood GP, Gilbert HJ (dekabr 1995). "Anaerob zamburug'lardan olingan sellyulozalar va gemitsellulazalarda saqlanib qolgan katalitik bo'lmagan 40 qoldiq ketma-ketligi oqsillarni biriktiruvchi domen vazifasini bajaradi". J. Biol. Kimyoviy. 270 (49): 29314–22. doi:10.1074 / jbc.270.49.29314. PMID 7493964.
- ^ a b Raghothama S, Eberhardt RY, Simpson P, Wigelsworth D, White P, Hazlewood GP, Nagy T, Gilbert HJ, William William (sentyabr 2001). "Piromyces equi anaerob qo'ziqorinidan selülozoma dokerin domenining xarakteristikasi". Nat. Tuzilishi. Biol. 8 (9): 775–8. doi:10.1038 / nsb0901-775. PMID 11524680. S2CID 6442375.
- ^ a b Carvalho, A. L.; Goyal, A .; Preyts, J. A .; Bolam, D. N .; Gilbert, H. J.; Pires, V. M .; Ferreyra, L. M.; Planas, A .; Romão, M. J .; Fontes, C. M. (2004). "Clostridium thermocellum Lic26A-Cel5E 11-karbongidrat bilan bog'laydigan moduli bitta ulanish joyida -1,4- va -1,3-1,4-aralashtirilgan bog'langan glyukonlarni joylashtiradi". Biologik kimyo jurnali. 279 (33): 34785–34793. doi:10.1074 / jbc.M405867200. PMID 15192099.
- ^ a b Shen Z, Jacobs-Lorena M (1998 yil iyul). "Bezgak vektoridan kelib chiqqan I tip peritrofik matritsali oqsil Anopheles gambiae xitin bilan bog'lanadi. Klonlash, ifoda va tavsiflash". J. Biol. Kimyoviy. 273 (28): 17665–70. doi:10.1074 / jbc.273.28.17665. PMID 9651363.
- ^ Elvin CM, Vuocolo T, Pearson RD, East IJ, Riding GA, Eisemann CH, Tellam RL (aprel 1996). "Lucilia cuprina lichinkalaridan peritrofin-44 asosiy peritrofik membrana oqsilining xarakteristikasi. CDNA va aminokislotalar ketma-ketligi". J. Biol. Kimyoviy. 271 (15): 8925–35. doi:10.1074 / jbc.271.15.8925. PMID 8621536.
- ^ Casu R, Eisemann C, Pearson R, Riding G, East I, Donaldson A, Cadogan L, Tellam R (Avgust 1997). "Sutemizuvchilar uy egasida teri miyozini keltirib chiqaradigan hasharotlardan lichinkalar o'sishini antitel vositachiligi bilan inhibe qilish". Proc. Natl. Akad. Ilmiy ish. AQSH. 94 (17): 8939–44. doi:10.1073 / pnas.94.17.8939. PMC 22971. PMID 9256413.
- ^ Notenboom V, Boraston AB, Chiu P, Freelove AC, Kilburn DG, Rose DR (dekabr 2001). "Sello-oligosakkaridlarni oilaviy 17-karbongidrat bilan bog'laydigan modul tomonidan tan olinishi: rentgen-kristallografik, termodinamik va mutagenli tadqiqot". J. Mol. Biol. 314 (4): 797–806. doi:10.1006 / jmbi.2001.5153. PMID 11733998.
- ^ a b Jamol, S .; Nurizzo, D .; Boraston, A. B.; Devies, G. J. (2004). "Kristalli bo'lmagan tsellyulozaga xos uglevodlarni bog'laydigan modulning rentgen-kristalli tuzilishi: CBM28". Molekulyar biologiya jurnali. 339 (2): 253–258. doi:10.1016 / j.jmb.2004.03.069. PMID 15136030.
- ^ Rayt HT, Sandrasegaram G, Rayt CS (sentyabr 1991). "Bug'doy urug'i aglutininining disulfidga boy domenini o'z ichiga olgan N-asetilglukozaminni bog'laydigan oqsillar oilasining rivojlanishi". J. Mol. Evol. 33 (3): 283–94. doi:10.1007 / bf02100680. PMID 1757999. S2CID 8327744.
- ^ Butler AR, O'Donnell RW, Martin VJ, Guday GW, Stark MJ (1991 yil iyul). "Kluyveromyces lactis toksini muhim xitinaza faolligiga ega". Yevro. J. Biokimyo. 199 (2): 483–8. doi:10.1111 / j.1432-1033.1991.tb16147.x. PMID 2070799.
- ^ Lerner DR, Rayxel NV (iyun 1992). "Qichitqi o'ti lektini (Urtica dioica agglutinin) geni lektinni ham, xitinazani ham kodlaydi". J. Biol. Kimyoviy. 267 (16): 11085–91. PMID 1375935.
- ^ Kuranda, M. J .; Robbins, P. W. (1991). "Xitinaza Saccharomyces cerevisiae o'sishi paytida hujayralarni ajratish uchun talab qilinadi". Biologik kimyo jurnali. 266 (29): 19758–19767. PMID 1918080.
- ^ Penninga, D .; Van Der Veen, B. A .; Knegtel, R. M.; Van Xijum, S. A .; Rozeboom, H. J .; Kalk, K. H.; Dijkstra, B. V.; Dijxuizen, L. (1996). "Tsiklodekstrin glikosiltransferazning kraxmal bilan bog'lanish sohasi Bacillus circulans 251 shtammidan". Biologik kimyo jurnali. 271 (51): 32777–32784. doi:10.1074 / jbc.271.51.32777. PMID 8955113.
- ^ Oyama, T .; Kusunoki, M.; Kishimoto, Y .; Takasaki, Y .; Nitta, Y. (1999). "Bacillus cereus var dan beta-amilazning kristalli tuzilishi. Mycoides 2,2 piksellar sonida". Biokimyo jurnali. 125 (6): 1120–1130. doi:10.1093 / oxfordjournals.jbchem.a022394. PMID 10348915.
- ^ Armstrong, C. G.; Doherty, M. J .; Cohen, P. T. (1998). "Fosforilaza a, glikogen va oqsil fosfataza 1 bilan o'zaro aloqada bo'lgan protein fosfataza 1 ning jigar glikogeniga yo'naltirilgan subbirligidagi alohida domenlarni aniqlash". Biokimyoviy jurnal. 336 (3): 699–704. doi:10.1042 / bj3360699. PMC 1219922. PMID 9841883.
- ^ Boraston, A. B.; Xili, M .; Klassen, J .; Fiko-Blin, E .; Lammerts Van Bueren, A .; Qonun, V. (2005). "25 va 26 oilalar tomonidan glyukanani tanib olishning tarkibiy va funktsional tahlili uglevodlarni bog'laydigan modullar konservalangan kraxmalni tanib olish rejimini ochib beradi". Biologik kimyo jurnali. 281 (1): 587–598. doi:10.1074 / jbc.M509958200. PMID 16230347.
- ^ Boraston AB, Revett TJ, Boraston CM, Nurizzo D, Devies GJ (iyun 2003). "TmCBM27 uglevodlarni bog'lash moduli tomonidan o'ziga xos mannan tanib olishning strukturaviy va termodinamik disektsiyasi". Tuzilishi. 11 (6): 665–75. doi:10.1016 / S0969-2126 (03) 00100-X. PMID 12791255.
- ^ a b Abbot, DW; Eirin-Lopez, JM; Boraston, AB (2008 yil yanvar). "Ligand xilma-xilligi va 32 ta uglevodni biriktiruvchi modullar uchun yangi biologik rollar to'g'risida tushuncha". Molekulyar biologiya va evolyutsiya. 25 (1): 155–67. doi:10.1093 / molbev / msm243. PMID 18032406.
- ^ a b Fiko-Blin, Yelizaveta; Boraston, Alisdair,"Uglevodlarni bog'lash moduli oilasi 32" Arxivlandi 2016-08-20 da Orqaga qaytish mashinasi,CAZypedia, 2017 yil 4-may.
- ^ Shnellmann, J .; Zeltins, A .; Blaak, X .; Schrempf, H. (1994). "Lektinga o'xshash yangi protein CHB1 xitinga ta'sir qiluvchi Streptomyces olivaceoviridis geni tomonidan kodlangan va zamburug'lar va boshqa organizmlarning kristalli alfa-xitinlari bilan maxsus bog'langan". Molekulyar mikrobiologiya. 13 (5): 807–819. doi:10.1111 / j.1365-2958.1994.tb00473.x. PMID 7815940.
- ^ Vaaje-Kolstad, G.; Xyuston, D. R .; Riemen, A. H .; Eijsink, V. G.; Van Aalten, D. M. (2005). "Serratia marcescens-ning kristalli tuzilishi va bog'lanish xususiyatlari Xitin bilan bog'langan oqsil CBP21". Biologik kimyo jurnali. 280 (12): 11313–11319. doi:10.1074 / jbc.M407175200. PMID 15590674.
- ^ Katsuya, Y .; Mezaki, Y .; Kubota, M .; Matsuura, Y. (1998). "Pseudomonas izoamilazasining 2,2 Å rezolyutsiyada uch o'lchovli tuzilishi1". Molekulyar biologiya jurnali. 281 (5): 885–897. doi:10.1006 / jmbi.1998.1992. PMID 9719642.
- ^ Wiatrowski, H. A .; Van Denderen, B. J .; Berkey, C. D .; Kemp, B. E .; Stapleton, D .; Karlson, M. (2004). "Gal83 glikogen bilan bog'lanish sohasidagi mutatsiyalar snf1 / gal83 kinaz yo'lini glikogenga bog'liq bo'lmagan mexanizm bilan faollashtiradi". Molekulyar va uyali biologiya. 24 (1): 352–361. doi:10.1128 / mcb.24.1.352-361.2004. PMC 303368. PMID 14673168.
- ^ Polexina, G.; Gupta, A .; Mishel, B. J .; Van Denderen, B.; Merti, S .; Feyl, S. S .; Jennings, I. G.; Kempbell, D. J .; Witters, L. A .; Parker, M. V.; Kemp, B. E .; Stapleton, D. (2003). "AMPK beta-bo'linmasi metabolik stressni glikogenga sezish uchun mo'ljallangan". Hozirgi biologiya. 13 (10): 867–871. doi:10.1016 / S0960-9822 (03) 00292-6. PMID 12747837. S2CID 16778615.
- ^ Xadson, E. R .; Pan, D. A .; Jeyms, J .; Lucocq, J. M.; Xolli, S. A .; Yashil, K. A .; Baba, O.; Terashima, T .; Hardie, D. G. (2003). "AMP bilan faollashtirilgan oqsil kinazasidagi yangi domen, irsiy yurak aritmiyalarida ko'rilgan glikogenni saqlash organlarini keltirib chiqaradi". Hozirgi biologiya. 13 (10): 861–866. doi:10.1016 / S0960-9822 (03) 00249-5. PMID 12747836. S2CID 2295263.
- ^ Urbanowicz BR, Catala C, Irwin D, Wilson DB, Ripoll DR, Rose JK (2007 yil aprel). "Pomidor endo-beta-1,4-glyukanaza, SlCel9C1, uglevodlarni bog'lash modullarining yangi oilasi (CBM49) bilan ajralib turadigan subklassni anglatadi". J. Biol. Kimyoviy. 282 (16): 12066–74. doi:10.1074 / jbc.M607925200. PMID 17322304.